PC-9821A-E02はWindows95非対応だそうです．
で，これを挿すとDOS／Windows3.1で本体のプリンタポートが使えなくなるのは，メモリマップか変わるためとかなんとかそんな感じの理由だったと思いますので（ぉぃ），Windows95でA-E02のプリンタコネクタが使えなくなるのは多分正常かと．
＃RLだとどうなるのかな？

えぇ、WIN95非対応品というのは分かっています。

そういえば、現在の（WIN95のLPT1の）ドライバは「36pinパラレルインターフェース」です。と、いうことは、E02上のポートは、ハイレゾのI/Oアドレスでアクセスできて、本体のはIEEE1284のI/Oで、それぞれ独立してアクセスできる、ということなのでしょうか？
であれば、
>メモリマップか変わるため
H98のLPTドライバを組み込めばいいのでしょうか？
Nモードでアクセスできるのですから、「E02ではHモードの機能はNモードからは叩けない」とは違うような気がしますが、どうなのでしょう？

8255相当プリンタI/Oポートはハイレゾ、ノーマルモード共通で、ハイレゾボードを入れた場合はおそらく回路がそっくりすげ替えになるんではないかと思います。つまりノーマルモードであってもハイレゾボードのセントロ端子から出力になります。

いっぽうIEEE1284相当プリンタI/Oポートは、これとは別アドレスにあり、おそらくノーマルモードのときしかマップされておらず、これは本体のプリンタポートのセントロ端子のみに接続されているのではないかと思います。

Windows95のドライバは1EEE1284相当ポートのほうを使用しているために、ハイレゾボードのセントロ端子には出力されず、本体のほうから出るのではないかと思われます。以上全部推測です(^^;)。

また大嘘書いちまいました（死

基本的に1.の内容で間違ってないと思いますけど？？？

すると、E02ボードを挿すと、確かにN/Hモード用プリンタI/OアドレスはE02の方に置き換わってしまうけど、実はIEEE1284のI/Oアドレスは陰で生きていて、（IEEE1284に切り換えておいてから）そこをアクセスすると本体のポートへアクセスできる、と考えて良さそうですね。

・・いや、ですね、事の始まりは、「E02ボード装着したときは本体プリンタポートは使用できません」なんて説明書に書いてあるもんで・・ねぇ。

＞H98のLPTドライバを組み込めば
H98シリーズのプリンタポートと従来のハイレゾ(98RLなど)のプリンタポートとは、また少々違うようです。うまく行くかどうかわかりませんがやってみる価値はあるかも？。

>「E02ボード装着したときは本体プリンタポートは使用できません」
なのは昔の片方向パラレルのことでしょう。初代9821 MATE世代ならともかく、
本体側の双方向パラレルでいいんじゃないですか。

いやたぶん問題点は、ハイレゾDOS使用時とWin95使用時にプリンタの切り替えをしなくちゃいけなくて面倒だ、ということなんでしょう(^^;)。

そうですね、一回組み込んでみる実験をしてみます > 手元に今無いので、今週末に・・。

>昔の片方向パラレルのこと
でも、あの説明書の文句では引っかかっちゃいますよぉ。片方向（14pin相当）/双方向（MATE方式）の区別はカケラも書いてないのですから < あたし一人だけだったとしても、言い張ります・・。

>プリンタの切り替え
そう、最終的な問題点はココにあり、いちいち裏に回ってケーブルの着脱をしないといけないですからねぇ。切換機入れるほどでもないので（Hモードの使用頻度の問題）・・。

WIN95の説明書/カタログに、E02ボードの件の云々は書いてなかったような気がしますが、もしかしたら記載あったのでしょうかね？

A-E02って初代mate-A（Ap/As/Ae＋Af）の頃のボードですよね．この頃のPC-98のプリンタポートは双方向通信に対応したものではなかったし，Windows95もまだ出ていなかったので，A-E02のマニュアルに双方向云々の記述がなくても変ではないかもしれません（mate-Aのプリンタポートが双方向通信対応となったのは二代目（Ap2/As2＋An）からです）．
と言うわけで，
>＃RLだとどうなるのかな？
というのは愚問もいいところですな（恥

>A-E02のマニュアルに双方向云々の記述がなくても変ではないかも
残念ながら、実は、E02の説明書は持ち合わせていないのです。ところが、Ap3の説明書に「しっかりと」記載されているのです < そう、Ap3のマニュアルの記述を引用させていただいていました。
まぁ、WIN95以前のハードウェア製品は、WIN95によって「仕様変更」されてしまう、というのは当たらずとも遠からず、と言ったところかもしれません。それ以前に「非対応」のレッテルを貼られてしまうのがオチですか。

というとプリンタポートはH98互換なのかな? > A-E02
同様なポート構成のメルコのcomboボードも確かWin95非対応だったし。

実験してみました@Ap3+E02ボード。
結果としては「本体、EO2ボードとも」使用できるようです（「ようだ」とは、テストは十分にやっていないため）。

「ハードウェアの追加」から追加しようとしても、特にH98やRL用のプリンタポートの選択肢はありません。
仕方ないので、「8bitインターフェース」を追加して、デバイスを有効にしてもポート番号が割り当てられません。
あーでもない、こーでもないと弄っていたので、途中省略で結果から。

(1)「MSPORTS.INF」の[MS_LPT]を「LogConfig=l198」に修正。
H98用はI/Oポート0448hを使うようです。このポートがH98で追加されたDMA機能とかのアドレスですかねぇ。
DEBUGコマンド等で（WIN95上、N/Hモードで）アクセスしても0FFhが返ってくる&書き込めないことから、E02ではマップされてない模様です。
(2)[l198]に「IRQConfig=14」を追加。
(3)[l121]から、40h〜46hの部分をコメントアウト。
(4)デバイスマネージャから「36pinインターフェース」を削除。
(5)ハードウェアの追加から「8bitインターフェース）を追加→LPT1に割り当て。
(6)ハードウェアの追加から「36pinインターフェース）を追加→デバイスを有効にしてもLPT番号割り当てられず。
(7)レジストリの[HKEY_LOCAL_MACHINEEnumRootPorts002]（うちの場合）に
"FRIENDLYNAME"="プリンタ ポート (36 pin パラレル インターフェイス)(LPT2)"
"PORTNAME"="LPT2"
を追加。
(8)LPT1の使用は問題なし。LPT2から印刷すると、プリンタスプーラが働かない模様。でも、印刷はできる。

やはり、E02ボードは、ボード自体がRL互換（正確にはXAか？）みたいです（H98の機能は無いみたい）。RLがWIN95非対応な事を考えると、その同等機能提供ボードとなるE02全体が非サポートになるのは納得のいくところです。
640KBのVRAMらしきMPDRAM、160KBのSRAM、1MBのMROM、FROM（容量不明）を搭載しています。やけに豪華ですな。

・・まぁ、こんな実験やったところで、メリットある方は居ないですわね。実は、本人もその必要性？を感じていなかったりします（他PCにつながっているプリンタにネットワーク経由で印刷できる）。
レジストリにも同時に書き込むINFってどう書くのでしょうねぇ？なお、INF、レジストリの記述法は「まったく」知らないため、合っているかどうかはわかりません。