私も今、EOSで「西暦2000年の閏年が狂う機種があります」表示されます。
というか、2000年になる以前から右下のカレンダーで2000年の月を表示すると、このエラーが出ていたと思います。
でも閏年が狂うPC-98はPC-9821Ap2/As2/Be/Bs/Bp/Ts/Ne(ただし、PC-9821Neの本体シリアルNo.4307001xJ以降は除く) および PC-9801BA2/BS2/BX2だけだと思います。また、これら機種用のパッチもWIN95版(BCKWHEAT.EXE)はNECで配布
http://download.pc98.nec.co.jp/module/win95/Other/bckwheat/index.htm、DOS6.2では標準添付(BCKWHEAT.SYS)されているのでそれを導入すれば問題ないと思います。
ちなみに私のEOSを入れているPCはBX2でBCKWHEAT.SYSを導入していても、「閏年警告」は出ます。多分この警告は「閏年のバクがあるPCもあるから確認してね」という程度のものだと思います。
EOSのカレンダーは1980.JUN〜2079.DECまで対応していますし、西暦/和暦変換も問題なくできているのでEOS自体は2000年以後も大丈夫だと思います。