MPC3043ATはＯＫでした。他にこんなのもあります。
http://buffalo.melcoinc.co.jp/products/catalog/item/d/dbi-n43gt/index.html

新品入手は難しいと思いますが、UIDE/98、UIDE-98M、UIDE66のいずれかと30GB以下のE-IDEタイプのHDDをお勧めします。付け替えるのであれば、高速化と4.3GB〜32GBのHDDが接続可能なこの方法が良いと思います。
また、MPCは動作音が静かですが、故障が多かったような記憶があります。

メルコで値段は高いですが（公表価格１８０００円-NEC 98デスクトップ用内蔵ハードディスク 5400rpmDBI-N4.3GT）を昨日買い求めました２０パーセント引いてくれました。まだ販売続行してますよ。

予算をかけても良いのなら、MelcoのDBI-N20GT(20GB)も選択肢ですかね。「DriveCopy for NEC PC-9821」「DiskFormatter」「PartitionActivator」が付属しますんで、Software代金と思えば…… (んでも希望小売り価格26,000円は高いか ^^;)
http://buffalo.melcoinc.co.jp/products/catalog/item/d/dbi-ngt/index.html

# NGTってRa40は動作保証外なのか。Ra43はどうなんだろう??

安く上げたいのでしたら普通にAT互換機ショップで売っているHDDとAT互換機、K.TakataさんのICCというソフトウェアを使い、4.3GB以下に設定してやればよろしいと思います。

これでしたら4.3GBのHDDまでは扱えるようにするようにすることが可能です。

それ以上の容量、ICCを使わないのでしたら別途IDE I/Fがついているボードを増設するしか方法がほとんどありません。