どっちにしても、ベンチやＭＰ３エンコードなど、一部の頭でっかち系アプリを除き、
ほとんど体感できる性能向上は無いと思います。（諸説有りますがとりあえず私見です）
「若干まし」にはなっても「不可能が可能になる」訳ではないので、他に強化点があるなら
そっちを優先した方が良いと思います。

最近この手の相談でみなさんいろいろ述べておられますが、
「今、何に不満があってそれを解消したいのか」＆マシン構成詳細を
挙げていただければ、より深い話が出来ると思います。

　メルコのCPUアクセラレータのことですよね。僕はK6-III(HK6-MS466-N4)の方をお勧めします。FSBの低い98ではL2キャッシュを内蔵しているK6-IIIがかなりパフォーマンスアップに貢献してくれると(何かに書いてあったと)思います。
　僕は、まだHK6-MS466-N4が発売される以前からHK6-MD500-N4とK6-III450MHzを買ってきてHK6-MS466-N4相当で動かしています。K6-2も533MHzで動きましたが単純に演算能力を問うのでなければK6-IIIの方が速かったですよ。

現在、K6-III-400MHzを使用中との事ですので、これをHK6-MS466-N4に換装しましても、ほとんど体感速度の向上は望めないと思います。(ベンチ上では若干の差が出るでしょうが…)
HK6-MD500-N4に交換した場合は、クロック的には体感できる程度の上昇はあるでしょうが、オンキャッシュL2が無くなってしまうので逆に体感速度は下がると思います。
今後、400MHz越えのクロック動作を狙わない限り、N4下駄付きのCPUアクセラレータを購入する必要性がないような気がしますが…？

V200S☆彡にて、K6-III 400MHz > K6-III 466MHzにしてみた口です。
DVDの再生がマシになりました。それ以外の効果はナシです。
ベンチや3Dゲームなら、微妙に変わるかもしれませんけどね。
実用に関しては大して変わらないです。
私はベンチ好きってわけではないですが、（PC-98での）DVDソフトウェア再生マニア？なので、
ある程度の効果はあったなと思ってます（費用対効果はひどい有様ですが）。
単に増設好きで、どうしても付けたいというなら、K6-2よりK6-IIIを勧めます。

目的＆愛着次第という所でしょう。

確かにK6-III-400→466では速くなったと体感するのは難しいですが、MMX化計画掲示板でも誰かが言ってましたが533MHz(N3下駄使用)で動かした時はかなりキビキビと速くなったという印象を受けました。
L2を内蔵したものだとどうも500MHzを超えるあたりからまた一つの山がありそうなので、K6-2+やK6-III+の550MHz以上のものが出るのを待った方が良いかも知れませんね。（出るかな・・・？）