追記です。

★これまでに行った対処
1：ＰＣＩスロット及びＵＳＢコネクタ挿入位置の変更
2：最小環境（セカンドキャッシュを抜き、ＧＡ取り外し、Ｓ−ＭＰＵ取り外し、メモリを１２８ＭＢに。ＡＬＬ　ＳＣＳＩなのでＨ／Ａ抜きは試せません）
3：ＧＡをGA-S2K32に変更。

　いずれにしても全く同じ症状です。ＣＤ−ＤＡも再生しようとする時点でフリーズします。なお、SE-U55Xを取りつけている間、SE-U55Xへの外部入力（アナログ）についてはきちんとスピーカーから音が出ます。

音声を鳴らすとは、
・WAVEやMP3等のPCM音源(を使うと)で、フリーズする。
・CDDAをデジタル出力でPCMとして出そうとする？とフリーズする。問題のデバイスへのアナログ入力では問題なしと。
と言うことですね。
　他のPC(-98 or /AT互換機)でも同じ症状が出ますか？(有ればですが)。
デバイスが壊れているのかもしれませんし、ドライバが作り込みが足りなくてマッチしていないのかもしれません。相性かどうかの判別は他PCに繋いでお願いします。
　全然関係ないのですが、当方が使用しているXv13/W + SC-USB + UA-100は、Win95OSR2から(でも)使っていますが、問題なく使用できています。もちろんこれもPC/AT互換機専用なのですが・・・

USB 2.0 アダプタですが、EHCIドライバをインストールせずに（デバイスマネージャで赤い×つけておく）、USB1.1 相当のままにしておいてみてください。Windows98SEで USB 2.0の導入は、CPU負荷の問題から、あまりよろしくないようです。

SE-U55Xで検索するとこれがヒットしますね。
http://www.cham-reo.com/logsearch/archive/stage_3/maniax/sled18981.html
Win98SEでは駄目そうで。

SE-U55も結構癖があるようで
http://www.cham-reo.com/logsearch/archive/stage_3/maniax/sled18981.html

ONKYOのUSB音源はWin98環境だとコントローラーをかなり選ぶような気がするんですがねぇ〜
（インテルUHCIでしかまともに動かない）
Windows2000環境だと特に問題なく動くようですが。

ONKYO UD-5も同じ症状だったな（泣
http://www.cham-reo.com/logsearch/archive/stage_3/maniax/sled18981.html

PC-9821 Win98でUSB音源を使いたいのなら過去ログで実績のある製品＆メーカーを選んだ方がいいですよ。

　昨日の大出費でしかも動かず（自己責任なので仕方ありませんが）、半ばやけっぱちで、Ｉ．Ｏ．ＤＡＴＡのＵＳＢ−ＰＣＩ(USB1.1)を買ってきました。で、動かず。( ゜o ゜)真っ白になっちまいました。

　過去ログは随分見てから購入を決心したはずなのですが（FIAT124さんの挙げられたスレも確認しています。）、USB2-PCI2とSE-U55Xの動作報告スレだけ（自分に都合の良いスレだけ）が印象に残ってしまったようです。
　ＡＴ互換機はないし、後2台は山猫機でしかもどちらも家族が使用中のため、他機でのテストはできませんでしたが、どうにも98SEでは無理のようですね。Win2Kではいけそうですが、一度インストールしてあまりにも使い勝手が悪かったために、上司にあげてしまいましたし・・・しばらくはXWAVE6000でガマンすることにします。

WELLNOWさん＞
　まさにその通りの症状です。5.1chのものより、ステレオに接続するので2chで良いのが欲しく、また、ONKYOというメーカーが好きでこれにしましたが、どうも失敗だったようです。

まりもさん＞
　ということで、USB1.1でも玉砕です。

　ＡＴ互換機導入までおあずけかなぁ。とりあえずONKYOにサポート依頼してみます。（PC-98サポート外と書かれる前に（笑））

緋都詩さんの「悠久館」にある掲示板に、Windows98SEでの動作報告が上がっています。
多分この方法で回避できるんじゃないでしょうか。ちょっと覗いてみてください。

＃私は実機を持っていないのでわかりませんけども。

Windows98SEではさすがに古さが目立ってきていて、最近のデバイスではつらくなって
きている感はあります。私のところではXv13/WにおいてUSBやIEEE1394での安定性を考え
完全にWindows2000にして、Windows98はいい意味で枯れているデバイスを付けている
Xa12/C8に任せています。

＞ONKYOのUSB音源はWin98環境だとコントローラーをかなり選ぶような気がするんですがねぇ〜
＞（インテルUHCIでしかまともに動かない）

SE-U77はなんでも動く印象がありますが、これが例外的な存在なのかな。SE-U33は手を
焼いてた人が多いようです。音的にはSE-U55Xの方が好みなんですけどね(^_^;;
SE-U77はホストアダプタのチップがNECだろうがVIAだろうが、きちんと動きました。
USBオーディオ兼MIDI I/Fになるので使い勝手が良く、そしてNECの純正USBハブに対抗
出来るくらい安定した動作が望めるUSBハブとして重宝してます。
そう言う訳で、ONKYOのUSB音源の中では９８に一番向いてるのはSE-U77かと思います。
OEM品のKORG U1でも良いですけどね。

＞Ｉ．Ｏ．ＤＡＴＡのＵＳＢ−ＰＣＩ(USB1.1)を買ってきました。で、動かず。( ゜o ゜)真っ白になっちまいました。
恐らく、こういちさんならばちゃんと処理なさっていると思いますがUSB2.0のドライバーはちゃんと削除しないと駄目そうです。
以前、旧型のDOS/V機にUSB2.0ボードを入れたところ動作不安定に陥ったのでドライバーを削除後、抜いたのですがどうにも不安定のままでした。
もしかするとそのドライバーが邪魔してるのかも・・・・後はUSBHUBを入れてみるとか。

　まずは結果から、「動きました！」バイザーさんご紹介の「悠久館」掲示板の情報を基に、英語に苦労しながらUSBAUDIO.SYSのアップデートをし、USB-PCI及びUSB2-PCI2両方での動作を確認できました。USBAUDIO.SYSが怪しいという情報は自分でも「これかな〜」と思いながら見ていたのですが、アップされているページを結局見つけられていなかったので、非常に助かりました。（両ボードの入れ替え時には、セーフモードでのデバイスマネージャからの削除及び、WINDOWSINFフォルダの削除及びバックアップからのレストアを行って、毎回一からドライバインストールを行っています。）

　ＳＥ−Ｕ７７は動作報告も多いですが、重い、ということで今回はパスしました。しかし、ＳＥ−Ｕ５５Ｘも充分「重い」です。これを書きながらMP3を演奏させて様子を見ているのですが、漢字変換で音が途切れることがあります。CD-DAの演奏は問題ありませんが、デジタル再生のため、最高速で回っているようで、風きり音が凄いです。USB-PCIだと、無圧縮のWAVデータも途切れますが、USB2-PCI2だとそれは大丈夫なようです。あとは、アナログの録音がどうかですね。楽しみです。

　一時は完全にあきらめて、25,000円をドブに棄てたような気にもなっていたのですが、皆さんのおかげで救われました。改めて感謝致します。

追記です。
今回のことで、明日にでも返事を貰えればとONKYOのサポートにメールを送っておいたのですが、営業していたらしく、お返事がありました。（具体的な回答ではなく、動作環境の確認でしたが）とりあえず、ＦＡＱの一助になればと今回の経過を送っておきました。

無事に動作してよかったですね。この場をお借りして、情報提供して下さったあべちんさんにも感謝したいと思います。
＃勝手に引用したみたいですみませんでした

ウチではXv20/W30+USB-PCI+Windows2000環境にてSE-U55を使っていますが、たまーに認識不良に陥る以外は安定していますね。もっとも皆さんのように本格的には使っていませんが（汗

　ただ、どうにも音飛びがひどいですね。この辺りがＰＣ−９８の限界なのかもしれません。ONKYOのページのＦＡＱでSE-U55の場合はメモリをWindows98では１２８ＭＢ以下にすることにより改善するとありましたが、あまり変わりません。特にＬＡＮポートにアクセスするとひどいです。６４ＭＢまで減らして様子を見ますが、これじゃ本末転倒なわけでして、悩ましいところではあります。

追加報告です。音飛びについていろいろ試してみました。テストに使用したのは160KbでエンコードしたＭＰ３ファイルです。
　ＩＥ5.5が重いせいもあるでしょうが、このページの読み込み、スクロールだけで音飛びが発生し、ひどいときは5秒ほどフリーズします。これは、TMIDIを使うと特にひどいです。（元々TMIDIのMP3対応はオマケなのでしょうがないのですが）また、TMIDIでMP3を再生し、メモリ組替えのためにシャットダウンしようとするとWclass task tray?が正常終了しないこことがかなりの確率で発生します。
　MP3再生で一番ひどかったのはこの文章を書きながらの再生中に突然最大音量でテレビの砂嵐のような音になり、心臓が口から出るかと思うくらいびっくりしました。これは、TMIDIでもSE-U55X附属ソフトでもなりした。毎回起こるわけではないようですが、スピーカーが壊れるか、私の心臓がストを起こすかと思うと不安です。また、キーボードの入力中によく発生するようです。＞USB-PCIに変更してみましたが、やはり発生します。＞現在UHCIドライバを元に戻して確認中。今のところ大丈夫なので、これだったのかも知れません。また、レコードのスクラッチノイズのようなプチッという音もなります。

★ＵＳＢコネクタの挿入位置による変化
　そんなものあるのかな？と思いましたが、これだけギリギリの仕様ですとあるようで、ISB2-PCI2の4つあるコネクタのうち、1,2番コネクタが一番安定しているようです。
　USB-PCIでは、どちらでも変化ありませんでした。（ただし、USB2-PCI2使用時よりも明らかに音飛びがひどいです。）

★PCIスロット位置による変化
　PCI-1,2,3全てに差し替えてみましたが変化はありませんでした。

★メモリの組み合わせ
　メモリの種類→A:EMH-E 128MB B:EMH-E 64MB
　セカンドキャッシュ→C:NE-XAV512K D:純正256KB

　SIMMを挿すバンク０，１も変更しながら組み合わせましたが、バンク位置による変化
はないようです。
　音飛びの少なかった順に並べると以下のようになりますが、さすがに64MBだけでは心もとないので128MBでしばらく様子を見るようにします。16MB空間については、「使用する」「切り離す」のどちらでも変化はないようです。

　1：Ｂ+Ｃ
　2：Ｂのみ
　3：Ａ＋Ｃ　→現在これで動作確認中。
　4：Ａのみ
　5：Ａ＋Ｄ
　6：Ａ＋Ｂ＋Ｃ
　7：Ａ＋Ｂ
　8：Ａ＋Ｂ＋Ｄ

3連続で失礼します。1時間ほど連続再生させていますが、UHCIドライバを元々Win98SEに入っているものに戻したら、音飛びもほとんどせず、例の異音もしなくなり、至極快適です。とりあえず、これで様子を見ることにします。ありがとうございました。(USBAUDIO.SYSのみの更新で良かったようです。）

　最終報告です。

★その1　ＯＮＫＹＯからの回答がありました。要約すると、
　1：ＣＰＵパワーが足りない。K6-IIIの550MHzのオーバークロック(600MHz)では、LANのアクセス、画面のスクロール時には能力不足となり音飛びが発生します。
　2：ＵＳＢホストコントローラがＮＥＣ製のものはＯＮＫＹＯにて相性問題が確認されており、特にUSB2.0での安定動作は難しい、しかし、こちらから連絡したUSBAUDIO.SYSのアップデートにより再生可能になることがＯＮＫＹＯでも確認できた。
　3：メモリがSIMMであり、ボトルネックとなっている。ベースクロック66MHzでも、SDRAMであれば可だが、SIMMのままでは、ＢＧＭで使うなどの「ながら」の再生は難しい。

　上記3点から、ONKYO側からは今のところこれといった改善案が提案できません。とのことです。非常に迅速かつ丁寧な実機検証の様子が読み取れ、非常に好感が持てる対応です。

★その2　とりあえず再生は音飛びしながらでもできるようになったが・・・
　SE-U55X購入の最大の目的、アナログ録音を検証してみました。レコードソースはSE-U55Xと同時に古レコード店で購入した　フランク・シナトラ「ニューヨーク・ニューヨーク」、飯島真理「1グラムの幸福」。

　Ａ：B's RECORDER GOLDのダイレクトカッティングによる録音
　　　まず、録音開始時にマウスをクリックして瞬間に「プツッ」とかなり大きなクリック　　音が録音されてしまいます。それ以降は絶え間無いチリチリチリというノイズが録音さ
　　れていました。設置場所が悪いのかと色々試しましたがダメです。同じソースをPCI音
　　源で録音したものと聞き比べましたが、音質もあきらかに悪くなっていて実用に耐えま
　　せん。

　Ｂ：附属ソフトCarry On Musicでの検証
　　　まず、B'sで異常のあった2項目のノイズについては解消されます。ただし、ソフト自
　　身が重いためか、録音結果に音切れが発生することがあり、これでは使えません。また
　　そふと自身が音に味付けをするのか、なんだか低音域が切られたような妙にシャリシャ
　　リとした音になるところも気になります。しかし、同ソースをXWAVE6000で録音したも
　　のををSE-U55Xで再生する分には変わりがありませんので、録音だけの問題のようです。

　・・・ということで、結論は「使えねーーーー」（落涙）です。音源単体としての音は素晴らしいのでしょうが、肝心な録音がこのような状態では仕方がないです。いつか、ＡＴクローンを買うまでタンスの肥やしとなるでしょう(泣)ＵＳＢボードは・・・