私は店頭で無料配布されていた Disc Manager Ver9.54 を使っていますが、これは PC-98 では使えません。
他のメーカーの物も DOS レベルで動作する物は間違いなく PC-98 では使えないと思います。
とりあえず BADセクタを消すには ローレベルフォーマット + Zero Fill で何とかなる場合が有ります。
Seagate の WEB からは Disc Manager を落とす事は出来無いみたいですが、代わりに SeaTools が使えないでしょうか?
★私自身は使ったこと無いんですけど(大汗
http://www.seagate.com/support/disc/drivers/index.html