>MS-3.3D
MS-DOS 3.3Dのことだと仮定します。
MS-DOS 3.3で扱えないパーティションを指定したのではないでしょうか。
（MS-DOS 3.3は１パーティションあたり128Mまでしか扱えません）

でかいHDDでどうしてもということでしたら、dos6.2か何かでHDDの先頭から127Mをfat16で確保してやって見て下さい。旨くいくかも。
本来12bitなので、2^12=4096セクタ　１セクタが32KBで131.072Mバイトが上限なんです。
これをパソコン風に表示すると（1024byte=1KB）128MBになります。

私は前に同じ症状になりＭＳ−ＤＯＳ5.0Ａを用いて128ＭＢを確保してみましたがそれでも固定ディスクを選ぶとフリーズしました。
でも3.30Ｄはそのままでも実行できる形になっているのでフロッピーの中身をコピーしたら問題なく動きました。ご参考にどうぞ。

ディスク領域の先頭から順にIO.SYS、MSDOS.SYS
(他は順不同)でなければ駄目だった筈ですので
手動コピーの際は御気を付けください。

・システム転送せずフォーマット
・IO.SYSをコピー
・MSDOS.SYSをコピー
・COMMAND.COM〜他のファイルをコピー

CONFIG.SYSやAUTOEXEC.BATなどの記述で
ドライブレターを決め打ちしている部分があれば
それも手直しが必要です。→コピーした先の物

フロッピーの中身をコピーというのをやってみたんですがCOMMAND.COMが見つかりません。
またIO.SYS、MSDOS.SYS、COMMAND.COMはどこに置けばいいのですか？

>フロッピーの中身をコピーというのをやってみたんですがCOMMAND.COMが見つかりません。

職場にあるシステムディスク（日本語MS-DOS(Ver3.3D)基本機能セット）の場合、システム
ディスクは３枚組で、COMMAND.COMはシステムディスク＃１の中に入っています。

>またIO.SYS、MSDOS.SYS、COMMAND.COMはどこに置けばいいのですか？
フォーマットしたHDDのルートディレクトリです。
まくつさんの書かれているように、IO.SYS、MSDOS.SYSは、HDDのディスク領域の先頭から
順に入れないとだめです。
その前に何か他のファイルを書き込んでしまったら、もう一度フォーマットからやり直して
下さい。

IO.SYS、MSDOS.SYSは隠しファイルみたいですがどうやって表示するのですか？

>IO.SYS、MSDOS.SYSは隠しファイルみたいですがどうやって表示するのですか？
確かにMS-DOSだけでは、IO.SYSやMSDOS.SYSは表示もコピーもできませんね。

MS-DOSを使っていた頃は、エコロジーllやＦＤ等のファイラーを常用していたので
すっかり忘れていました。
Vectorで隠しファイルも扱えるファイラーをダウンロードするか、
　http://www.vector.co.jp/vpack/filearea/dos/util/file/filer/index.html
下の手順でインストールを試みてください。

Ａ BVV5@Vice Admiral さんの書かれている方法で、MS-DOS3.3で扱える大きさの
　領域を確保（128MBギリギリではなく、120MB程度）して、システム転送せずに
　HDDを初期化。（起動可にしておく）
　MS-DOS3.3Dのシステムディスク＃１で起動して、インストールを試みる。

Ｂ Ａの方法で固定ディスクを選ぶとフリーズするようなら、
1.MS-DOS3.3Dのシステムディスク＃１で起動、インストール画面でESCキーを
　押して中止を選択。次に出るメニュー画面も終了させる。
2.SYS B:（HDDがBドライブの時）と入力して、システムファイルを転送する。
COPY *.* B: と入力して、全てのファイルをコピーする。
　システムディスク＃２、＃３のファイルも同様にしてコピーする。
3.フロッピーを抜いて、再起動。システムが立ち上がったら、CUSTOMコマンドで
　config.sysを作成する。

この間、私自身が初めて体験した事もあるので、備忘録がてら投稿します。
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＠１　MS-DOS3.3D　で扱えるパーティションサイズ　・・・・・　シュウチの通り（省略）

ここで、大容量ＨＤＤをパーティション切ってフォーマットする際に注意が必要でした。
＠２　MS-DOS3.3DのFORMATコマンドは、大容量HDD（たぶん２Ｇとかその辺のサイズ超かな？）にアクセスするとハングアップする。
　（ぱろさん　ご報告の通りです。）
　（ハングアップ・・と言うか、STOPキーが機能しますので、処理に手こずって悩んでしまうようです。）
　備考：その大容量HDDが存在する環境でも、このドライブは無視されてMS-DOS3.3D自体は問題なく作動します。
　　　　でも、FORMATコマンドでアクセスしようとすると立ち往生すると言う状況です。
　miyataさんが、　＞インストール先を選択してください。で固定ディスクを選ぶとフリーズします。・・・となったのは、
　FORMAT /s が実行されようとして、ハングアップしたのだと思います。

それで、DOS3.3以外（以上）であらかじめＨＤＤを適当なサイズにFORMATする必要があり、ここのスレッドでも指摘がある通りです。
＠３　ただし、DOS６はダメェ〜。　セクタ長などが異なって、DOS３からは知らない領域になる。　
　　　DOS５のFORMATコマンドを使うベシです。
　（パーティションサイズによっては、DOS６でもDOS５と同じになるのかも知れませんが、50M〜100Mあたりは、DOS５のみＯＫでした。）
＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊
と言う事で、DOS３を運用したい領域は、　
まずDOS５でFORMAT　／　DOS３（フロッピー）のSYSコマンドでシステムを送る　／　あとファイル転送　って手順かと思います。
あるいは、DOS５で領域さえ確保できていれば、DOS３の”運用ディスクを作成しますインストール先を選択してください。”
に従う手順でも良いでしょうかね？　・・・意地でもFORMAT（DOS3の）しようとするでしょうか？忘れました・・・

ととと言う事で、miyataさんの現況は良く判りかねるので、バトン！タッチ・・・・＞オットー さん ^^;

>バトン！タッチ・・・・＞オットー さん ^^;

それでは、実験結果の報告です。

PC-9821V10/C4 (HDDは810M) と、MS-DOS 5.0A & 3.3D を実験台に使って、
MS-DOS 5.0Aで120MBの領域を確保した後、８．のレスに記したＡ、Ｂの方法で
HDDにMS-DOS 3.3Dのインストールを試みました。

結果
　Ａの方法　運用ディスクを作成します　インストール先を選択してください。で
　　　　　　固定ディスクを選ぶとフリーズ。

　Ｂの方法　MS-DOS3.3Dの起動成功。

　と、いうことで、この環境ではうまくいきました。
　問題はmiyataさんの環境（MS-DOSのバージョンと、HDD容量）で、うまくいくか
ということでしょうか。