似たような症状自体は，東芝Satellite 305CDSなどでも出たことがありますが，Anに近い時期のPC-98でもいくつか経験しています。そのような個体では，マザーボード上の電解コンデンサが劣化して液漏れしている場合がありました。その場合，電解コンデンサを交換することで，症状が消失しましたので，ノイズキラー用のコンデンサが劣化すると，PC内部のどこかのノイズがスピーカーからの出力に乗りやすくなるのかなと考えています。
お手元のAnの症状も，コンデンサ劣化が原因のの一つとなっているかもしれませんので，確認されてはいかがでしょうか（Anは原因不明の自然死も多いようですので，原因は他のところにあるかもしれませんが・・・）。
Anではありませんが，PC-98のマザーボード上のコンデンサを交換した事例です。参考まで。トライされる場合は，最悪マシンの破壊を覚悟する必要があるかもしれません：
■エマティなリサイクル
http://ematei-web.hp.infoseek.co.jp/index.html --> 研究発表会(資料館) --> マザーボード上の4級塩電解コンデンサの交換
■{HIRO}'s Website!!
http://www.asahi-net.or.jp/~vw6h-keb/index.html --> Part1：Computer・【PC-98x1関係】 --> PC-98As2のコンデンサーを張替えてみよう！！