元々、SCSIがAドライブだった訳ですね？
で、今まで付いてなかったIDEを内蔵させた・・・と。

単純に、SCSIにインストールしたWindowsが
「Aドライブでなくなった為に起動できなくなっただけ」
に見えますが。
Windowsの必要なデータのバックアップをとってあるなら
さっぱり再インストールをかけたほうが良いと思います。
PC-98の場合、ＢだろうがＤだろうが、どこのドライブにもWindowsの起動ドライブにできますので。
そのやり方は過去ログにも随分出ていたはずです。

ドライブレターを変更するソフトもあるようですが、
個人的には無くても済むソフトはなるべくいれたくないので・・・（＾＾；

ＴＤＦさんの書いた原因だと、私も思います。
ＰＣ−９８２１では、ドライブ番号はＳＣＳＩよりはＩＤＥの方が先になります。
ＩＤＥが無かった時にはＳＣＳＩがＡ：ドライブですが、ＩＤＥがあるとそちらがＡ：ドライブになります。ＳＣＳＩはＩＤＥの次の番号になりますから、当然Ａ：ではなくなります。
Ｗｉｎｄｏｗｓは、内部に自分自身のドライブ番号のデータを含んでいますから、Ａ：ドライブにインストールしたＷｉｎｄｏｗｓはＡ：ドライブ以外では使用できません。
これを解消するには、１．ＷｉｎｄｏｗｓをＡ：ドライブであるＩＤＥにコピーする。
２．ＳＣＳＩの正しいドライブ番号の環境で、Ｗｉｎｄｏｗｓをインストールする。
３．ＤＲＶＡＳＮというソフトを使用して、ＳＣＳＩをＡ：ドライブにする。
どれも、一長一短です。１は、ＨＤＤの容量とか速度とか…
２は、再インストールの手間と、ドライブ番号がＡ：ではない事に対する心情的な問題でしょう。
３は、システムの立ち上がりの時にドライブの番号を入れ替えるソフトで、結構愛好者がいる９８では有名なソフトです。
適切に設定すれば安定度などは問題ないソフトですが、ＢＩＯＳではなくてドライバーソフトである以上、ブートの時の動作を理解していないと、他のソフトやドライバーのインストールでミスをする可能性もあります。
特に、Ｗｉｎｄｏｗｓのハンドラーで動作するソフトではなくてＢＩＯＳを叩いて動作するソフトだと、Ｗｉｎｄｏｗｓのドライブ番号と違うドライブに作動する可能性があります。ＨＤＤやＦＤＤのフォーマットソフトなどが、この代表例です。

HDDの容量が間に合えば、内蔵HDDに最低限DOSモードが起動するだけの環境(つまりsysコマンドでシステムを転送した状態)を作っておいて、SCSI HDDの内容を完全に移動(もしくはコピー)すれば起動は出来るようになるかと思いますがどうでしょうか。
この場合コピーに使えるのはDOSレベルのソフトになりますので、LongFileNameを完全に扱え、システムファイルや隠しファイルもコピーできるものでなくてはなりませんが。

　「起動できない」の症状を具体的に書かれた方がコメントしやすいですね。ドライブレター問題以前に、起動メニューが入っていなかったなんてことはありますので…。

いつの間にか沢山のレスが・・・。皆さんありがとうございます。結局の所、ＴＤＦさんのおっしゃる通り、再インストールしてしまいました。しかし、常に内蔵ＨＤＤがAドライブというのは慣れないとどうも・・・。

　手遅れ(?)でしたが、外付けSCSIドライブをＡ：にしたいのであれば↓
http://homepage1.nifty.com/marimono/index.html