過去ログにも同様の報告がありますが，原因は不明なようです：
http://weblabo.griffonworks.net/dorlog/2nddorcom/98maniacs/24549.html
私はPC-9801-87は持っておりませんが，Xc13（Windows98SE）に自作I/Fを使用して外付け5インチ2ドライブFDDを接続した場合，内蔵3.5インチFDDは2台とも3モードで動作します。
参考：
自作FDD I/F　http://ematei.hp.infoseek.co.jp/kenkyu/make%201mbfddif.htm
市販FDD I/F付属ケーブル　http://ematei.hp.infoseek.co.jp/kenkyu/1mbfddifcable.htm
FD1231T（および同等品）2台内蔵用ケーブル　http://ematei.hp.infoseek.co.jp/kenkyu/pc98in5fdc/fd1231t2c.gif

87ボード用のケーブルを自作されたということでしょうか？
本来は全線結線ですが、87ボード側の34ピンケーブルの
1番と3番の信号線を切断すると解消する可能性があります。
＃失敗した場合は、ケーブルの再作成が必要になりますが・・・

結線状況がどのようになっているかは不明ですが
2ndFDD(XA-E02)も87ボードも含めて純正ケーブルでの分岐のさせ方は
　本体のコネクタ　→　87ボードのケーブル　→　2ndFDD(XA-E02)のケーブル
という順番にする必要があるようです。

V200/M(流星世代)ですが、この順番での接続で3MODEを含めて問題なく動作しています。

また、2ndFDD用のケーブルを自作されている場合は
3MODE用の信号線が細工されているため、ただの並列結線ではないのですが大丈夫でしょうか？

早速のご返答ありがとうございます。
>総額7600円さん
過去ログを含めて調べていましたが結論が最終的にみえなかったのと私のケース（状況）では細部がまた違ったため（87互換ボードと純正ボードや2台目が動作し１．４４Mで読み書きできるなど）申し訳ないですが再度あげさせていただきました。
Cバスを使わずの接続例、ご拝見させて頂きました。ご情報ありがとうございます。Cバスが足りなくなった際はこの方法をとらせていただきます。
＞tshさん
ボード本体しかなったため87用ケーブル全て自作しました。ご情報はHAMLIN'S　PAGEさんのところでご拝見しフラットケーブル等を作成しました。ただし2ndFDD用ケーブルは既に当時2台目FDDキットを購入していたため元からあるものです。
残念ながら自作ケーブルは
87→本体→２NDFDDケーブルなので作り直し（？）のようです。
ご指摘のことをおこなうと1・2ドライブの360/300RPMの部分設定が本体側のみ直結になるということになりますね。８７ボードが１PINと３PINに対してHI/LOか信号レベルを違う様なのを送っているかも知れないということですね。オシロがあればとも思うのですが・・。とりあえず試してみたいと思います。ご情報ありがとうございます。

>８７ボードが１PINと３PINに対してHI/LOか信号レベルを違う様なのを送っているかも知れない
PC-9801-87上の34ピンコネクタは，元来FD1158D（1・3番ピンはそれぞれGNDとWINDOW信号）内蔵機種のFDDケーブルから分岐したケーブルが接続されるものですので，1・3ピンはNCではないでしょうか？
私の自作I/Fでは，[増設OSD-u]---[M/B]---[1台目FD1231T]---[自作I/F] としていたと思います。これはBX4のFDDケーブルを手本にして2台接続用FDDケーブル部を作成したためです。

みなさん、ご協力ありがとうございました。無事2台目も3.5インチFDD認識されました。この件、過去のログと現在の自分の状況から次のことを纏めます。

１．９８のM/B本体から出ているM/B側の1，3ピンと２機の1231Tの360/300側 １PINにいれる必要がある。
２．８７ボードは３４PINコネクタは過去の３４PINの製品向けであり最終FDD仕様とはPIN配が異なる。
３.87側では360/300をNCにする。（触らせない）
カットするのは、87ボードコネクターから見ると＃３４，＃３２側である。

あらら，今見たら間違ってました（死
×元来FD1158D（1・3番ピンはそれぞれGNDとWINDOW信号）内蔵機種のFDDケーブルから分岐したケーブルが接続されるもの
○元来FD1158C（1・3番ピンはともにGND）内蔵機種のFDDケーブルから分岐したケーブルが接続されるもの
参考： http://ematei.hp.infoseek.co.jp/kenkyu/diffd123t-nonvfo.txt

うまくいったようでよかったです。

純正の87ボードならばまず問題ないとは思ったのですが
87(互換)ボード側で、FDD側の1番と3番に該当するの信号線が
適切に処理されていないのではという懸念があったため
ためしに切断してみては、と思った次第です。

＞残念ながら自作ケーブルは
＞87→本体→２NDFDDケーブルなので作り直し（？）のようです。
87ボードのコネクタと、2ndFDDの分岐ケーブルの間に
本体のマザーボードのコネクタがあるのであれば、おそらく問題ないです。
＃かなりアバウトでも、問題なく動作してしまうようです。

なるほどです。
やはり87ボード上の34ピンソケットが本来5インチ用の設計だったためですか。

考えてみれば3モード関連の信号は87ボード側に繋ぐ必要は無さそうですよね。
87側のケーブルを引っこ抜けば動作したという時点で気付くべきでした。
それで自作ケーブルや他のケーブルの組み合わせでは動かなかったのですね。

(追記)
もともと3.5インチで34ピン機種に使う場合は
PC-9821-K10という専用の3コネクタフラットケーブルを
新たに買わなければならないことになっていますから、
そのケーブルの結線を注意して確認する必要がありそうですね。

PC-9801-87は、PC-9821シリーズの内蔵3モードFDDが26PIN時代の製品です。発売時点で接続可能な純正FDDは、外付けの2MODEしか存在しません。このため、インターフェイスには、2モードの信号しか取り出していません。(2MODE時代に将来の3MODEを想定した端子の信号定義はできません。)従って、PC-9801-87上の34PINコネクタには5インチFDD(すなわち、2モード)相当の信号しかきていません。26PIN端子には3MODE相当の信号がきています。26PIN-34PIN変換ケーブルを使用すれば、3MODE-FDDが接続可能です。ただし、最大接続可能台数は2台です。