コードのマウス本体から出ている部分で断線しているものと思われます。
USBタイプとバスマウスとでは出力信号が全く違いますので、付け替えは無理です。
それから、ソフトウェア同士の相性で苦労するよりも、断線を修理した方が簡単だと思いますがいかがでしょうか。ホームセンターで入手できる道具と材料で修理可能です。
マウス本体からコードを10cm程度切断し、コード内部のリード線をマウス内部の基板端子の同色リード線部分に半田付けしていきます。

　レスありがとうございます。それと私の側が少し説明不足だったかも知れません。

　実は、マウスが全く同じ症状の９８ノート（ＰＣ−９８２１ＮＥ３）があるんです。

　このマウスは、ＰＣ本体に内蔵している様な形になっており、断線とは無縁と思われます。なので、マウスの寿命というか、マウス関連のどこかのチップが痛んでいるのではないかと思っています。こうなるとマウスのコードの付け替えは無意味ではないかと思います。それとも、９８ノートのマウスのコードも同じく内部のコードが断線しているのでしょうか。

　幸い（？）マウスのコードの付け替え位なら、半田付け無しでも出来るからやってあげるよ、と言って下さっている方が近くに居るので、もし断線が確実なら、マウスのコードの付け替えをしても良いかと思っています。

　それと、私がマウスでしか操作が出来ず困っていたソフトは、９８エミュレータ（厳密にはＰＣ−９８ｘ１互換機のエプソン機、ＰＣ−ｘ８６のエミュレータ）のＡｎｅｘ８６（？）とかいうソフトでマウス操作も出来たので、全く動かなくて困っている訳ではないのです。しかし、ＰＣ−９８ｘ１のソフトはＰＣ−９８ｘ１実機で動作させたくて、マウスをキーボードで操作するソフトという考えに至ったのです。

　ハードオフとかでもたまにジャンク品の中から探してはいるんですが、ＰＣ−９８ｘ１のキーボードはあっても、マウスは見当たらないです。

　やはり、マウスコードの断線の可能性が濃厚なのでしょうか。

>このマウスは、ＰＣ本体に内蔵している様な形になっており
ということは、マウスではなく、マウスパッドのことですね。
マウスパッドが動かない原因が、PC本体のハードウェアにあるのか、ソフトウェアにあるのかを切り分けるためには、まずは、別のOSで起動するか、98X1用マウスを入手することになるでしょう。
>やはり、マウスコードの断線の可能性が濃厚なのでしょうか。
マウスパッドの電極を接続している配線という意味のマウスコードであるならば、一定のリスクを覚悟した上で、分解点検する方法があります。
>実は、マウスが全く同じ症状の９８ノート（ＰＣ−９８２１ＮＥ３）があるんです。
ということは、これとは別のPC-9821で不調なのですね。とすれば、2台のPC-9821に共通にインストールしたソフトウェアが原因かもしれません。

PC-9821Ne3はサムボールの有効無効を切り替える設定が98NOTEメニューの中にあるはずです。
HELPキーを押したまま電源を入れた後のメニューで当該項目を探して確認してください。

余談ですが、Ne3あたりも電解コンデンサ問題があったような。
電解コンデンサは無事でも、RAMドライブ用のNi-Cd組電池が液漏れを起して
基板を巻き添えにしている可能性があります。

>HAMLIN さん

　左右には普通に動いて、上下にだけマウスが動かなくなる、という様なソフトが存在するとは思えないのですが、私の思い違いとした方が良いのでしょうか。実は、この上下移動の不具合は、少しずつ徐々に動きづらくなっていったというのが実情です。いきなり動かなくなった訳ではないんです。

　最初のアドバイス通り、断線と見なして修理すべきなのでしょうか。ノートの方は何処を直すべきなのやら・・・

>tsh さん

　ざっと見てみただけなので、私の見逃しもあるかも知れませんが、ポインティングデバイスに関する設定で、内蔵・外付けの設定か、有効・無効の設定位しか目ぼしい項目はありませんでした。

　電解コンデンサ問題というのは少し興味深いです。ＰＣ−９８ｘ１の話題から完全にそれてしまうかもですが、確かＦＤＤを取り出そうとしてＮｅ３は少し分解を試みたことがあるのです。しかし、手持ちのＰＣ／ＡＴ互換機の ＦＭＶ ＢＩＢＬＯ ＮＵＶＩ２３（６２３３？）や ＰＣ−９８ＮＸ ＶＡＬＵＥ ＳＴＡＲ ＶＣ５５０Ｊ／２の様に簡単に取り出せる構造にはなっていない様で、ＦＤＤ取出しを断念した記憶があります。結局ＦＤＤはＰＣ／ＡＴ互換機の方は、ＶＣ５５０Ｊ／２のＦＤＤを使い回す事になりました。ＪＵＮＫのＦＤＤは流石に動かないのばっかりでした。ジャンクのメモリは全部動いてるんですが。

　で、話が完全にそれてしまってますが、Ｎｅ３の方、ちょっと分解しただけでも分かる位置なら確認をしてみたいです。

　またまた余談ですが、このＮｅ３、起動時に毎回「初期状態に戻りました」と表示されるのですが、どうも市販のボタン電池で対処出来るらしいです。とあるサイトで見かけた情報ですが、バッテリーも復活させている様です。ただ、ボタン電池は、充電電池の部分に入れるらしく、極端に言うと、市販の充電電池でない普通の電池を充電器で充電して使えるからまぁいっか、という状態にも思えるし、とても困っているという状態でもないので、そのまま放置してしまっています。

＃最初はＮ「Ｅ」３と書きましたが、本体にはＮ「ｅ」３と書かれていたので、
＃Ｎｅ３の表記に変えます。

・時計用
　コイン形充電電池ＶＬ２３２０が使われていると思います。
・交換用電池
　一次電池を充電した場合、破裂が心配ですので二次電池を使う事をお勧めします。
　リード線取り付けが必要ですがＶＬ２３２０／ＶＬ２３３０は、以下のショップで購入可能です。
　（単価は安いのですが送料が・・）
　https://www.shoyodenko.co.jp/sd_shop_8796_f903w/shop/detail.php?code=2F1-17222&back_mode=subcategory&category=%93d%92r%81E%93d%8C%B9%83%86%83j%83b%83g&subcategory=VL%8CnLi%83R%83C%83%93%93%F1%8E%9F%93d%92r&disp_type=1&search_cat=&keyword=&kakaku=&page_num=&sort=

　ええと、色々な方からアドバイスを頂きましたが、結論から言ってしまうと、全て挫折＆放置です。修理をして下さると言って頂いた方に、問題のマウスと、内蔵マウスが同じ症状のＰＣ−９８２１Ｎｅ３をそれぞれ見て頂いたのですが、ぱっと見ですが、やはり断線とは思えないとの事でした。さすがにＰＣ−９８２１Ｎｅ３の内蔵マウスが断線というのは考えづらいですし、９８のマウスの寿命というか、９８マウスは上下移動の不具合から劣化が始まっていくのかなぁ、などと思っています。

　ＰＣ−９８２１Ｎｅ３のバッテリーや、内蔵時計用充電電池の交換に関してですが、これも、費用対効果（私自身の満足度）を考えると、分解してまで内蔵時計の狂いを避けたり、１時間そこそこ（らしい？）しか稼動しないバッテリーの為にバッテリーパックを分解し、田舎ではなかなか入手しづらい充電電池を入手し・・・等というのも、やはり費用対私の満足度では納得しづらいので、そのまま放置とします。

　最後に、最初に挙げたソフトが私の意図する、キーボードでマウスを操作するソフトで現在も入手可能で、かつ９８で動くのであれば嬉しいのですが、とりあえず、全て挫折とします。レスを頂いた方には申し訳ないです。

＞　１時間そこそこ（らしい？）しか稼動しないバッテリーの為にバッテリーパックを分解し
おっしゃるとおりだと思います。
ゲームなどをやるためでしたら、バッテリ無しでＡＣで十分と思います。

なお、私はデータ入力をＮｅ３で行っています。
入力中の停電で悲惨な事になるのは避けたく、電池を修理しています。

電池修理は、半田付けでの交換がおっくうなので、ミニサイズの電池フォルダを探してきてＮｅ３の電池パックに収納しています。
ちなみに電池は「単三エネループ」で、新しいうちは２時間程度使えます。

PC98用マウスはまだHARD○FF辺りにちょこちょこあると思います。
私は予備として3〜4個買い置いてます。

>電池フォルダ
ノートPCをまともに動かすほどの電力だと加熱しないでしょうか？

市販の電池ボックスのバネは鉄でできているらしいので、
エネループの場合はよく知らないんですけど、
ニッカドやニッケル水素で大容量の電力を使うと
加熱してプラスチックが融けると聞いた気がするんですが・・・。

私は電池ボックスを使うときは銅テープでバネを覆ったうえで、
端子間を銅だけでも導電できるように繋いでいます。
また銅は錆びるので接点にははんだを薄く塗っていますが、
それでも結構加熱する時はありますし、不安は拭いきれません。