SASIのHDDが内蔵されていて，かつ長期間通電していなかったため「内蔵HDD切り離し」が無効になっているということはないでしょうか。

起動時に「ＨＥＬＰ」キーを押して、ＢＩＯＳメニューで確認すると「内蔵HDD切り離し」が有効になっていました。

さて、解らなくなってきました。この「Ｗｉｎｄｏｗｓ９８は２５６ｂｐｓまたは２０４８ｂｐｓのハードディスクはサポートしていません」という警告は、一体なんでしょうか、ご存知の方が居られませんでしょうか？！？

以上

Windowsの新規インストール時にはSCSI IFの転送モードをDMA転送にするとディスク周りでのトラブルが少ないというのはありましたが，アップグレードの場合はどうなんでしょうね。

bpsは「バイト／(パー)セクタ」の略だったかと思います。
要するにフォーマットの種類です。95でもそのフォーマットは使えないはずですので、
実際に95が立ち上がるのであれば、別の何かを誤認していることになります。

SCSIにはHDD以外にカードリーダとかMOとか、何か接続されているでしょうか。
リムーバブルメディアによってはHDDと見なされるものもあるようです。
実際にHDDがシステムで256バイトセクタと認識されているかどうかは、
DOS(モード)上からMSD.EXEを実行してディスク情報を見るなどの方法があります。

またSCSIボードによってはマルチベンダ設定で256bps／512bpsを設定できるものも
ありますから、設定が変わっていないか確認してみてください。

ところで、9821グラフィックを持たないPCをWindows98にアップグレードすると
セーフモードが使えないなどの不具合が出ると思いますが、対策は行っているでしょうか?
またWindows98は95に比べて重いので、DA＋EUDクラスのマシンパワーであれば、
Windows98でなければならない理由が無いかぎり、一応Windows95をお勧めしておきます。

教えていただいたように、DOS(モード)上からMSD.EXEを実行してディスク情報を見ますと、なんと、Ｗｉｎｄｏｗｓ９５（ＦＡＴ１６で２ＧのＨＤＤにインストール）のＨＤＤは「５１２ｂｐｓ」です。
Ｗｉｎ９５をＷｉｎ９８にアップグレードする時に、何故、このようなエラーメッセージが出て、Ｗｉｎ９８がインストールできないのか、かいもく分かりません。
以上

私もDAを愛用しているので気になって見ていたのですが、なかなか解決しませんね。
ちなみにインストール手順はどのように行っているのでしょうか？
またDAにWin98を入れる際の懸念点は、9821グラフィックを含め他にもあると思いますが、
その辺の対応は万全なのでしょうか？
意外と基本的な部分に落とし穴がある場合もありますし、
一度機器構成なども含め、行われている事を全て書かれてみてはいかがでしょう？
整理していると自分で解決の糸口に気が付く時もありますしね。