一応、パーティーションのリサイズが出来るソフトが市販されています。
B.H.A の B'sCrew for Windows が９８対応でしたが、現行製品ではありませんので
中古を探すしかありません。これ以外に９８対応なのは、無かったかも．．．

上記のものＶ1.03を持っているのですが、DOS/V用みたいで9821ではうまく認識してくれません。ほかに方法ありませんか？

メルコOEMのパーテーションマジックだとPC-98のFAT32ドライブならサイズ変更出来るようですが（過去ログ参照）、単体では入手不可能ですね。（製品添付のため）
思い切って再インストールした方が早いかもしれませんね。
ただWindows98ならば1GBもあれば十分おつりが来ると思うのですが・・・・
ウチではいつも1GBでクリーンインストールしていますが、問題は出ていないです。

周辺機器のドライバーなどでハードディスク領域をかなり占領していると思うのですがそんなことはないんでしょうか？
ちなみに下記のものがついています。
SCSIボード(PCI)、スキャナー(SCSI経由)、ハードディスク13G(SCSI経由)、
プリンター(2台)LAN(PCI)、外付けモデム(シリアル接続)、MSインテリマウス（シリアル接続）、
CPUアクセラレーター(HK6-466)、増設内臓HD(IDE1.6+4.3)
あと、周辺機器に付属のソフトなどは、別の領域にインストールしているのですが、メインドライブの領域(この1Ｇのパーテーション内）も消費するのでしょうか？

＞上記のものＶ1.03を持っているのですが、
B.H.A.のWebサイトで、1.0xから1.54までの無償アップデータがダウンロードできますよ。
私は持っていないので、いっさい保証できませんが。

＞周辺機器のドライバーなどでハードディスク領域をかなり占領していると思うのですがそんなことはないんでしょうか

そんなことはないかと思います。ドライバ単体ではさほど容量を取らないかとは思うのですが・・・
その程度の周辺機器なら大丈夫かと思うんですけどね。それぞれの周辺機器の機種名を正確に書けば実際に使っている方からのアドバイスが付くかもしれません。
アプリケーションですが別ドライブにインストールしても、システム側にいくつかのファイルは入るでしょう。
Windows95からのバージョンアップということですので、余計なバックアップファイルが残っているのかもしれませんね。Windows98単体でのクリーンインストールをなさってみては如何でしょう。

私もバックアップとってクリーンインストールした方がいいと思いますが、思い当たる節がいくつか。
１）スワップを起動ドライブに取っていませんか？これを他のドライブに移すと
　　数十〜百数十ＭＢ空くと思います。
２）バイザー さんお書きのように、Win98をアンインストールできるようにバッ
　　クアップファイルが残ってませんか？その場合アプリケーションの追加と削
　　除からWindows98のアンインストールを削除するとかなり空くと思います。
３）インターネット一時ファイルが大量に残っていませんか？これを削除すると
　　数百ＭＢ空くことがあります。
４）ファイルシステムはなんですか？FAT16で運用していた場合、小さいファイ
　　ルが沢山あるとあっという間にHDDを消費するので、DOSソフトの関係等が
　　なければ、FAT32にすると取り敢えず凌げることがあります。一旦FAT32に
　　すると戻せませんので要注意ですが。
Win98はWin2KやWinMeなどと違って、フルバックアップは比較的簡単ですから、過去ログを参照してコピーを取り、フォーマットし直す方法もあります。

いずれにしても、周辺機器のドライバインストールだけで1GB行くとは考えにくいですが…

＊＊＊一度書き直しました＊＊＊

>B.H.A.のWebサイトで、1.0xから1.54までの無償アップデータがダウンロードできますよ。
ここ↓ですね。Ver1.54に上げれば９８対応になります。
http://www.bha.co.jp/download/crew_w/up.html

普通は400MBあればお釣りが来ます。
やはり、スワップファイル、インターネット一時ファイル、win98アンインストファイル。
以外と盲点がフォントファイルです。アプリケーションが他のドライブにあってもフォントはwindowsディレクトリに入って来ます。
一度確かめられることをお勧めします。

何も設定していないとゴミ箱にHD容量の10％も取られてしまいます。
一度ゴミ箱に入れたら、復活させることはほとんどないので、私は1〜2％にしています。

あと、helpファイルもほとんど見ないなら、ごそっと消してしまいましょう。(^_^;)

壁紙やスクリーンセーバーも使わないものは全て消してもかまいません。

Ｂ'ｓ　Ｄｉｓｋ職人（B'sCrew を含む（名称変更）Ｄｉｓｋユーティリティーが、
とりあえず、Ｄｉｓｋを、認識し動いているようには見えます。
まだ、まだ購入して、インストールしただけですから、実際操作していないので
（起動するか確認）細かいことは分かりませんが。

>Ｂ'ｓ　Ｄｉｓｋ職人（B'sCrew を含む（名称変更）Ｄｉｓｋユーティリティーが、
９８未対応と明言しているソフトですよね。大丈夫ですか？．．．人柱報告希望（ぉ

Ct16なんで付属OSは外せないでしょうから別ドライブにWin98をクリーンインストールされてはどうでしょう?
もしくはインスタントTV限定なら1MB程度取っておけばインストール可能のようですし・・・付属アプリを全て使っているなら別ですが、恐らく必要無いアプリが結構有るはずなのでアンインストールすれば容量にも余裕は出てきますよ。

B'sCrewで認識できなかったのですが、IDEで、無理矢理HDを増設(セカンダリ-マスターにHD、セカンダリースレーブにＣＤ）していたので認識できなかったみたいです。
セカンダリーマスターにＣＤ(セカンダリーＨＤ取り外し）で、ちゃんと認識してくれました。
あと、Ｖ１．５４にバージョンアップしたら、９８でもちゃんと使えましたよ！！
（Ａドライブに4.3Gのハードディスクを接続していますが、パーテーションを見事に伸縮できました。）
いろいろな、ご意見ありがとうございました。

ごみ情報かもしれませんが…。
B's狂うで パーティションリサイズをすると、ファイルシステムのジオメトリが標準的な値でなくなるらしいです。たとえば「予約ブートセクタ数」が普通でない値確保されたりします。

このため、拙作DRVCPY(2.26a以前)でのコピーができなくなります。また、Windows2000の領域の場合、リサイズ後にWindows2000が起動できなくなるかもしれません。もし今後試そうという人は、注意して（覚悟して？）おいたほうがよいかもしれません。B's crewには何らかの説明や注意書きはありますでしょうか？。

ｂ’ｓＤｉｓｋ職人で、
とりあえず、チェックしました。私の環境、Ｖ２００Ｍ７Ｄ２、HK6-MS600PNV4、
で、CHANPON3による。All擬似SCSI環境で、パーテェーション変更ソフトは起動して、
ドライブ情報も表示しますが、実際変更情報を入力して（ここまでは出来る）
実行すると、運とも寸とも言いませんでした。エラーになるでもなく、それとも、
もっと待っていれば、動いたのかな？。トイレに行った間も、そのままだし、その後
ｃｔｒｌ+ｇｒｐｈ＋ｄｅｌで、職人を選んで強制終了させ、再起動しても、
以前と変わらず、動いて、容量も変わっていなかったので、動かないだけという、
事だとあきらめました。