多分DOS5.0(A?)のHDDの1GB制限に引っかかっているのだと思います。
DOS5のインストールFDを最新版にアップデートしてからでないと、
1GB以上のHDDが装備された環境ではインストールできませんし、
できても動かないと思います。

手元のRa40のCDにはDOS5用のアップデートファイルはありませんでした。
またWeb上で公開されてもいませんから、DOS5.0Aの保証されていて、
それなりに新しい機種の添付CDを探すしかないのではないかと思います。

FDD運用するのであれば、HELPメニューで内蔵HDDを切り離すという手もあります。

KAZZEZ様。ありがとうございます。
昔のゲームをやりたくてMS-DOS 5.0Aを入れたかったのですが無理なようですね。
A-MATEの初期のものをアキバあたりで探してみようと思います。

会話が噛み合っていない気がしますので、念のため・・・。
質問の趣旨はとにかく(手持ちの)DOS5.0Aを使いたいということですよね。
バグを抱えたままDOS5.0Aを使うよりは、DOS6.2のほうが無難というのが一般的な結論になると思います。
# DOS6.2には1GB壁は無いと思いますが、一応修正ファイルも121ware.comで公開されています。

ただ、ご自身の責任でいろいろ試される余裕があるのであれば、
全く使えないと言っているわけではありません。
修正ファイルが無くても、もし本当にDOS5.0(A)のHDDまわりのバグだけが原因であるなら、
一時的に内蔵HDDを使わない設定にしてSCSI外付けで1GB未満のHDDを使うなどの手段もあると思います。

私は(V13ですが)内蔵HDDを切り離してFDD + CD-ROM で運用したこともありました。
RAMドライブも使えたと思います。
# もっともV13にはDOS5修正パッチが付属していたことに後から気付いたのですが。

乱暴ですがICCのようなフリーソフトで内蔵HDDを1GBに制限する(ただし再フォーマットが必要)
という手もあるかもしれません(やったことは無いですが)。

DOSゲームが目的でしたらMATE-Aを狙うこと自体に異論はありませんが、
もしDOS5.0AでHDDまわりだけが問題だったのでしたら、1GB以上のHDDを接続しないことだと思います。

5.0AはバッチがNECから出てました。一部機種にはこれでバッチ当ててという２枚組FDが添付されていました。
これを使うと5.0AHというバージョンになります。謳い文句はFDが1.44Mが使えるようになって…以下覚えてませんが、これさえ当てればかなり6.2に近い物になります。
昔のゲームをやるなら、6.2でフォーマットして一部を3.3D（Ｃで可）で120Mぐらい領域取ってフォーマットして其処でDOSゲーもやり方ですが、a-mateを境にかなり98の構造が違っていて直接どこかの番地を叩くようなソフトは動かないことが良くあります。
ゲーム目的なら本体もう一台を推奨します。
#引き出しさがせばパッチFD　どこかに残っていたはずです。

初代FELLOWあたりに付属のFD版DOS5.0パッチは、
まさにそれ(1.44MB対応版)だったと思いますが、
少なくともこの頃のパッチはHDD1GBに対応していませんので
ご注意ください。
私は9821Ce付属のDOS5.0A-HがV13(HDD1.2GBモデル)で動かないことを確認しています。

ベクターのDOSバージョンチェッカのドキュメントに詳しく書いてありますが、
http://www.vector.co.jp/soft/dos/util/se019849.html
初代X-MATE/Canbeあたりに付属のDOS5は1GB対応のようです。

> ベクターのDOSバージョンチェッカのドキュメント
良く見たら、HDDあたり1パーティションだけなら2GBもOK(?)とか、
DOS6.2でも同様の不具合があるかもしれない旨の記述がありますね・・・。(汗

> これさえ当てればかなりMS-DOS6.2に近い物になります。
そのおかげで、私もDOSといえば5.0A(H)ばかり使っています。

KAZZEZ様、BVV5様
いろいろとご助言くださりありがとうございます。

SCSI機器接続やハードディスクの１GB制限等よりも、新しく本体を手に入れることが
私にとって無難かと思います。

中古屋めぐりをしてR-MATEを探してみようと思います。

すみません。R-MATEでなくてA-MATEでした。