ブータブルはPC-9821はちょっと無理ですが、起動ドライブのイメージをそのままファイル化してバックアップするルールなら、たとえばこういうのがあります。ファイル化したものをCD-Rに焼いておけば、元の戻すのは楽です（が完璧にその内容に戻ります）。http://homepage1.nifty.com/marimono/software/drvcpy29.exe

　少しハードを要求する方法を。HDD を複数持っているのが前提になってしまいますが。
　SCSI の場合 BIOS SCAN の有無によって。IDE の場合ジャンパスイッチの設定(マスター、スレーブ交換)によって、A(C) ドライブから起動可能なバックアップが作成できます。要は BIOS から 1 番最初に見える(起動できる)ドライブを切り替えるだけです。IDE の場合 WINUX(ALPHA OMEGA SOFT) のような切り替え機を使用する(動作保証外ですが。IFC-USP-M2 では WINUX は使用できます)と楽です。
　お金はかかりますが利点としては、バックアップ部分から WIN98SE が起動して、そのままそれを書き戻すだけという点でしょうか。HDD にバックアップですからバックアップを取るのもリストアするのも早いですしね。
　これに馴れてしまうと、HDD が複数無い環境には戻れなくなってしまいます…。
　バリューさんの環境が分からないため完全に無駄レスの可能性もあります。その時はどうかご容赦下さい。

TUYUKUSAさんのコメントへの補足ですが、要するに現Windows領域の「丸ごとコピー」を作ればいいのです。
この丸ごとコピーは今までもしばしばここに登場した話題ですが、エクスプローラでもxcopyでもかまいませんから、隠しファイルなども含めてすべてのファイルを別のＨＤなどにコピーするわけです。ただし現在起動しているWindows上でその動作中のWindows領域をコピーする場合は、win386.swpというファイルをコピー対象から外すことが必要です。
このコピー先がＨＤやＭＯ（540MB以下）であって、かつスイッチ設定などで現Windowsと同じドライブ名となるようにできる場合は、バックアップ先からそのままWindowsを起動することも可能です。そのときＨＤの場合は、その領域を「起動可」に設定する事が必要です。

ついでに言いますと、どのＨＤのどの領域からでもＯＳを起動できる機能が標準で備わっているPC-98では、このような作業が大変やりやすいということがあります。またＨＤ上のどこかの領域に最小構成の作業用Windowsをインストールしておくと、CD-Rなどに作ったバックアップをリストアするときに便利であることを申し添えておきます。

＞かばさん
　改めて自分のレスを見直してみると穴が多いですね…。補足有難う御座いました。

上記の方々有難う御座いました。