PC-9801-86は、もともとPnPには対応していません。
ハードウエアの追加(ハードウエアウィザード)で
「プラグアンドプレイ機器を検出します」云々 →「デバイスは一覧に無い」→
「プラグアンドプレイ以外の新しいハードウエアが自動的に検索されます」云々
で見付かれば、本体がPnP対応か否かによらず正常な挙動です。
本体がWindows対応モデルの場合、内蔵レガシーデバイスのBIOS設定と
Windowsのデバイスマネージャ設定が連動するという話があったように思います。
# 私は非PnPなRaを持っていないので違いを確認していませんが・・・。
また不安定と言っておられますが、起動音が途切れる程度なら、それで正常な挙動です。
PC-9801-86は高速なマシンではWindows上でそうなることが知られています。
# 個人的な感触だとFSBが25MHz以下の本体では問題ないようです。
他にも、内蔵音源が無効になることでCDの音声が内蔵スピーカから出なくなったと思います。
これらは仕様なので本来は割りきるべきところなのですが、自己責任で
SIC(
http://www.vector.co.jp/soft/dos/art/se049767.html)などのフリーソフトを使って86と内蔵PCMを無理にでも併用しようとする方々もいらっしゃるわけです。
# 私もXa7(V20Mマザー)ではそうしています。86でなく73ですが。
付属のAVSDRV.SYSについてはDOS用ドライバですのでWindowsでは使いません。
DOSソフトでも明示的に指示されていない限りは使うことはないと思います。
さらに言えば付属FDはMS-DOS5.0A用ということですが、RaではMS-DOS5.0A以前は正式サポートされていないようです。
http://121ware.com/support/product/catalogue/98/mate/20000511/index.html↑の中のサポートOSの中でMS-DOSは6.2だけしか書いてありません。
# 個人的には最新版にアップデートした5.0Aであれば動いていましたけど。
またAVSDRV.SYSはMS-DOS6.2にも付属していたと思いますので、もし使うならそちらを使うべきでしょう。
Ra43のCDにDOS6.2のアップデートがあれば、その中にもあるかもしれません(Ra40ではありました)。
使い方は、CONFIG.SYS中に
DEVICE=A:DOSAVSDRV.SYS
のような形で(フルパスで)記述するというものです。