SCSI IDを連続するように設定してみましょう。これで起動できるようになるはずです。（例：SCSI機器がHDDとMOの場合、HDDのID 0番、MOのID 1番）
　それでもだめな場合は、SCSIBIOSの設定で、いじってください。具体的な設定はマニュアルを参照してください。たしか起動時に接続された機器をスキャンしなくなる設定があったはずです。

FA/U5ということは55相当のSCSI(FA-02)装着済みではありませんか?
SC-98IIIPとぶつかっている可能性があります。起動したとしても、
どのみち2枚挿しではDOSから認識できないと思います。

MOはほとんど使ったことが無いのでNECチェックに引っかかるのかどうか知らないのですが、
もし引っかからないとすれば、
SC-98IIIPを使わず、ピンタイプとベローズ型の変換ケーブルを用意し、
本体背面の縦SCSIコネクタにMOを繋いだらどうでしょうか。

または、OverTopII(通販あり)からPK98-2SYUMORI(2種盛り)を購入し、
標準装備のFA-02と置き換えて、SCSIケーブルでSC-98IIIPと
うまく繋げば動くのではないでしょうか。

NECチェックが働くのはHDDの場合だけではなかったかと思います．MO起動の場合も該当するかは存じません．
FA-02が挿してあるなら特殊な二枚挿しの技法でも使っていない限りSCSI BIOSがSC-98IIIPのものとぶつかってMOの接続の有無にかかわらず起動しないのではないかと思います．
>または、OverTopII(通販あり)からPK98-2SYUMORI(2種盛り)を購入し、
>標準装備のFA-02と置き換えて、SCSIケーブルでSC-98IIIPと
>うまく繋げば動くのではないでしょうか。
MOF-H230は外付け型MOドライブです．

SC-98IIIPにMO以外にHDDが接続されているのでしたら，両者のSCSI IDがぶつかって起動しなくなっているのではないかと思います．

＞MOはほとんど使ったことが無いのでNECチェックに引っかかるのかどうか知らないのですが、

NECチェックはHDDだけでなく、MOやCD-ROMなどの全てのSCSI機器が対象のようです。
（ソフトバンクから出ていた例の某道場内に、関連する記載がありませんでしたっけ？）

＞ＭＯ（I・O DATA MOF-H230）
ちょっと調べたら、中身は富士通の「MCB3023SS」というドライブが使われているそうです。

アイオーや富士通のHPを見る限り、このドライブには
いわゆる「PC-98モード（"nEC"というベンダー名を返す設定）」が無いようですので、
55相当のSCSI(FA-02)につなぐと無視されてしまう可能性が高いです。

＃なるべくならば、Cバス(及びSCSI専用スロット)のSCSI I/Fの二枚挿しはお勧めしません。
＃INTなどのリソースを食う以外にも、いろいろな問題(競合・データ化けなど)が起こりますので
＃SCSI I/Fはどちらかに絞ったほうがよいです。

(連続投稿をまとめておきます)

> FA-02が挿してあるなら特殊な二枚挿しの技法でも使っていない限りSCSI BIOSがSC-98IIIPのものとぶつかってMOの接続の
> 有無にかかわらず起動しないのではないかと思います．
実は、SC-98IIIPがPnPモードのとき、Ap2にてIF-2560と併用していました(両方のBIOS有効で)。
PnPモードのデフォルトI/Oアドレスは55互換SCSIとは異なっているためです。
ただ、CD-ROMからSCSI-HDDにデータを落とすときに時々Windows95がエラーを返しましたので、
安定動作とはいえないかもしれません。またDOS上では2ndSCSIに繋いだ機器を認識できなかったかもしれません。

> MOF-H230は外付け型MOドライブです．
あ、はい。二種盛りを使うのは、あくまで内蔵HDDと併用したい場合です。
FDD運用の場合は、FA-02を引っこ抜くだけでSC-98IIIPが使えるようになります。
このほか内蔵HDDからドライブを取り出して市販のSCSI外付けケースに入れてもSC-98IIIP経由で使えると思います。

> ＞MOはほとんど使ったことが無いのでNECチェックに引っかかるのかどうか知らないのですが、
> NECチェックはHDDだけでなく、MOやCD-ROMなどの全てのSCSI機器が対象のようです。
うろ覚えですが、NECチェックにもいくつかバージョンがあり、
すべての機器でNEC以外のベンダをはねるもの(初代55ボード？)
HDDだけでNEC以外のベンダをはねるもの(その後の55系ボード)
NEC以外のHDDでは92パラメータで認識するもの(92以降)
の、３種類のNECチェックがあったと思います。(違ったらすみません)
FA-02のNECチェックはHDDに対してだとしても、MOにはHDDモードがあるそうなので、
MO起動などの場合にHDDに含まれるのかどうか私はよく知らないです。

なお、無理矢理SCSI二枚差しにした場合、BIOSアドレスの高いほうが
1stSCSIになったと思います。しかし、BIOSアドレスの低いSCSIに
55のNECチェックがあった場合は、もう一つのSCSIに繋がれた機器にもNECチェックが及ぶかもしれません。

PC-9801-55系ボードには、HDD以外にはNECベンダチェックはありません（MOをHDD互換モードで使用する場合を除く）。
MOをHDD互換モードで使う場合、サードパーティ製品は切り替えスイッチによってNECOとかNECTORとかNECITUとかいうベンダ名を返してくるようにインプリメントされていたはずですので、NECチェックにより起動しなくなることはありません。
どちらかのSCSI-ROMを殺していないのであれば、ケーブル長やインピーダンスマッチングの問題かもしれません（何もしなければ、確実にSCSI-BIOSとI/O、INTがぶつかります）。

500M間でのMOだとブート可なんで差し込んだまま起動するとそこではまることがあります。
蛇足ですが杞憂であって欲しいです。

> いわゆる「PC-98モード（"nEC"というベンダー名を返す設定）」が無いようですので、
> 55相当のSCSI(FA-02)につなぐと無視されてしまう可能性が高いです。
そういえば、55相当のNECチェックというと、
ビープ音を鳴らしっぱなしにしてPCの起動を中断(ハングしたような状態)に
してしまうもので、単に無視するものではなかったと思いました。
起動後にASPIドライバやWindowsのネイティブドライバなどで認識させる手法は、
NECチェック時にHDDの電源を切っておくとかSCSIのROMを無効に設定するなどして、
あらかじめNECチェックをすり抜ける工夫が必要だったと思います。

あとNECチェックは、個人的にnECだとアウトだと思うのですが、
nECなHDDは使ったことがないので確かめていません。

MOのHDDモードでもNECチェックが働くというのは初めて知りました．後で試してみようと思います．
>単に無視するものではなかった
無限ループに入ると聞いています．
>nECだとアウト
その通りです．

元々の件は結局どうなったのか報告が欲しいところです．