まぁ、８６音源っていうか、アタリ仕様がつながるのは９８とＭＳＸぐらいだし。（ぉ
で。
今、古ＰＣブーム(?)なのでＸ６８０００用や、ＭＳＸ用をおいかけるのはどでしょ。
ＦＭ−ＴＯＷＮＳでもかまいませんが（ぉ

ちなみに、アタリ仕様に一番近いのはセガの旧ゲーム機で、
メガドラパッドは基盤数箇所、切断＆ジャンパ、
マークIII系にいたっては、１つ、ピンを差し替えるだけでアタリ仕様になります。
古ゲームは流行っているので、これらの方法で作ってみるのもアリかと（＾＾；

こんなのはどうでしょう？

昔、私が作ったソフトです。(^_^;
マイクロソフト SideWinder GamePad（以後SWGP）を
ATARI仕様の2ボタンジョイパッドとして使用できるソフトです。

新たにD-Sub 15ピンを搭載したボード（118音源、SB16/98、WaveSter）と
SWGP を購入しないといけませんが・・・SWGPって入手性が低そう。
ＵＳＢ変換アダプタ付きのサイドワインダーはＮＧです。

ソースを改良してアナログ・パッド用にした方がいいかも。

SideWinderGamePad to ATARI（アセンブラのソース付き）
http://hp.vector.co.jp/authors/VA027311/arc/sw2atari.lzh

X68k なんかのものは如何でしょうか?

FM-TOWNS用の6ボタンPADも使えます。
さらに入手性は低いかも。

壊れたということは、基盤が残ってるわけだからアキバにいってアーケード用のジョイスティックキットを狩ってきて基盤につけ直して、ケーブルが断線してるならそれもあるだろうからそれも付け直して自作してしまうというのはどうだろう
ちょっとしたハンダの技術と一番安いテスタがあれば出来る内容だし今後の事も考えれば悪くない選択だとおもいますが？

マックスロードの中古あたりにちらほら見られます。＞アタリ仕様PAD

大量に所持。但し安物ばっか。

Atariパッドの配線はコネクタとトリガボタン、ジョイスティックがパラレルに配線され
ているだけですので、簡単に作れますよ．
余ってる(もう使う予定の無い)家庭用ゲーム機のジョイスティックやパッドなんかを利
用して製作すれば、限りなくゼロに近い出費で製作できます．
工作知識も中学生の技術家庭科レベルあれば十分ですし．
とりあえず、おいらのブックマークからAtariパッドの配線図が載ってるページを引っ
張ってきましたので、よろしかったらどうぞ．

「The Hardware Book」より
http://www.sonic.net/~alanwall/hwb/co_JoystickMsx.html

日本橋の共立電子に何個か置いてたと思いますが、今も売っているのかな？

こんにちは。
アソビットシティのPCソフトフロアのワゴンでそれらしいのを見かけました。
確か500-だったかな。ボタン４つのタイプでした。＜違ったらすいません。

４ボタンというのはアヤしいですねぇ。
アタリ仕様は基本が２ボタン仕様ですから。
ただ、拡張可能な機種（Ｘ６８０００など）ではボタン数が増やせますし
※ほかのアタリ仕様でつかっても、２ボタンだけは生きてることが多い。
連射ボタンを分離したパッド（たしか形がハドソンのジョイカードみたいな）
とかもありますんで、どうとはいえませんが（＾＾；