DMAモードで通信しているorMS-DOS互換モードになっているのでは？
とりあえず
１）ボードの設定をチェック
２）ドライバーをチェック
３）LANカードとリソースの競合が発生していないかをチェック
４）MS-DOS互換モードになっていないかチェック
してみてください。
Xe10で取ったデータですが
http://ematei-web.hp.infoseek.co.jp/kenkyu/16mb.html
のNSくらいはでると思います。

OSはwin95ですか？

ケーブル長とターミネーションを疑ってみたり。

わたしの場合は2重ターミネーションをしてデータを破壊したり、ケーブル長が長すぎて切断を繰り返したりしたことがありました。

OSが書かれていないので的確な回答ができないのですが、
40Gといった最近のハードディスクの速度が遅いのはやはり何か原因があると思います。
あ、ULTRA-SCSI→SCSI-2にしたからではなく、です。

ボードの設定が「SMIT」または「MIT」になっているか確認してみてください。
あと、ケーブルやターミネータの接触具合ですね。

上記から接続しているSCSI機器は2台ですのでケーブル長は気にする必要はないかと(思う)。
全長3M超えてたら短くする対策必要あり。

> ３）LANカードとリソースの競合が発生していないかをチェック
すみません。重要な情報が抜けていました。ＯＳはWindows98のFirst Edtionです。
以前LANカードとSCSI-IFが競合したことがありましたので、そのときにSCSI-IFの
ほうをINT1に変更しました。
> ボードの設定が「SMIT」または「MIT」
Reset+Ctrl+Grph+sで確認したところ、SMITになっていました。
また、ターミネータはMOについている機能を使っています。

アクティブターミネータを外付けにしてみるとか（多分関係ないと思いますが

バスマスタのSCSI-2で試してみたらどうですかな。
「IFN-SC」とか「SC-98-II」とか「IF-2769」とか「MDC-926Rs」とか…
ある意味こっちが優勢かも。

持っていなかったらごめんなさい。

Ｃバスの転送速度？の関係かも。。。
つまり、細い道（Ｃバス）と広い道（ＰＣＩ）みたいな感じですかねぇっ。
あと、データーを小型車（SCSI-1）、大型車（SCSI-2／その他）という風に
当てはめると解り易いかも。。。

PC-9821Xp(まさに時代を先取りしたネーミング!!(爆))は
PCIスロットがなかったと思いますが…
そのため、Cバスの性能が十分に発揮できたと思います。

バスマスタ転送でR/W共に1M/sec位は出せたと思います。
SMITの伝送速度はCPUの速さに依存するため、それが原因なのかもしれません。
そこまで酷くはならないと思いますけど。

今、ふと思ったのですが読みこみ速度はどのくらいでしょうか?
意外と重要かも…
あと、測定に使ったソフトも。

HDVS-UM40G は IFC-NN でフォーマットされていますでしょうか？

むかし SC-UPCI で領域確保・フォーマットした DSC-UGTV(Ultra SCSI) を SC-98IIIP(SCSI-2, SMIT) にそのまま繋ぎ替えたところ、R/W が 0.3MB/s 程度しか出ませんでした。
SC-98IIIP で再フォーマットしたら無事 3〜4MB/s 出るようになりましたが、原因はよくわかりません(^^;

>そこまで酷くはならないと思いますけど。
DX4-100でもSMITでは1MB/sは軽く超えるはずです（HDDも高速な新しいものですし）．
CPU転送でももっと速いと思いますので，けるべさんご指摘の事項の可能性が高いかも？
＃FA(Am5x86-128)での自験例ですが，同じHDDでも，LHA-15U（DMA転送）でフォーマット
＃してLHA-301（SMIT）でパラメータ解析した場合より，LHA-301自体でフォーマットした
＃場合の方が速いということがありました．一方IF-2769（バスマスタ）では，2769それ
＃自身でフォーマットしたHDDより，MDC-926Rs（同）でフォーマットしたやつを解析させた
＃方が速いケースがあると聞いたことがあります．理由はもちろん私にはわかりません．

　元PC-9821Xp/C8W使いです。
IF-2769ではなくてIFC-NNということは
要は大容量のHDDを使いたいということなんですよね。
　MOはSCSI-2と書いてあるので多分原因は別と思いますが、
MOを外して速度を測ったりされましたでしょうか?
　あと、SCCTLなどでドライブの状態が
おかしくなってないか調べてみてはいかがでしょうか。
#ちなみに最大認識容量はどうなってるんでしょうか

数々の有効な情報を有難うございます。特に総額7600円さんの件は参考になりました。たにおかさんの指摘でSC-98IIIPを思い出し、差し替えたところ、1MB/secを越えました。最初にセットアップしたときには、こっちのボードを使っていたのですが、IFC-NNが8.4GB以上を認識可能と知り交換しました。ところが、それに必要なBIOSアップデートに失敗し、認識できたのは、3GBのままです。それを2Gと1Gに分割して使っていました。その後、いくつかの問題に気づいたので書きます。もし速度に関係すると思われることがあればご指摘ください。

1. 20GB(40GBをマルチドライブ機能で分割)のうち、認識できたのは3Gのみだった。これは、SC-98III,IFC-NNとも同じ

2. PC-9821 Ra20を入手したので、これにUltra-SCSIボード IFC-USPを介してこのドライブ
をつけた。この「正しい環境」では、2GBと1GBの区画が、8GB、4GBに見え、当然正常なMS-DOSドライブとして認識されない。ちなみにこの環境では、先頭を除くと、11MB/secの速度であった。

3. Windows98 のドライバには、PC-9801-55(DMA Transfer mode)が使用されている。これ
は、本来のIFC-NNドライバでは、IRQの設定ができなかった（あるいは方法がわからなかった）で「本家」のPC-9801-55を使ったと記憶している。

>SCCTLなどでドライブの状態
たとえばどの項目を見るとよいのでしょうか。明らかに思われる現象は起こらなかったのですが、見落としているかもしれないので。

> 3. Windows98 のドライバには、PC-9801-55(DMA Transfer mode)が使用されている。
エマティさんが1.の2)でおっしゃっている通り、
速度低下はまさにこれが原因かなと思います（汗）。
要するに高速なSMITモードでなく、低速なDMAモードで転送しているためです。
ですので、IFC-NNのドライバをお使い下さい。
IRQに関してはどのような問題にあったのでしょうか？しかもそれは
マニュアル中の記述では解決しなかったということでしょうか？
http://www3.melcoinc.co.jp/download/manual/scsi/ifc-nn/96041a03.pdf

　速度ではなくて容量の話ですが、マルチドライブ機能については
不勉強なのでよく知りませんが、分割したドライブが
最大認識容量以内でないとだめではありませんでしたっけ？
だとすると意地でもBIOSを新しくしたいところですが・・・。

>3. Windows98 のドライバには、PC-9801-55(DMA Transfer mode)が使用されている。
ということはこれが原因でしょう（汗
IFC-NNでは，転送方式，割り込みレベル，DMAチャネルなどは，[CTRL]＋[GRAPH]＋[S]を押しながらPC本体を起動した際に表示される「ボードスイッチ設定メニュー」で設定します（詳しくは大熊猫さんご紹介のリンク先を参照）．
BIOS書き換えのできないロットが存在します（お持ちのがそれでしょう）ので，BIOSの件をメルコに相談されてはどうでしょう．

総額7600円様の
＞BIOS書き換えのできないロットが存在します（お持ちのがそれでしょう）ので，
＞BIOSの件をメルコに相談されてはどうでしょう．
に関してですが、以下のページの通り
ハードウェア的な問題なのでメルコに送るしかないかと思われます。

http://buffalo.melcoinc.co.jp/qa/scsiif/b03d0060.html

メルコに送った場合、送料の半額がこちら持ち（元払い発送）です。
修理代金自体は無料になるようです。