ひとくちに「NECの98シリーズ」と言っても、
PC-98xxシリーズとPC98-NXシリーズで事情が違ってきます。
「DOS/Vマザボ」に使えるかもしれないのは後者の場合です。
前者はまずそのままでは使えないのではないかと思います。

ピンアサインや互換性については他の御方が詳しいかと思いますが、
とりあえずコネクタの出っ張り（切り欠き）の方向が通常と逆の場合があるので、
1番ピンの位置を確認し、逆挿しにならないように注意してください。

HAMLINさんのまとめられたリストが参考になるかもしれませんが、
似た型番があってもまったく同じ型番が見当たらないのが厄介そうですね。
http://www.geocities.jp/cpuparts98/FDD/FDDLIST/98FDS.htm

(1)>MPF520-1
MPF520-Fとどこかに書かれていませんか（http://www.geocities.jp/cpuparts98/FDD/FDDLIST/98FDS.htm　だとMPF520-F/D10の表記になっていますがD10というのは私は見たことがありません）。PNは4-630-222-01とのことですが，現在当地大荒れのため物置の現物を確認できません。
似た型番のMPF520-CとMPF520-MはPC-98用ではなくPC/AT互換機用です。

(2)コネクタのピン番号はhttp://ematei.web11.jp/kenkyu/cable_connector_pin_num.htm。ピンアサインはhttp://www.geocities.jp/cpuparts98/FDD/FDD98/98_MPF520.pdfにありますが，PC-98用FD1231Tと同じです。なお私はDisk Change信号は割り当てられていないのではないかと考えています。
標準的なPC/AT互換機のFDDの信号についてはここ。http://www.geocities.jp/cpuparts98/FDD/FDDPCAT/FDDpcat.pdf

(3)FDDケーブルには通常のPC/AT互換機用FDDケーブルが使えません。FD1231T（およびその互換FDD）内蔵のPC-98に元々ついていたFDDケーブルを使うか，通常のFDDケーブルを加工して使う必要があります。http://www.geocities.jp/cpuparts98/FDD/FDDCABLE/CBLSTRV.htm
FDDケーブルのコネクタは必ず突起部分を上にしてFDDと接続します。逆に刺すとこのMPF520-Fは一発で死亡します。かつて私もやりました。http://www.geocities.jp/cpuparts98/FDD/FDD98/98FDNG.htm

(4)1台目／2台目の設定はジャンパを切り替えて行います。http://www.geocities.jp/cpuparts98/FDD/FDD98/2NDFDDSET.htm

(5)色々信号が違っているのでPC/AT互換機で使えると思わない方がよいでしょう。PC/AT互換機用のFDDは他にいくらでも選択肢がありますし，今ならタダ同然で買えることも多いでしょう。PC-98用のMPF520-Fはタマ数も少なく貴重ですし・・・

MPF520-1は、PC/AT互換機用です。「NECの98シリーズで使っていた」というのは間違いと思います。三菱電機のApricotシリーズで使用されていました。drive　select　jumperのあるPC/AT互換機用1.44MB_FDDです。PC-9821/9801では使用できません。