DOS3.3の何のバージョンでしょうか?
同じ3.3でもすんごく?違います。←3.3とか3.3Aとか3.3Bとか3.3Cとか3.3Dとか
あと環境を記述してくれないと的確な回答ができないかと。
HDDとかメモリとか

えーと確か3.3はハードディスクの容量制限があったような?…
HDD1台が128Mの大容量(笑)まで対応だったような?…
(↑3.3の時代はHDDが100Mもあれば大容量だった…)
すまん忘れた…

あと「別マシン」はなんという機種でしょうか?

MS-DOS 3.3で扱えない大きさのHDパーティション（っておそらく全部でしょう）を「スリープ」にしておけば、フロッピーのMS-DOS 3.3が正常に立ち上がると思いますが、ためしてないのでまずはやってみてください。

たにおかさん・まりもさん　レスありがとうございます。　心づよいです。
さてこれから作業・・・という所ですが取り急ぎ情報補足します。
ＤＯＳは３．３Ｄです。　内蔵HDDはオリジナルの1.2Ｇで、win９８ドライブとDOS６のパーティション。
Xa１２では、ハンドリングできない容量のHDDは無視して処理が進むので、今、大パーティションのドライブがあっても無関係のように思っていますし、　後の実際運用を考えるとＯＳ切替のために「スリープ」切替とは少々難儀です。
ただ、問題切りわけのためにこの後、HDDはずしてやってみようと思います。
実は、若干気になる点がないわけではありません・・・・後ほどご報告。
それから、まりもさんの
＞MS-DOS 3.3が正常に立ち上がると思いますが
は、ありがたい情報です。　またのちほどよろしく。

＞HDDはずして
そのために、システムセットアップメニュー（HELP押し電源投入で出る）に、内蔵固定ディスクを使用しないという項目があります。物理的に外さなくてよいわけです。

DOS3.3では、HDDの容量は128MB以下に制限されていたと思います。
内蔵HDDで小容量のパーティションを切るより、SCSIの外付HDDにインストールした方が
切り替えが簡単かも。（ＣバスSCSIボードの転送速度で十分だろうし）
昔、DOS3.3Cの入った外付SCSIHDD（40MB、ゲーム専用）をXa13/K12で運用した記憶が
あります。

さっそくありがとうございます。
問題解決のメドつきました。

実は、1.2GのHDDの先頭領域に不良セクタがあって、第１パーティション５０m（不良）第２パーティション約１ＧＷＩＮ９８　第３のこりＤＯＳ６　
という構成だったのです。
＠１　HDD全部切り離し　fddからDOS3起動　問題なし
＠２　第１領域アクティブ／およびスリープ　どちらも起動できず。
＠３　別の1.6GHDD接続（FAT16）　fddからDOS3起動　問題なし　（ただしこのhddは認識不可）
＠４　FAT16の1.6G（マスタ）＋240MHDD（スレーブ）　fddからDOS3起動　問題なし　
　　（もちろん認識されるのは、スレーブのドライブ１００M強の部分だけ）

と言うわけで、
使用予定の1.2GHDDの先頭の不良領域の部分　あるいは、　
このドライブはFAT32でフォーマットしてたかもしれないので、　こいつが問題・・・と思います。

いずれにしても、やりくりできそうです。ありがとうございました。
FATの問題であればドライブが無駄にならなくて済むんですが、それを願いつつやってみます。
どうもありがとうございました。またよろしくお願いします。

＞HDDの容量は128MB以下
補足しておくと、総容量ではなく１パーティションの容量ですね。
総容量に壁（その容量値以上のを繋ぐと動作不能になるような）があるのかどうかは不明です。
＃原理的にはないような気がしますが…

＞FAT32でフォーマットしてたかもしれないので、　こいつが問題
いえ、FAT32のほうがマシです。「他のＯＳ」扱いになるので、ドライブレター割付けすらなされません。128MB以上でFAT16のパーティションがあると問題になりそうです。

システムセットアップメニューで、設定を初期化にして立ち上げると
うまく立ち上がる事もあります。
過去、何度かそれでハマりました・・・。

話しをゴチャゴチャさせてすみません！。　解決解決ですから。
結論は、[内蔵ハードディスクの先頭部分の不良−−−物理的って言って良いかもしれない障害−−にDOS3.3Dが起動時にアクセスしようとしてハングアップする］
と言って良いと思います。（・・・違うって叱られても、そう納得してます^^）
物理的に壊れていた所があった−−−と言うだけのオチなのでクドクド投稿するまでもない話しだとも思いますが、立場上投稿いたしますネ。
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＠状況１　この内蔵HDDのフォーマットは、FAT16でした。
＠状況２　先頭部の不良が、ひどい奴でした。
　　数年前、トラブッたので兎に角５０Mほど切りわけておいたのですが、今回じっくり見たら、
　　WINDOWS上からは、FORMATが一応終了する。　SCANDISKを実行すると、１目盛も進まずハングアップ。
　　ＤＯＳモードでSCANDISKを実行したところ、７%（50Mの）まで進んだ所で、カリカリカリカリ・・・頓挫。
　　同じくＤＯＳモードでFORMATを再実行したところ、正常終了ではなく７%のところで中止終了。
　　（それをWINDOWS上で見たらサモ何事も無かったように見えてしまうんですね・・・チョトびっくり）
　　つまり、アクセスしたら泥沼にはまる領域になってしまったようです。
＠状況３　このドライブを諦めて、現在他の1.6GのHDD（FAT16）をぶらさげています。
　　あとは、ここにWINDOWSをインストールするつもりです。　
　　（あけ渡した1.6GのHDDの代わりに、80Gを仕入れてきたので、今はそっちを片づけています）
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参考ってか、試した事書いておきますと・・・
この泥沼領域は、WINDOWSやDOS６はシカトして何事も無かったように起動・組み込みします。
DIRコマンド、CHKDSKコマンドは通ります。　書込するとたぶん異常発生すると思うのですが、これはやってません。
念の為の確認にと、DOS5.0Aでもアクセスしました。　これもＯＫです。
ウブなDOS3だけが、幼くも餌食となってしまうようです。

ただドライブ捨てるのも惜しくて、領域解放で何とかならないか？ってトライしたのですがダメでした。
”領域解放”って言ってもウワベだけなんでしょうか？　
まあ”未使用領域”として認識されてる訳だから、存在を消すって訳には行かないのでしょうね＠＠。
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あと、補足・蛇足ですが、、、、
まりも氏の７番投稿（挨拶が遅れましたが、ドライブコピーは私も活用させていただいてます！）
＞いえ、FAT32のほうがマシです。　　・・・・これ良く理解出来ません。何か違うことですか？
皆さんもそうだと思いますが、　昔は、ちっこいドライブに
ＷＩＮ９５／DOS５とか６／DOS３　なんて切りわけて入れておいたでしょ・・・
それと、パーティション・総容量については　４パーティション／１ドライブなどと言った制約が別途ついてきますね。

いずれにしても、数年にいちど、老朽化ＤＯＳマシンのトラブルの為にひと騒動です。
今回も、破棄するDOS６の領域を別のドライブに引越しようとして、１００Mの領域を新規に作りましたが、
いざDOS３からアクセスしたら、それこそ”他のＯＳ”としてドライブレターをもらえませんでした。
DOS６でフォーマットした100Ｍの領域が、セクタ長５１２になってたのです。
あらためて、DOS６で領域解放・・・再度DOS３でフォーマットでやれやれ解決なんて目に遭いました。

このサイトだけが頼みの綱なので、まりもさんはじめみなさんどうそよろしく。

少々気になりましたので書き込みさせていただきます。
当方、ＭＳ−ＤＯＳ３．３Ｃの入ったＦＤで試した所、何事も無くＦＤから立ち上がりました。以下、試行時の環境です。

環境１ PC-9821 Cx model S3 （初代キャンビー）
CPU:ODP(IntelDX4 100MHz) / RAM:20MB
HDD:540MB(FAT16,Single Partition) / 純正品
環境２ PC-9821 Rv20/N20
CPU:Tualatin Celeron 1.4GHz / RAM:288MB
HDD:10GB(Part.1 is NTFS<9.5GB> / Part.2 is FAT16<500MB>) / with UIDE-133/98

以上のように、当方の環境では１２８ＭＢオーバーのＦＡＴ１６ＨＤＤが接続されていても問題無く起動しました。但し、認識していないので「無効なドライブ」となり、当然全く読めません。
問題解決の御参考に如何でしょうか？

イスバス さんへ
ちなみに、まりもさんの
＞いえ、FAT32のほうがマシです。
について、Windows95 OSR2辺り以降の説明書に書いてあることですが、純粋なＤＯＳからＦＡＴ３２ドライブは全く認識できない、と言うようなことが書いてあります。勿論ここで言うＤＯＳとはWindowsの付属品(MS-DOS 7.x)ではありません。この付属品についてはＦＡＴ３２がそのまま読めてしまいますので。

こちらのミスにより途中で切れてしまったので、直前の補足です。
（最後の文より）〜ますので。つまり、ＤＯＳ上で無かったことになる（ドライブレター無し）ので“マシ”、と言うことであると思われます。（これで合ってますか？＞識者の皆様）
……ただ、私は後述のバージョンしか使用したことが無いのでこれ以上は判りません。５.０Ａ−Ｈと３．３Ｃでは読めない事を確認しました。

ＧＺＪ１００Ｗ さんのお書きの通りです。MS-DOSは、まず起動すると、

１．パーティションテーブルにあるファイルシステムIDを見て、FAT12,16であれば、とりあえずドライブレターを空で割り付ける。

２．"Microsoft..."のメッセージ表示してから、そのドライブレターのブートセクタ（のドライブパラメータブロック）の内容に従ってドライブのパラメータを決める。

３．ここがおかしな内容になっていると（そのDOSバージョンの知らないタイプのブートセクタだと）、そのままハングアップしてしまう場合と、「無効なドライブ」として起動する場合、とがある。

というシーケンスをたどります。FAT32の場合は１．の段階でもう処理がパスされるので、ハングアップに至ることがありません。

＞総容量に壁（その容量値以上のを繋ぐと動作不能になるような）があるのかどうかは不明です。
７．への自己レスですが、MS-DOS 5.0Aの初期のものは、HDDの総容量が1GBを超えているときに、最終パーティションが1GBより後ろに存在すると、まったくメッセージなしでハングしてしまうバグがあります。これは処理の１．で止まっているのだと思われます。