マニュアル「ソフトウェア操作ガイド」を見てください。
PC-9821のマニュアルはここにあります　http://121ware.com
121ware.comの　”電子マニュアルビューアー”
トップページのメニューから→　サポート＆サービス
→パソコンについて知りたいときはこちら→ご使用パソコンの情報が欲しい
→電子マニュアルビューアー　→その他パソコン　→PC-9800シリーズ
→個人向けパソコン　→98MATER　→PC-9821Ra43/MZ, M5, M7
→ソフトウェア操作ガイドの188ページ「固定ディスク起動メニューの利用」を
参照してください。

ご指摘のリンクをたどって「固定ディスク起動メニューの利用」を読みました。しかしながら、DOSプロンプトからFDISKを起動しても装置番号2の設定をいじることができません。というか、画面構成が異なります。FDISKで、装置番号2の設定をいじるにはどうしたら良いのでしょうか？　現状、装置番号1（ハードディスク1）には二つのパーティションが切ってあり、1番目のパーティションがアクティブでブート可になっています。装置番号2（2番目のハードディスクには、MS-DOSシステムをインストールしてあり、今はCOMMNAD.COMだけがある状態です。この状態で固定ディスク起動メニューから装置番号2のMS-DOSを選択起動するようにはならないのでしょうか？

装置番号2はアクティブにしていますか？
私も詳しくないので・・・ＦＤＩＳＫの説明は以下にありました調べてください　ttp://www002.upp.so-net.ne.jp/jsrc/pc-98/fdisk.html　

Windows95以降に付属のFDISKで操作した場合と
MS-DOS 6.2までに付属のFORMATコマンドで操作したときとで
画面表示や操作方法に違いがありますが、大体同じ設定ができます。

ですが、その前にもう一つ確認する項目があります。

＞起動システムを選択するメニューが出ると思ったのですが、いきなりWindows98が起動してしまいます。選択メニューを出して、OSを選ぶようにするにはどんなせっていをしたらいいのでしょうか？

HDDの領域に対して、自動起動の設定が行われているものと思われます。

電源を入れて、メモリカウントが終わるあたりから、TABキーを押し続けてください。
これで「固定ディスク起動メニュー」が表示されるはずです。
おそらく、Windows98のところに自動起動の設定がされているものと思われますので
自動起動の設定を解除してください。(操作方法は画面に出ています)

> 電源を入れて、メモリカウントが終わるあたりから、TABキーを押し続けてください。
> これで「固定ディスク起動メニュー」が表示されるはずです。

　やってみましたが、これでもWindows98が起動してしまいます。なんとか解除する方法はないのでしょうか？

TABキーの代わりにESCキーを押しっぱなしで電源ONという方法もあるそうですが，私は試したことはありません。
>DOSプロンプトからFDISKを起動しても装置番号2の設定をいじることができません。
>というか、画面構成が異なります。
・装置番号2のHDDはFDISKの画面に表示されてはいるということでしょうか。
・画面構成が異なるとは，画面にはどのような表示が出ているのでしょうか。
・Windows98から，装置番号2のHDDにアクセスはできますか。
・装置番号2のHDDだけを接続した場合，そこからMS-DOS6.2が起動しますか。

文面が少々引っかかるのですが、固定ディスク起動メニューの画面と
FDISKで表示される画面は別物であるという点は大丈夫ですよね?

メモリカウント終了後に[TAB]キーを押しっぱなしにしても
固定ディスク起動メニューが現れないために、
マニュアルに従ってFDISKを起動したのかと思いますが、
ご指摘のマニュアルP188-に載っている画面はFDISKの画面ではなく、
FDISKでの設定が完了したことを前提とした固定ディスク起動メニュー
の画面ショットですので、FDISKの操作とは関係ありません。

FDISKで装置番号2がいじれないという状況がよく分かりませんが、
選択肢の5番目にある装置番号の変更は行ったのでしょうか?
また領域自体がスリープになっているということはないでしょうか。

既にご指摘のあるようにDOSのHDDだけを有効にして
起動できるか確認されるのが良いと思います。
# マスター・スレーブの設定がトラブルの元になるので面倒ですが、
# Windowsの領域をスリープにするという方法もあると思います。