使用OSや機器の型番、それと接続状況を書かねば読む側からは内容が理解し難いものですよ。
ハードウェアウィザード(の事ですよね？)と言う事でWin9*系かと思いますが、その場合CD-ROMのドライバは特に必要はありません。
OS側が既に持っていてそれで賄います。

HDDのジャンパピンの設定が間違っていなくプライマリー側に両方接続している状況ならばラストドライブの設定がそれまでの状況で切っている状態になっていて新しいドライブが増えてCD-ROMがラストドライブの設定以降に押し出されている・・・・と言う事も考えられます。

状況がよく理解出来ませんが、ハードディスクを移植した際のＩＤＥケーブルの
分岐はどうされているのでしょうか？
PC9821V13S5RAは、増設用の予備は無いので、ケーブルを分岐させるか
新たに、購入しないといけないと思いますが
その辺はどうなさっているのでしょうか？

KO1さんIDAさん、ありがとうございます。
初心者で何からきいていいか解らなかったもので、失礼しました。
OSは、９５です。ジャンパピンはキャンビーから移植した方をジャンパピン無しにしてあります。
SLAVEとゆう設定？になったのかとおもってます。
ケーブルは、IDE内部接続用（２ドライブ）DOS/V用を買ってきました。

ドライブ名はＱだったのですが、そのＱドライブがどこにもなくて、、、
空っぽの新しいHDドライブにOZKとゆうタイピング練習ソフトと、
バーチャノンとゆう格闘３Ｄソフトを移動してもとあった方を削除したのですが、
これとは関係ありませんか？

明日又きます。ありがとうございました。

あのお・・・外しているかもしれませんが、CD-ROMとHDDを同じケーブルで
接続していません？

PC-98はAT互換機と違って、HDD２台を同じケーブルでマスター／スレーブに、
CD-ROMはHDDとは違うケーブルで１台だけ接続しないと、動作しないんじゃ？
なんかIDEの規格とはちょっと違うんでしたよね＞98の内蔵IDE

＞PC-98はAT互換機と違って、HDD２台を同じケーブルでマスター／スレーブに、
＞CD-ROMはHDDとは違うケーブルで１台だけ接続しないと、動作しないんじゃ？

セカンダリ・マスターへの接続じゃないと動作しないという場合はありますが、それさえ守っておけばスレーブ接続を認識しない機種（Xt13やXt16）以外はちゃんと、HDDとCD-ROMを一緒に繋いでも認識しますよ。

機器の型番と書いたようにHDDの型番と接続状況を詳しく書きましょう。
今の状態ではジャンパピンの設定が正しく行われているのか不明ですし、接続状況が見えないので何とも言えません。

とりあえず、よくありがちなのが「ケーブルが抜けかけている」と言うのが多いのでその確認、そしてCD-ROMはセカンダリーのマスターで接続(最初の状態のまま)にして、HDDはプライマリーのマスター設定にして増設HDDはスレーブにして接続すれば通常は問題ありません。
PC-98によく使われているWD社のHDDは単独で使う時はシングル設定となっているので他のメーカーとちょっと違います。
なのでHDDに設定が載っているのでよく確認してください。

Ｗｉｎ９５のバージョンにもよりますが、もしV13S5RAに付属のＷｉｎ９５なら
バージョンが４．００．９５０なので
懐かしの、esdi_506.pdrをＩＤＥ機器３台以上使う場合用のものに変更が必要です。

まぁ、本件とは関係なさそうですが…
あと、マスターとスケープのジャンパピンは、キチンと設定しないと動きません。
各メーカーそれぞれ違うので、ジャンパピン無しがスレーブとは限りません。
Ｖ１３Ｓ５ＲＡに標準搭載のConnerのCFS-850Aは、確かにジャンパー無しで
スレーブになりますが、キャンビーに搭載されていたＨＤＤがそれと同じとは
限りません。
まず、取り付けたＨＤＤが、どこのメーカーの何という機種なのかが分からないと
正しい設定をしているのかどうか、他人には分かりません。

＞Ｖ１３Ｓ５ＲＡに標準搭載のConnerのCFS-850A
この頃のは他にWDとかNEC製とかのHDDも使われていましたよ。＜この頃というか常に数種類並存していますね。

＞esdi_506.pdr
これはCD-ROMが認識しないという物ではなく転送速度が落ちてビデオ再生などでガクガクするといった類の不具合だったはず、、

> これはCD-ROMが認識しないという物ではなく転送速度が落ちてビデオ再生など
> でガクガクするといった類の不具合だったはず、、
一応、「まぁ、本件とは関係なさそうですが…」と書いてありますが…
あとこの不具合は、パソコンの動作が停止してしまう可能性があるというのものでした。
（メルコの９８２１Ｘシリーズ、ＶシリーズへのＨＤＤ接続マニュアルより抜粋）

HDDのジャンパピンの設定ちょっと自信ありません。
プライマリー側とは、ジャンパピンの接続に関係ありますか？
ラストドライブの設定を確かめる方法はありますか？
Ｖ１３のHDDはCONNER CFS850AでC/D(MASTER)と書いてある所にジャンパピンがついてます。
キャンビーから外した方はQUANTAM製でジャンパピンをなしにしてSlaveにしてあります。

＞一応、「まぁ、本件とは関係なさそうですが…」と書いてありますが…
ええ、投稿者さんの書きこみからこれがどういったものか説明しておかないと混乱するかと思えたので一応補足してみました。

そうそう、全て元に戻した場合はどうなるか検証する事も大事です。

みなさんありがとうございます。
全てもとに戻すというのはHDDを１個に戻すことですか？
さっそくやってみます。

KO1さん、IDAさん、もりやん（ふ）さん、風　早彦さん有り難うございました。CD-ROMドライブ復活しました。
HDDは、使えないとゆうことですか？
使う方法があれば教えてもらえませんか？

可能性としては、QUANTAM製のＨＤＤのジャンパが間違っているように思います。
実際、私はＶ１３Ｓ５ＲＡを昔所有しておりまして、同じ構成で
ＨＤＤをスレーブとして増設していました。（当然問題等ありませんでした。）

まずは、QUANTAM製ＨＤＤの型番を教えて下さい。そうでないと当方にはわかりませんので…

型番らしきものが、背面には見あたらないのですが、
裏返した面にある基盤のコネクタ部分にあるバーコードの上に書いてある数字がそれらしいので書いてみます。
840AT TR84A721 REV 02-A
後背面には Quantum Trailblazer
3.5 SERIES POWER REQ:5/12V___200/210mA
AT ONLY JP11:Jumper Configuration Tabre C/H/S 420=1010/16/51
630=1234/16/63
840=1647/16/63
SP DS CS
　○ ●　○　　Master /Factory default
○　○　○　　Slave
●　○　○　　Slave,Jumper in Storage Positoon
　　○　○　●　　Cable Select for Master/Slave
こんな風に書いてありますが、どこに指せばいいですか？

型番は、Quantum Trailblazer 840ATです。
ということは、あってますね。
何故なんでしょう？

いっそのこと、QuantumをマスターにしてConnerをスレーブにしてみるとか…
（その場合のジャンパ設定方法は、以下の通り…　だったと思います。）

Quantum Master
○ ● ○
○ ● ○
SP DS CS

Conner Slave
○ ○ C/D
○ ○
○ ○ CS

あと、最後に確認ですが、ＣＤ−ＲＯＭドライブが使えないというのは、Ｗｉｎｄｏｗｓ上だけですか、
それとも起動ディスクで立ち上げたＤＯＳでもですか？

Quantam をマスターにしようとして起動デイスクを使って領域の削除はできたのですが。
フォーマットができませんでした。
しょうがないので、また元に戻そうと両HDDを組んで見たらCD-ROMドライブが、出てきました
以前、空き容量を増やそうとHDDを分けてあったので（片方を圧縮）
今回増設した分（これも分けてありました）を　足すと合計４ドライブになるため
CD-ROMが認識できず押し出されてしまっていたようです。
増設HDDの領域をすべて削除したために分けられていたドライブが一つになったため
押しだされていたCD-ROMが認識されたらしいです。
これでもまだ３HDDと認識されているようでセカンダリーに接続してあるように
ビデオ再生ががくがくして音飛びしています。
後は標準登載の方のHDDの分割を戻せば大丈夫なようです。
この度は、私にためにいろいろ調べていただいて本当に有り難うございました。
もっと色々いじって努力しなければいけないことがわかりました。
環境のことでも重要なHDDの分割のことを言ってなかったのが、私の落ち度でした。
これからも頑張ります。
IDAさん、KO1さん、風早彦さん、もりやん（ふ）さんありがとうございました。