「管理情報不正」というのは、比較的古い(マルチベンダに対応していない)SCSI
ボードに、別のSCSIボードで初期化したHDDを接続した場合に表れます。これは、
これから使用する予定のSCSIボードに、これから使用するHDDを接続した状態で、
初期化(←FORMAT/H)をすれば正常に認識できるようになります。
　表記からでは状況が良くのみ込めませんが、とりあえず、BX3で540MBのHDDを使い
たいのであれば、BX3に540MBのHDDを接続して、MS-DOS 5.0A のFDDで、初期化と領
域確保すれば、MS-DOS 5.0A をインストールした状態になりますから、それから、
MS-DOS 6.2 をインストールすれば問題ないと思います。

>この「システム管理情報が不正です」といったメッセージはどのような時に表示されるのでしょうか。

初期化を途中で止めた場合も発生します。
具体的には、初期化途中でPC本体や対象となる外付HDDの電源を切った場合等です。
以前私も同様の経験をした事があるのですが、この場合はMS-DOS付属のFORMAT.EXEではどうにもならず、SCSIボード付属の初期化プログラムを使って管理情報が格納されている領域をクリアしなければ駄目でした。

>なぜか全てのＨＤＤが「管理情報不正」と出るようになってしまい、フォーマットも出来ない、ＯＳのインストールも出来ない、ブートも出来ないＨＤＤになってしまいました。

HDDの順番を色々と替えていらっしゃるのですよねぇ...
単に問題のHDDを1番目に持ってきているからとか...
元々FSに付いていたHDD(だけ)をFSに付けても状況に変化がないのでしょうか？

それから御使用されている環境を出来る限り詳しく書きませんと、アドバイスも自然一般的なSCSI使用時の対処法しか得られないと思いますよ。^^

この場合の環境とは、PC本体の型番・SCSIボードの型番・SCSIボード以外に他のボードを搭載しているか、その場合は更に型番もなど.

詳細を記載することを忘れておりました。ＨＤＤ三台も失ったショックで…。
９８ＦＳ、ＢＸ３/Ｕ２共に緑電子製ＳＣＳＩボードを積んでおります。ＢＸ３の方のボードは
自己診断機能や各種設定モードを搭載したもので、こちらの設定はデフォルトのまま
替えておりません。
ＨＤＤはＴＥＡＣ製１２０ＭＢとＬｏｇｉｔｅｃ製１２０ＭＢをＦＳに繋いであり、
緑電子製５００ＭＢはＢＸ３に繋ぐ予定でおりました。最初にＴＥＡＣ製ＨＤＤ→緑電子製
の順番でＦＳにディジーで繋いでフォーマットを掛けようとしたのですが、そこですでに
「管理領域の不正」というメッセージが出て初期化・領域確保＆開放・状態変更が出来なく
なっていました。

次にＦＳに緑電子製のものだけを繋いでＭＳＤＯＳ５．０のインストールディスクを起動、
セットアップを中止して、ＦＯＲＭＡＴ／Ｈコマンドで初期化を掛けました。その際には
初期化の作業は出来るのですが、なぜか領域確保の容量が５０６ＭＢとなっており、改めて
指定領域を５００ＭＢに設定して領域確保を行うと、処理終了後もＨＤＤを認識せずに
再び「管理領域が不正」とメッセージが出て、また初期化を賭けなければならない状態に
なってしまいます。他の２台は本格的に逝ってしまったらしく、初期化を始めるとアクセス
ランプが点灯したままフリーズしてしまいます（アクセス音もしません）。

今はこんな状態です。多分復旧は難しい状態にしてしまったと思います。ろくに知識の無い
人間がいじりまわすと最悪の結果になるという良い例だと反省しております。

みなさんにはお手数をおかけ致しました。とりあえず新しくＨＤＤを購入しようと思って
おりますが、ボードはこのままで使えるのでしょうか。中古のＨＤＤを購入した場合の、
注意点などを教えていただければ幸いです

>初期化を始めるとアクセスランプが点灯したままフリーズしてしまいます
これ、本当にフリーズしたんでしょうか?
　540MB級のHDの初期化を行うと1〜2時間はざらにかかりますが、それを我慢できないで
リセットしてしまったとか…。しばらく我慢して放っておいてみましょう。
　なお、古い(今や何を持って古いというんだという突っ込みは置いおいて)SCSIボード、
特に別メーカ同士で使用していたHDの混在使用はまずい状態になります。

>初期化を始めるとアクセスランプが点灯したままフリーズしてしまいます
かねやす様がおっしゃるとおりかなりの時間がかかりますよ。

その上スキップセクタ(不良セクタ)があると format がそれを復元しようとするので
30MB相当のスキップセクタ(不良セクタ)があると
300MBのHDDで一晩かかってもフォーマットが終わらなかったことがありますので
気長にフォーマットするしかないと思います。

みなさんお返事ありがとうございます。ＨＤＤの初期化についてですが、１２０ＭＢのもの
２台に関してはしばらく（１時間ほど）放っておいたのですがやはり変化はありませんでした。
正常な頃に初期化したときにはそんなに時間はかからなかったので多分本格的に異常をきたして
しまったと思うのですが…。５００ＭＢ（容量間違えておりました）のほうも最初に初期化
出来た時は終了メッセージが出るまでほんの３０分くらいでした。今は初期化中、半分くらいに
なるとアクセスランプが消えて、そのまま反応が無くなってしまいます。

一応ＢＸ３のほうには内蔵タイプのＨＤＤを組みこもうと思っているのですが、ＰＣ９８で
使うことの出来る内蔵ＨＤＤは、専用として作られたもので無ければ駄目なのでしょうか。
普通のＩＤＥのＨＤＤと汎用のＩＤＥケーブルで使用出来ると助かるのですが…。

>１２０ＭＢのもの２台に関してはしばらく（１時間ほど）放っておいたのですが
>やはり変化はありませんでした。
「緑電子のSCSIボード」の型番が不明ですが，「自己診断機能や各種設定モードを搭載したもの」とありますので，MDC-925LかMDC-926Rsのいずれかでしょうか．
確かに時間がかかりすぎている気がしないでもありませんが，ターミネータやケーブルがきちんとコネクタに刺さっていなかったということはないでしょうか．
>正常な頃に初期化したときにはそんなに時間はかからなかったので多分本格的に
>異常をきたしてしまったと思うのですが…。５００ＭＢ（中　略）アクセスランプ
>が消えて、そのまま反応が無くなってしまいます。
SCSIボード付属のツールの中の整磁維新だか守磁医の診察だかでHDDの重傷度が調べられたように思います．緑電子のツールには，初期化を中断したためにアクセスできなくなってしまったHDDに再びアクセスできるようにするものがあります（ウルトラギブンさんの書かれている，「SCSIボード付属の初期化プログラムを使って管理情報が格納されている領域をクリアしなければ駄目」というのは，このツールを念頭に置いてのものと思います）．
>一応ＢＸ３のほうには内蔵タイプのＨＤＤを組みこもうと思っているのですが、
>ＰＣ９８で使うことの出来る内蔵ＨＤＤは、専用として作られたもので無ければ
>駄目なのでしょうか。
>普通のＩＤＥのＨＤＤと汎用のＩＤＥケーブルで使用出来ると助かるのですが…。
4.3GBまでのものならPC/AT互換機用として売られているものでも使えます（例外：http://www.griffonworks.homeip.net/dorlog/2nddorcom/pc-98/thread35093.html）．PC/AT互換機で使われていた中古品でも，Windows9xの diskinit --> fdisk --> format あるいはMS-DOSのformat /hでPC-98で使えるようになります．IDEケーブルも普通のものが使えますが，BX3は内蔵IDEに一癖ある機種ですので注意して下さい（情報は過去ログに大量にあります）．

あとMDC-925Lで（多分MDC-926Rsでも），SCSI_IDごとにHDDのパラメータ解析ができます．今後，別なSCSIボードでフォーマットしたHDDをこのボードに接続してあるHDDとデイジーチェインして認識させる必要が出てきたら，そのHDDに対してパラメータ解析を行えば認識されるようになると思います．

総額７６００円さん情報ありがとうございます。早速内蔵ＨＤＤの認識で手間取っております（ｗ
とりえずは過去ログとにらめっこしながらセットアップを進めていこうと思っておりますので、
またやばくなりましたら新たにスレを立たせて頂きます。おかげさまでちょっとだけ９８の
構造が分ってまいりました。さらに愛しくなりましたし…(^^

おかげさまで、ＨＤＤパラメータチェッカーなるソフトを入手して再設定を行い、全ての
ＨＤＤを復活させることが出来ました。ついでにＩ／Ｆボードは全てＳＣＳＩ２にして
速度も上がり大満足です。みなさんの親切ご丁寧なご説明、本当にありがとうございました(^^