＞植えた内蔵コネクタ
ボード側ターミネーションを解除は行なってありますか？
そのうえで、外付機器側と内蔵機器側(CD-ROM側)双方でターミネートします。

＞ボード側ターミネーションを解除は行なってありますか
はい、4つの集合抵抗を外し、外付け側にはボードに直接ターミネータを付け、
内蔵はボード→CD-RW(ID2)→HDD(ID0)でターミネートしています。
今、システムのプロパティでドライブレターをO:に指定して起動した所、
マガジンを挿入しても準備ができていないと言われてしまいました(アクセス
ランプの点灯すらしない)。Windowsから見えているはずなのに変な現象ですよね…

> MC104Sにドライブレターはいくつ割り当てられてますか?
きちんと５つのドライブレターが割り当てられてますか？
★O:が開始なら S:で終了だと思います。

＞ドライブレター
いいえ、1つしか割り当てられていません・・・この製品、ソフマップの新古扱いの
もので、ちゃんとB's Recorderも付いていたので、それをインストールすることで
解決する可能性もありますかね？(今からやってみますが)

MC104S に割り当てられるドライブレターは１個の様ですねぇ（汗
その代わりチェンジャーコントロールが必要な様ですが、B's Recorder GOLD1.5 が対応しているみたいですね。

此処を見るとドライブを右クリックしてスロットを選択する様ですが...
http://www.ricoh.co.jp/cd-r/drive/index_mc104s.html

＞SC-98IIIに植えた内蔵コネクタからの接続ではダメなのでしょうか？
そんなことはないですよ。実際Xeで内蔵コネクタ経由でPDドライブ使ってましたので。
内蔵コネクタ使ってみて今のところ特に不具合はないですし、あのコネクタが実装されなかったのは、単にセカンドバスのサブボードとの兼ね合いではないかと思ってますが。

連装に関してはいーとん さんが適切なRes.をお付けになっているようですので、ハングアップの件ですが、SC-98IIIの転送モードは何になっていますか？
私の所ではXeとXsでSC-98III使ってますが、どちらもMOなどのリムーバブルデバイスをつけるとSMITでは（HもLも）MOにアクセスするとかなりの確率でハングアップするため、I/O転送で使っていました。
ご参考まで。

: MC104S に割り当てられるドライブレターは１個の様ですねぇ（汗

あれ?ただ単に繋いだ状態では
各スロットにドライブレター振られませんか?

(LUNを複数持つ)連装ドライブを1台と認識するのは
大概、SCSI I/Fの設定ミスか
# Adaptec製なら"Multiple LUN Support"がDisable、
# Tekram製なら"Scan All LUN For Devices"がDisable、とか。
ASPIドライバが腐ってるんですが…

とここまで書いて思い出した!!
MC104Sって連装ドライブのくせにLUN:0の1つだった。(激汗

ぬーことで付属のB's Recorder GOLD1.5を入れないとNGでしたね。_o_
付属のB's Recorder GOLD1.5がSC-98IIIでちゃんと動けば問題ないはずです。

B's 1.54をインストールしてみましたが、症状は変わらず…B'sからも
ドライブ自体は見えているようですが、やはりアクセスしてくれないようです…
＞チェンジャーコントロール
ドライブの右クリックで出るメニューに「切り替え」自体が出て来てませんね…

＞転送モード
SMIT(H)とI/Oで試しましたが、いずれも同じような振舞しかしません
でした。

＞MOにアクセスするとかなりの確率でハングアップ
外付け側にMON-E230を付けてこのような現象が出た為、今は何も外付け
していません

＞SCSI I/Fの設定ミス
その線もあるかと思い、SCSIコントローラを一旦削除して入れ直して
みたのですが(Ver1.11)、OS自体が起動しなくなりました・・・
前にもあった事なのですが、Ver1.14でないとWindowsが
「このハード用に設計されていない可能性がある」とか言って
くるんですよね・・・何なのでしょう？
ドライブ自体の故障、なんてこともあるかもしれないので、
このPC/ATに繋いで検証した方が良いかもしれませんね

ドライブ数に関しては既に決着しているようですが、一応現役ユーザーとして私の環境での報告をしておきます。Win2Kで普段使用していますが昨日Win98(FE)をインストールして確かめたところWin98もWin2Kも表示されるドライブは一つです。HDDを接続しただけの状態ではSlot2〜5は利用できません。B's RecorderをインストールするとHDDアイコンを右クリックすることでSlot選択の項目が表示されるようになります。さらにWin2Kでの話ですが、2940UWに接続している時は問題ありませんでしたがChanpon3に変えてから時々Slot交換に失敗してCDを認識しないことがあります(エクスプローラ上はSlot1のまま)。従って他にH/Aをお持ちでしたら一度変更してみてください。

先程、PC/AT(Win98SE)のAHA-2920(公式には保証外)に接続して動作を
確認できたので、ドライブ自体の故障ではないようです。ただ、最初は
1スロットしか認識していなかったので、B'sのUPDATEを施し、全スロ
ットを読み出せるようになりました。Cx3でも同様のUPDATEをして解決
するかもしれないのでこれからやってみます(期待は持てませんが…(T_T))

自己レスです。
> HDDを接続しただけの状態ではSlot2〜5は利用できません。
> B's RecorderをインストールするとHDDアイコンを右クリックすることで
HDDをCDDに置き換えて読んでください。(恥ずかしい・・・)