> 1.HDD認識までの試行
とりあえずMistressボードが原因かどうか切り分けることについて書きます。(多分原因ではないと思っていますが)
M7Dということは青札モデルではなく流星モデルで、4.3GB壁あり機種でしたっけ。
認識できない問題のHDDの組み合わせでMistressボードを抜いた状態でFD起動できますか?
メモリチェック後ハングアップした場合、中途半端に認識されている状態(あるのかな?)の可能性などがあり、もう少し詳しく調べる必要があります。
起動できた場合には、FDISKなどでHDDの接続が確認できなければ
Mistressボードと関係ない認識不良で、恐らくHDD同士とIDE-BIOSの相性問題もしくは、ケーブルの引き回しが悪いなどの原因が考えられます。
フォーマットの件は(インターフェースがUIDE-133/98-Aとなっていますが、)
32GBを超える大容量HDDにFAT16形式で2GBのパーティションを作る場合
http://weblabo.griffonworks.net/dorlog/2nddorcom/98mania/thread21447.htmlという問題があるそうです。
PHARAOH.COMはメモリ中のIO.SYSにパッチを当てるプログラムで、ディスク中のIO.SYSは更新されません。
説明書通り再起動などせずにフォーマットされていますでしょうか?