すいません、名前が「わ」になってました。「わっふー」と申します。

Windows2000の起動ディスクなら作れますけど、Win9xは無理でしょうね。

ためしたことは、ないのですが、次の方法は、どうでしょうか?
1.dos/v機で、windows98のCDの中のwin98nフォルダより下からebd.CABを取り出す。（このファイル自体、別のCABファイルの中にあります。ちなみに、win98のアップグレードCDでは、base4.cabでした。）
2.EBD.CABの中から、format.comと、sys.comを、取り出す。
3.dos/v機のwindows98のms-dosプロンプト上で、取り出した、formatと、SYSを使って、FDをフォーマットして、システムを、転送する。
4.後は、過去ログのwindows98のクリーンインストールを参照して、ドライバーとかを、組み込んで、CD-ROMを使えるようにする。（ドライバー自体は、base4.cabとbase5.cabとedb.cabの中に、あるようです。）
5.そのFDで、winndows98を、クリーンインストールする。
と、言うのは、どうでしょうか?

あれ？よっくよんだら
>COMMND.COMしか見つからず
ということはmsdosc.sysとio.sysは入っているんですよね？（でないとsystemが立ち上がらないので見ることができないはず）。
ＡＴ機のほうでドライバその他の必要なfileを悩める星さんの方法等で９８用のCDから抜き取ったり代用品CDDドライバをvectorから持ってくるとか、そのほかのfileを記述してそれをHDDに入れれば良いのでは？と思います。
MOなどがあればCABだけHDDにコピーして（FDでやるのはいやですね）、setupする方法で行けると思います。

↑msdosc.sysってなんだい、msdos.sysです。失礼しました。

ちなみに、1ヶ月前くらいにPC98上のNTからWin95の起動ディスクを作成しようとした
ところできませんでした(おかげでWin95/98のセットアップディスクを探す羽目に)。

>3.dos/v機のwindows98のms-dosプロンプト上で、取り出した、formatと、SYSを使って、>FDをフォーマットして、システムを、転送する。

MS-DOSプログラムは機種依存していますので、多分PC-9821用のコマンドはAT互換機上では動かないと思います。

皆様レスありがとうございます。
皆様の書き込みを元にいろいろやってみたのですがどうもうまくいきませんでした。
その後押入れを探していたらプリインストール状態に戻すためのフロッピーが出てきたので、そこからCDドライバを抜き出したらセットアップできました。
お騒がせしてすいませんでした。
ありがとうございました。

問題は解決したようですが、これは前に実験したことがあります。

家ではAT互換機でNEC版SYS.COMは動くけど、FORMAT.COMは動きません。(MITSUMI D353MD)
1.44MBのFDにSYS.COMでシステムをコピーしても起動出来ちゃうんですが、アレですよね。

必要なファイルは下記のバッチファイルで抜き出せます。
カレントドライブのルートにboottmpディレクトリを作ってその中に展開します。
CDドライブのドライブレターはset CDDRV=Q(デフォルトQ)で指定して下さい。
DOS窓上で実行されることを想定しています。SYS.COMはEBD.cabにはいってます。
WINDOWS98(無印)Upgrade版CDで検証しました。

set CDDRV=Q
md oottmp
cd oottmp
%CDDRV%:WIN98NEXTRACT.EXE /Y %CDDRV%:WIN98NBASE5.CAB winboot.sys COMMAND.COM *.ebd NECCD?.SYS FINDRAMD.EXE RAMDRIVE.SYS HIMEM.SYS DISKINIT.EXE
%CDDRV%:WIN98NEXTRACT.EXE /Y %CDDRV%:WIN98NBASE4.CAB EBD.CAB DRVSPACE.BIN
copy %CDDRV%:WIN98NEXTRACT.EXE oottmp
echo ;W98EBD >MSDOS.SYS
ren winboot.sys IO.SYS
ren README.EBD README.TXT
ren CONFIG.EBD CONFIG.SYS
ren *.EBD *.BAT
%windir%commandattrib +R +S +H IO.SYS
%windir%commandattrib +R +S +H MSDOS.SYS
set CDDRV=

普通にcopyではなくディスクユーティリティなどで、PC-98の
IO.SYS
MSDOS.SYS
COMMAND.COM
を順にFDの先頭から書き込んでやれば、PC/AT機でもPC-98のMS-DOS起動ディスクは作れたと思います

もう問題解決済みのようですが、有名なよく使われる結構便利な方法をひとつ。

それはRDISKというDOSのフリーソフトとパラレル/シリアルのクロスケーブルを用いる方法です。

RDISKというソフトはサーバー側のFDD/HDD/CD-ROMドライブ等をクロスケーブル経由で
クライアント側にリダイレクトするPC-9800/AT両対応のソフトです。
これを用いればPC-9800とATをつなぐことやドライブを共有することが可能となるので
CD-ROMが使えないマシンにCD-ROM版のWindowsなどをインストールすることができるようになります。
また入手したクロスケーブルはWindows9Xのケーブル接続からも使える
(95無印と95aでは不可のこともある)ので結構便利です。
ただRDISKはDOS上からしか使えない(Windows上のDOS窓不可)のので注意して下さい。

私はhttp://www.05.alphatec.or.jp/~tagosaku/ra.htmでRDISKの存在と使い方を知りました。
結構詳しく書かれているので参考にして下さい。

後、PC-9821用(PC-9801では不可)のパラレルクロスケーブルなんてあまり売っていませんが、
Bic P Kan横浜駅前店ではPC-9821に取り付けるコネクタと、
プリンタについているコネクタを持つパラレルクロス化アダプタがありました。
これは片方はPC-9821のパラレルコネクタにつなぎ
反対側には市販のプリンタケーブルをつなぐものでした。
多分自作する以外はこれくらいしか市販品ではないかと思います。

＞ozumaさん

　98用のIO.SYS, MSDOS.SYSを書き込んでも、ディスクのIPLが98用でないと
　起動できません。
　結局、ディスクの初期化のために98が必要になってしまいます。