リンクフリーのようなので
http://webs.to/ken/
K.Takata's software＞ICC (IDE HDD Capacity Changer) Ver.0.07a
に行きICCをダウンロードする

そうしてAT互換機、PC9821で4.3GBを超えるHDDを扱える機種で実行して容量に制限をかける

PCIバスが空いているなら検索サイトで「大熊猫のぺぇじ」とキーワードをいれて検索
自作ソフトウェア置き場
にPC98向け自作BIOSがおいてあります、SATAやATA133などの速度が使えるので高いSCSIを買わなくてすみます
#OSなどにより最大容量などの制限があるかもしれません

80GBのドライブを4.3GBに制限をして使う場合はICCを、PCIバスに空きがありHDDを高速化したい場合は2.のPCIボードを買ってきてBIOSを書き換えるということになります。

高価ですが, 4GBのフラッシュディスクを検討して見てどうでしょう。

IDE(40PIN)直挿型フラッシュディスク LinpoJapan FDM601-004G000C (4GB)
ttp://www.rakuten.ne.jp/gold/clevery/c5_13.htm

2.5吋 IDE HDD互換フラッシュディスク PQI DK0040G88RP0 (4GB)
ttp://www.twotop.co.jp/simple/product.asp?sku=002547938

ただ, 私の方法でも, mayaさんのご紹介された方法でも, 実施される場合は,
メーカ保証は無く, 自己責任で行う事になってしまうので, ご注意下さい。 (念のため)

余談ですが、ICCを使って大容量のHDDの容量を制限した場合は
確かHDDの高速な側から指定した容量しか使わなくなるはずです。

そのため、ICCで容量制限したHDDの高速な部分だけを使うことになり
結果として高速なHDDに交換したのと同じような効果が得られるかもしれません。

そういえば、最近のバッファが16MBや32MBのモデルはベンチマーク結果はものすごいことにならないのでしょうかね？
SMARTDRV が必要がないくらいバッファ積んでいるし。

試しにV13(G8VER)に2GBのCFをIDE接続してWindows2000を移してみました。
オンボードIDEなのでHDBENCHの値は相変わらず２、３MB/Sでしたが、
シークでアドバンテージがあるのか、どこか動作がきびきびしていて
普通の２〜４GBクラスのIDE HDDよりも快適な印象でした。

少なくとも今回はCFをHDDとして普通に認識し、
HDDにしかインストールできないソフトも普通にインストールできましたが、
中にはIDE変換してもリムーバブルメディアとして認識される場合もあると聞きます。
その場合は起動やアプリのインストールで不都合が出ると思われますので
念のためご注意を。

また、フラッシュメモリも壊れるときは
突然広範囲にわたって読み書きできなくなる場合がありますので
HDD同様に重要なデータはバックアップを心がけてください。

> 大熊猫のぺぇじ
一応どるこむのリンクをたどっても行けますが、もちろん
ご自身で探されるのであればそのほうが良いかもしれません。

> バッファが16MBや32MBのモデルはベンチマーク結果は
持っていないのでやってみたわけではありませんが、とりあえず
某RAMDISKの経験から言えばインターフェースの速度で頭打ちになり、
I/F自身はPCI帯域で頭打ちになると思います。
最近のHDDは(本来の速度で)80MB/Sくらい出るものが珍しくないでしょうから、
キャッシュの速度ならそれよりじゅうぶん速いはずですので、
PC-98の32ビットPCIの実効速度(最大で120MB/S前後か)
くらいのスコアは出せるのかもしれません。

後はＫＡＺＺＥＺさんが候補に挙げているCF変換にマイクロドライブを使用すると言うのも手かと思います。
マイクロドライブは組み込みモノ以外だと大きな容量の物がそんなに無いのと、小さい容量ならば入手もCFの次にしやすいと思います。
またマイクロドライブの中には組み込み前提として生産された物もあるようなので、それらなどは逆にIDE-HDDとしての反応を返すようですので楽にセットアップ出来るかと思います。
まあ入手しやすいかもと言っても色々と手を出さないとならないかも知れませんが。
難点は場合によっては割高感が強くなりそうなところですか。