コンパクトフラッシュなら違いは全くありません。(TypeI・IIの違いを除き)
スマートメディアリーダーは物によって最大認識容量が違うので大容量の物を買いましょう。(現行品はだいたいどれも一緒です)
個人的おすすめはこの間IODATAなどが出した。スマートメディア、マルチメディアカード、SDカード、メモリースティック対応リーダーでしょうか?
http://www.iodata.co.jp/products/pccard/2002/pc4in1adp.htmとまぁそんなに単体のタイプと値段差が無い割に便利かと思います。(Xa12のカードリーダーで使えるかは未確認ですが、ハードウェア的な問題は無いので使えるはずです。)