とりあえず自分の知る限りでは起動障害の起きないPCI用IDEボードはUIDE-98、UIDE-66、BIOSを無効化したPC/AT互換機用のIDEボードとなると思います。
自分の過去試したことのある例では・・・

☆SiliconImage(CMD)社のATA100チップ
http://www.cham-reo.com/logsearch/archive/stage_3/maniax/sled15714.html
ATA133チップなら現行で安価に入手可能でおそらく同じような挙動を示すとおもわれます(未確認)
外部にROMを持ってるので引き抜け(剥がせ)ますし、PC-98用BIOSを作ってる人も多少いるようなんでそのうち起動可能になる望みも僅かながらあります(完成報告は聞いてませんしできても公開や販売される可能性も低いでしょうけど)
またちゃんとIDEとして認識されますのでSCSIと誤認されて書き込みソフトが使用できなくなったりしないのでお勧めです。
ただしWindows2000だとPIO転送のみでかつ全く速度がでません(ドライバや設定をいじれば改善する可能性も無いとはいえませんが)

☆Promise Ultla100
http://www.cham-reo.com/logsearch/archive/stage_3/maniax/sled15714.html
現行では手に入りませんが中古などでは安く入手できると思われます。ハンダ付けされたROMがありますのでニッパーなどで剥がせます。Ultla100tx2以降はコントローラーチップにBIOSも統合されているためにBIOS無効化は困難でしょう。
速度も一応ある程度でます(20MB/s程度はでましたんで少なくともDMA動作はしてるはず)。

その他現在簡単に手に入るものではHighPoint、ACARDなどのコントローラーの各種ボードがありますがどれも一筋縄では以下無そうな予感(笑)

訂正：以下無そうな予感(笑)＞いかなそうな予感(笑)

　玄人志向ATA133RAID-PCI(SiI680)確か3000円くらい？・・・の例です。
HDDはMaxtorのDiamondMax Plus9 80GBです。
当方のATA133RAID-PCIはFLASH-ROMとしてSilicon Storage社の
SST39SF010が載っており、これはデータシートが公開されていますので、
CE(chip enable)をLEDなどで起動時に眠らせたり、その上で
DOS中で起こして書き換えたりすることは容易です。

HDBENCH Ver 3.30の結果の一部です。
ベンチマークテストを走らせたのはこれが初めてでしたが、
起動ドライブとして用いたときは下記のとおりです。
（PC/ATフォーマットでの動作は未検証）
なお、ベースクロックは66MHzに上げてありますが、
intelsatなどによるソフトウェアチューンおよび、
原発乗っ取りなどは全くしていません。
M/B Name PC-9821V7(G8UYC)
Processor Pentium 199.06MHz[GenuineIntel family 5 model 2 step C]
VideoCard Matrox Graphics MGA Millennium
Resolution 1024x768 (32Bit color)
Memory 47,676 KByte （※2nd Cacheなし）
OS Windows 2000 5.0 (Build: 2195)
Read Write Copy Drive
27247 21453 4249 C:1000MB

OS Windows 98 4.10 (Build: 2222) A
Read Write Copy Drive
21074 16494 7649 A:1000MB

　コントローラはSCSI認識になっています。NEC-NR9200Aを用いて
B's recorder GoldならWindows98SE、2000ともにCDRに書き込みできています。

ちなみに
http://www.cham-reo.com/logsearch/archive/stage_3/pc-98/sled15644.html
が430VX+UIDE66のものです。えらい負けてますね・・・。
http://www.cham-reo.com/logsearch/archive/stage_3/pc-98/sled15644.html
が上記の環境に近く、山猫機でUIDE66です。

resありがとうございます。
>aimさん
　一応、件の書き込みに関しては、過去log検索で引っかかったので、実は読んでありました。
　とはいえ、貴重な時間を割いての書き込みありがとうございました。
>大熊猫さん
　貴重な情報ありがとうございます。
　ただ、CMDのチップは、CHANPON2で実験したときの印象が、あまりにも悪く敬遠していました。
　とりあえず、今日会社の帰りにヨドバシに行って、SYSTEMTALKSのATA-100カードが、簡単に
ROM抜きできそうなので購入してきました。
　結果は、見事に玉砕です。(T^T)
　まず、そのまま挿すと、起動せず。（予想通り）
　そこで、ROM抜きしたところ、起動はするものの、一切カードを認識せず。(^^;
　試しに#CEと#OEを試しに、どちらかもしくは両方を無効にしたところ、やはり、起動障害か、
カード不認識かで、見事に玉砕が確定しました。（爆）

　ちなみに、カード自体はINFファイルを調べたところ、HIGHPOINTのOEMでした。

開き直って、プレクのSCSIx40のCD-Rでも買うかな。（爆）

あぁ、Aimさんすみません。はんどるが「aim」になってました。

ATAカードではないんですが、
http://www.ratocsystems.com/products/case.html
を利用してATAドライブの運用はいかがでしょうか？

せっかくPCIバスが３つあるXv/Wモデルですから、一つIEEE1394ボードやUSB2.0を挿してみて、上記ケースを使用してみてはいかがでしょうか？

一応当方Ra333M60でWin98SE/Win2000SP2にて、CHANPON3ボードのUSB2.0を経由して使用しております。HDDケースも使用しておりますが、READ、WRITEとも15MB/s程度出るので速度的には問題ありません。
CD-Rも16倍速焼きしてもBurnProof等の焼き支援機能は作動してません。

あ、ただ値段的にはご希望に添ってませんね。（汗）
でも98に愛があればそんな投資は問題ではない！と言った感じで購入、使用してます。(^^)

>そこで、ROM抜きしたところ、起動はするものの、一切カードを認識せず。

本来の用途ではありませんがまりもさんのVGA BIOS出現は使えないでしょうか？
アドレスが違うかな？

>祐原ショウさん
　一応、外付けのUSBケースも考えたんですが、データ転送中の負荷が高いのがどうも・・・
　ちなみに、安いケースは挑戦者で6800のがあるので、予算的には悪くはないんですけどね。
>mayaさん
>本来の用途ではありませんがまりもさんのVGA BIOS出現は使えないでしょうか？
　これも考えたんですが、すでにRADEON9000動かすのに使っており、２重組み込みはできないだろう
ということで、実験しなかったんですよ。

VGAenbはVGAなデバイス専用ですので。
それにROMを物理的に引っこ抜いてしまったら、どうやっても出現のさせようがないです(^^;)。

IEEE1394じゃ駄目なのか？
ドライバーもOS標準装備、負荷も低くて素敵

http://www.canopus.co.jp/catalog/dvtx/dvtx200_index.htm
これは少し高いですね（勘違

まぁ起動できないATAカードをまともに動くかどうかわからずに博打で導入するのは正直あんまり意味ないかもしれませんね。
CD-Rとかだとソフトの問題もありますがやっぱPC-98ではSCSIかIEEE1394かUSBに変換するのがいいのかもしれませんね。

タイミング良く(?)、UIDE-133改のニュースが。