LGYのドライバーですが、WEBにあがっているVer3.03
http://buffalo.melcoinc.co.jp/download/driver/lan/lgy-98.html#LGY98_を見ていると
>Windows95のデバイスマネージャの中のLGY-98のドライバの
>プロパティで、LGY-98の設定変更ができるようになりました。
またW95.TXTの中には
>「OK」をクリックすることにより、LGY-98のボード上のROMに設定値が書き込まれます。
とありますんで、LGY98はPnPでないですけど、デバイスマネージャーでリソースの変更をすると、LGYSETUP.EXEで改めて設定しなくても、その通り設定されるように読めます。
なので、とりあえずLGY-98が付いた状態でW98が起動できてデバイスマネージャーでドライバーを組み込めれば(かつその時に空きリソースがあれば)DOSでLGYSETUPを実行する必要は無いのかも
#ただ最近使ってないので実際ちゃんとそうなるのかが未確認(汗