setup /nm は試したことはありませんが，AeのCPUボードを使うとインストールに時間がかかるというのは，メモリが少ない（これは仕方のないことですが）ためではないかと思います。
メモリ以外の拡張ボードをすべて外した上で，元々のCPUを使ってインストールされることをおすすめします。SCSI HDDにインストールする場合は，(1) インストールに必要なファイル類をHDDにコピーしておき，それを使ってWindowsをインストールする，(2) SCSIボードの転送モードはDMA転送にする，の二つをおすすめします。

私の経験では，CPUアクセラレータを取り付け，キャッシュコントローラもインストールした状態でWindowsをインストールしようとした場合，しばしばトラブルに遭遇しました。またEUAは発熱が大きく，ヒートシンクも小さいため，Windowsのインストールのような負荷の高い作業には不利かと思います。
EUA-QPとENL-32M(K)の相性問題については，こちらに記載があります：
http://web.archive.org/web/20011211062305/plaza20.mbn.or.jp/~dorompa/legacy/a-mate.html

早速のお返事有り難うございます。
知りたかった情報が見事に網羅されていました。
手が空いた時に実行してみようと思います。

＞setup /nm
マシンチェックを無効にする隠しオプションですね。

初代A-MATEの場合、CPUボード周辺に余裕が無いため
ODPやCPUアクセラレータを搭載する場合には、本体のフレームを加工して
CPU冷却用のファンを取り付けている人もいるようでした。

インストールがいつまで経っても終わらないということですが、丸1日放置しても終わらない場合には
ハードウェアの構成に問題がある場合も考えられます。
＃組み合わせによっては、インストールの途中でフリーズする場合もあるそうです。

CPUを戻し、CPUアクセラレータ用のキャッシュコントローラを無効にしてもインストールできない場合には
使用しているI/Fやドライブ、グラフィックアクセラレータなどについても書き込まれることをお勧めします。

SCSIボードの転送モードがバスマスタではないかとは思うのですが，AeではWindows98のインストール途中でハングアップ？するという報告が過去ログにありました：
http://weblabo.griffonworks.net/dorlog/2nddorcom/pc-98/17393.html

ただ，私の経験では，DMA転送でなければインストールに必ず失敗するというものでもありませんので（DMA転送が最も安全というだけです），コプロセッサが無いことと，メモリが少ないことがトラブルを招きやすいのでしょう。

先日Aeと同じ486SX-25MHzのBX2に，メモリ11.6MB，B3ボード装着という条件で，1GBのSCSI HDDにCD-ROMからWindows98SEのインストールを試みましたが，ファイルが壊れているかスワップファイル用の領域が不足している旨のメッセージが出，早い段階でインストールが強制終了しました。