追記
使用パソコンは
Ｖ１３Ｓ７Ｒです

　インストール可能です。FAT32を利用することを前提とした場合、次の手順を踏むと良いでしょう。

　まず、内蔵のAドライブにWindows98をアップグレードセットアップします。
　次に外付けHDDを、AドライブのWindows98にあるFDISKにて、FAT32で領域確保。更にフォーマット。このとき、システムを転送しておきます。フォーマットとシステムの転送は、Windows98上から実行しても構いません。
　AドライブのWindows98を起動。Windows98のCD-ROMにある[Win98n]フォルダを、フォルダごと外付けHDDへコピーします。
　システムを再起動して、外付けHDDから起動。
　外付けHDDへコピーした[Win98n]フォルダにあるSetup.exeを実行。

　以上の流れで、外付けHDDへWindows98をセットアップできます。
　セットアップが完了したら、潔くAドライブのWindows98は消し去った方がよいのでしょうかねえ？（使用許諾の問題）

　追記です。
　最初の、「AドライブにWindows98をセットアップする」段階でトラブルが発生した場合、Windows95から入れ直しになりかねないので、ご注意を（いや、注意していたからどうにかなるかと言えばそうでもないですが……）。
　稀に、Cバスに拡張ボードが装着されていると、インストールで転ぶことがあるそうです。

内蔵のU-SCSIを購入するというのは駄目でしょうか？容量こそ9.1GB位になってしまいますが、本当のSCSIHDDの力を余す事無く発揮してくれるのは魅力的だと思うのですが。9.1GB位で25800前後で購入できるはずです。Ａを一旦WIN98にUPしてから9.1GBを繋ぎ、OhPC等を参考にしてエクスプローラでＡ〜SCSIの方にコピーをしてIDE取り、起動すれば高速なWIN98機に早変わりすると思います。此の利点はIRQが１つ空くという処もありますね。
そのほかの方法ですとSCSIボードを交換してIDEをUWなドライブに変換してくれるAEC7720UWを購入して、先程の方法で交換するならAEC7720UW(8980-9999)でIBMのDPTA372030だったかな此が高いところで21800でIOのSCUPCIBなら6000-7500位で購入できると思いますので総合すると高くなりますが、気分的に高速な大容量IDEHDDが入手できるので悪くないとも言えます。ただし、HDDとしては本来の性能は発揮できません。
後、一応メルコの外付けHDDの売りがマルチブート機能だったと思いますので条件が整えば外付けからの起動も出来ると思います。この辺は実際にやられている方の投稿を待つしか有りませんが。大変長文に成ってしまいましたが、ご参考までにどうでしょうか？
因みにアップグレード版でも、wIN98をクリーンINST出来るはずです。繋がりにくいかもしれませんが、過去ログを探索なされると出てくると思います。

追記です。これらの方法を採るとCDROMもSCSI化が必要となると思います。最近は内蔵SCSICDROMもバルクなら安いので導入は出来ると思います。ただし、後者のAEC7720UWにての変換の場合はUWのCDROMを購入（結構高いです。）するか普通のSCSIROMと50-68の変換アダプターを購入してぶら下げる方法の二通りとなります。お奨めして何ですが、結構資金が掛かりますね。隆さんがより良いと思う方法で増設なされるのが良いかもしれませんね。

98には元々マルチブート機能がありますから、SCSIボードに起動に必要なBIOSが搭載されていればそこからBOOTする事は可能です。
ですから特別な条件は必要ありません。
メルコのはPC/AT互換機も対象になっているのでBOOT機能についての記述があるのだと想いますよ。
外付けHDDの大半は現在IDE-SCSI変換なので(20Gなら特に)そのHDDを使う場合にAEC7720UWと比較するとメリットは速度のみという事になるとおもいますよ？
IRQを空け、なおかつ高速IDEをそれなりの性能で使用するならUIDE-98Mもありますし、外付けSCSI機器を使用するならIFC-USP-M2でもOKですし・・・ボードを交換するならばですが、、
いずれにしてもどの起動可能ドライブにもクリーンインストール可能ですし、マルチブート可能ですから内蔵機器を取り外す必要も無く現在の環境に追加HDDを接続した環境での運用に問題ありません。
使用許諾に関してもどなたかかMSに確認されて、98のマルチブートにおける運用は問題無しとのお墨付きのようですから、、

そうだ、IFCUSPM2の事を忘れていました・・・。此ならコストが安くなるかも。UIDE98Mも良いかなと思ったのですがSCSIが使用出来ないと困るのかなと思い今回候補から外してしまいました。
確かに、Ｋ０１さん仰るとおり元々９８はマルチブートが可能なので、特に条件など必要なく外付けにINSTできますね。うーん、一寸メルコの記載に惑わされましたか。・・・と言うより私のミスですね。AEC7720UWと外付けを比べるとスピード位しか利点がないのはそうかもしれないです。単純に考えるとAEC7720UWの計画だと高コストになりますね。１つの方法として参考になさってくれればと思って書いたのですが、結構お奨めな方法として書いてる処があると思いますので此処で陳謝いたします。
隆さんを混乱させるようで申し訳ないです。外付けHDDにWin98をINSTする事は可能で、元のHDDを実装したままでもPC98のブート機能にて外付けからでも起動も可能なので、問題なく購入できると思います。重ね重ね、隆さんを混乱させる様な投稿をしてしまい申し訳御座いませんでした。又、Ｋ０１さんのご指摘、今後の参考とさせていただきます。（Ｋ０１さん、貴重なご指摘有り難う御座います。）

現在の環境を引き継がず，外付けHDDにFAT32でクリーンインストールしたいということでしょうか？
セットアップFDのついていないアップグレード版Win98の場合，ポイントはFAT32領域をどうやって作るかということでしょう。とつきかんな さんの方法も良い方法ですが，ＡドライブのWin95も念のため残しておきたいということであれば
(1)現Win95上で外付けHD上に仮のFAT16領域を作る。Win95のシステムも転送する。その領域のconfig.sysにCD-ROMドライバを登録するか，あるいはこれが面倒であればWin98CD中のwin98nフォルダをコピーする
(2)この仮領域から起動してsetup.exeを実行し，Win98を最小構成でインストールする。内蔵HDDにWin95が入っているので，このときライセンスチェックはないと思います。
(3)この仮Win98を起動して，改めて本式にWin98をインストールする領域をFAT32で確保する。このとき(1)と同様にシステムも転送して起動できるようにしておく
(4)このFAT32領域から起動してsetup.exeを実行する
という手順はいかがでしょう。
なお仮領域のWin98は消してしまってもかまいませんが，これを残しておくと非常時やシステムバックアップ作業時などに便利です。ただし上の手順だと(1)の仮領域が外付けHDDの先頭にできてしまいますね。これがイヤならば仮Win98はFAT32対応の起動ディスクを作るだけですぐに消してしまい，この起動ディスクから起動してWin98用FAT32領域を再確保するのがよいでしょう。
ここから先はオマケですが，Win98起動ドライブのドライブ名は，現在の内蔵HDDの続き（BとかC）になります。あとから内蔵HDDを撤去したり領域の再確保をしたりすると，ドライブ名が変わってwindowsが起動できなくなります。
このようなケースに柔軟に対処できるようにしておくため，私はHDDの先頭にダミーの1MB領域を２つくらいとっておき，不要なときにはこれを「スリープ」，ドライブ名調整のために必要なときはアクティブにするという手を実行しています。ご参考まで。