98に繋いであったHDDをAT互換機に繋いだときに、FDISK /MBR を実行しましたでしょうか。これをやらないで、AT互換機で普通にフォーマットしただけだと、98のパーティション情報が完全には削除されない、らしいです。
そのため、HDDを98に付け戻したときに、残っていた前のパーティション情報を読みに行ってしまったのではないかと。

亡霊のような３つのドライブは、過去に９８繋いでいたときに書かれたパーティション情報の名残です。PC/ATに繋ぐ前に、９８で、全領域削除してから持っていけば消えたのですけれども。で、実体はすでにないので、「MS-DOS互換ドライブ」扱いの上に、実際アクセスできません（万一アクセスできるみたいであっても、アクセスしてはいけない）。
Dドライブの装置（おそらく拡張領域１個のみの構成？）でもPC/ATの領域として認識されないことはないはずですが、mbrが書かれていないことで認識されないのかもしれないので、念のためPC/AT上で、このドライブのみ繋いで、起動FD（DOS,Win9x）で起動して fdisk /mbrを実行しておいてください。

＞WIN98SEでフォーマットし
あ、もしかして、PC/ATのFDISK形式でなく、スーパーフロッピー形式でフォーマットされているのかも。それならそれで、デバイスマネージャにてその「ディスクドライブ」を「リムーバブル」にチェック印を入れ、適当にドライブレターも割り当てて再起動してみてください。というかこの作業を先に試みてください。
なお、アクセスできない３ドライブが現れないようにするのは、PC/AT上での fdisk /mbrをやってもダメだったかもしれません。98側でfdiskの機能で領域削除すればいいことはいいのですが、すでにない実体の先頭ほうをクリアしにかかられると、データを破壊する危険があるので、しないほうが賢明です。とりあえず放置の上で使ってください。

ともかく、PC/ATにもってくときに、発つ鳥跡を濁さずのとおりに、９８側できれいに領域削除しておかなかったことが原因です。

うわ。なんか無茶苦茶適当なことを書いてたみたいですね＞自分
申し訳ないです。

＞まりもさん
フォロー有り難うございます

Horisisさん、まりもさん
レスありがとうございます。

おっしゃる通りFDISK/MBRはやっていません。

「ディスクドライブ」の「リムーバブル」にチェック印を入れてみましたが、うまくいきませんでした。
また、AT互換機につなぎ、FDISK/MBRもやってみましたが、うまく認識しませんでした。

AT互換機用のドライブとして使い続けることにします。

どうもありがとうございました。

再びUIDE-66接続のPC9821で使うのでしたらMS-DOSアプリのWIPE実行
OEMバルク販売時と同じ状態（完全初期化）になります。
AT互換機に問題のHDD繋げた状態で起動ディスクに先のWIPE（MS-DOS）ファイルを入れ
OS再インストールと同じ起動ディスクで立ち上げ　A: WIPE　を実行
過去ログ　の自分のコメントより抜粋
このツールはＨＤＤサイトからダウンロード。システムファイルをコピーしてあるフロッピーにｗｉｐｅを入れます。
A:>wipe 0　この0は現在接続されている一台目のHDDを指します。（起動ドライブ）
二台目のHDDの場合はA:>wipe 1
一台でパーティション区切っていても関係なくすべてが一つの状態で実行されます。
パーティション別に実行は出来ません。
A:>Wipe 0
WIPE Versinon 1.0c 05/02/96
Fixed PiskDrive 0 Parameters:
Maximum Cylinder(0 based)=1023
Maximum Head・・ (0 based)=254
Maximum Sector・ (0 based)=63
All Data on Fixed Disk Will BeUnrecoverable
Are You Sure You Wane to WIPE Physical Fixed DriveO(Y/N)?
WIPING Cyl1023 Hd254 Sec1以下省略・・・
Y/N　のYを選択してEnter　　
実行すると領域設定すら白紙状態となっています。

この後98マシンに移植しUIDE-66接続からFDISK実行し領域設定し直せば過去の亡霊も完全に消えてなくなっています。
これはレイド構築して何かの原因で片方が壊れたときとか情報領域削除し忘れた時に
絶大な威力発揮しますが先にも書いてあるとりパーティション別に実行は出来ません。
このツールはIBMのHDD関連から落とせます。他社のHDDでも使えますよ、試しましたから。

http://www.storage.ibm.com/hdd/support/download.htm#Wipe

HDDの先頭にあるマスターブート領域からHDDの各セクター、ヘッド等の番地を初期化です。

UIDE-66の BIOSにある、消去機能を使えば、98側でWipeと同じことができます。ただ本当に領域情報が消されてしまうので、PC/ATでの内容を保ったまま「亡霊」だけ消すと言うわけには、いずれにしても行きません。

ところでPC/ATで使用後も98領域が消えないでいたということは、スーパーフロッピーフォーマットではないかという３．の推測は、よく考えたらあり得ないことでした。PC/ATのFDISK形式で使っていたはずです。

ディスクエディタ等で 98 のパーティションテーブルをゼロクリアしてしまえば OK？

ですね。でも、どこをどうクリアするか、知らないとだめですが(^^;)。

その後の報告。
UIDE-66のBIOSの消去機能で初期化して、AT互換機でフォーマットして、
PC-9821＋UIDE-66で、ちゃんと１つのリムーバブルディスクとして認識できました。
どうも、ありがとうございました。