もしもCバスボードの増設で割り込みが不足している場合は
2ndCCUを切り離すなどの対策はあると思いますが、
具体的にどのリソースが問題なのか分からないので何とも言えません。
個人的にはボードを差すスロットを変えてみたり、
スーパーリセット([ESC]+[HELP]+[9]+リセット)を試したいところですが、
各種設定をやり直さなければならないので、それらを設定しなおすまでは
それまで動いていたものまで動かなくなって混乱するかもしれません。
もっとも誤動作でリソース云々のエラーが出たことも考えられますので
問題はそう単純ではないのかもしれません。
なんとなくですが、電源の劣化や相性みたいな問題も絡んでいそうに思います。
増設したら起動しなくなった件も、
誤動作して時計が狂ったということであれば合点が行きますので。
アイオーのドライバはぎりぎりまでチューンされていることが多いらしく
GA-SV432/PCIにも相性っぽい問題は結構あったようです。
過去ログを調べてみるといろいろ出てきますので参考になるかもしれません。
http://weblabo.griffonworks.net/dorlog/GA-SV432/PCIの姉妹製品にVRAM8MB版のGA-SV408/PCIというのもありますが、
うちのV20/M(のマザー)では、GA-SV408/PCIのチューナ付モデル(型番失念)が、
Windows95上で非バスマスタ版ドライバ(?)で安定動作していたように思います。
GA-SV432/PCIの2000ドライバは使ったことが無いので分かりませんが、
もしも非バスマスタ版の低速安定ドライバが利用できるのであれば
(遅いですが)そのほうが安定するとは思います。