Windows2000のＰＣ９８ディレクトリをコピーして、winnt.exe を実行してみてはいかがでしょうか？
FDだけでは非常に時間がかかると思いますので、Win95などからネットワークを通じてコピーした方がよろしいと思います

mayaさん有難う御座いますwinnt.exeをFDにコピーしてって事ですか？
よろしくお願いします

書き忘れましたが現在このノートはフォーマットした状態で
HDDには何も入っておりません。

>Windows2000のＰＣ９８ディレクトリをコピー

ここにある通り、ネットワークや外付けCDドライブか何かを通して
そのノートのHDDにWindows2000のCDのPC98ディレクトリ全てをコピーし
Winnt.exeを実行してみては、と言うことです
FDのみでインストールしようと言うのは
文面から察するにあなたには無理でしょう（色々技術的に）
ましてや掲示板で、あなたに理解できるよう説明するのは不可能だと想います

辛辣な言い方で申し訳ないですが、付属の起動ディスクも無いならば
他に起動可能なPC-9800なりパソコンが無ければ無理とお考え下さい

もしどうしようもないならば、ＯＳのインストールを請け負う業者等もありますので
そちらへ出されるのが一番の近道かもしれません

他にデスクトップPC98を持っているなら、2.5"→3.5"アダプタかませてデスクトップ上で
といいたいところですが、それなら起動ディスクくらいつくれそうなモノだし。

あと、そのCD-ROM、PC98対応になっていますか?(AT互換機用は使えません)

誰も突っ込んでいないので…
一応98モバイラー掲示板の方が適切なアドバイスを受けられると思います

FDDのみで、HDDはシステムが何も入っていない場合は相当苦労するか、デスクトップマシンでWin2kのインストールに必要なファイルをHDDにコピーした方が早いです。
#どちらもやることが同じですが数百MBレベルなのでFDで移動となると数時間の覚悟はしておいた方が良いでしょう

win95ならFDでインストールができます。FDが40枚ぐらいだった…記憶
これで、ネットワークを動くようにして、必要なファイルをコピーしてきてwin2kをインストール。
問題はもうwin95の入手が難しいということと、win95でネットを動かすのは力業になるところがあることです。
後は、HDDの容量の問題もあります。１Gぐらいはインストール時に必要だった？と思います。
自力では、もう一台のデスクトップ９８２１（９８０１）とCD-ROMを読み書きできる状態を実現しないと難しいです。
環境の整った友人のところに持ち込むか、業者に依頼されるほうが問題の解決になります。