ディレクトリごとコピーするには外部コマンドのXCopyですね。
詳しくはXCopy.exe /?辺りにて。

インストールだけなら、COPY Q:WIN98N*.* B:OPTIONSCABS*.*
とかでも大丈夫ですよ。WIN98N以下のサブディレクトリは、インストール
時は使いませんから（というよりなかったんじゃ？＞サブディレクトリ）

XCOPY(外部コマンド) だとコピー先のディレクトリを作成してくれますが、COPY(内部コマンド)だとあらかじめ送り先のディレクトリが存在しないと指定したディレクトリはファイル名になって一個体になってしまう(…だったと思います)ので注意しましょう。

もりやん（ふ）さんが書かれていますが、まずコピー先のHDDにMDコマンドでディレクトリを作り、その後COPYコマンドを使えばOKです。例えばAドライブにA:COPYSAKIディレクトリを作ってそこにQドライブのCD-ROMからコピーしたい場合は

MD A:COPYSAKI
COPY Q:WIN98N A:COPYSAKI

これでCD-ROMドライブのWin98のうち、セットアップに必要なファイルは全てCOPYSAKIディレクトリにコピーされます。僕はMOの中にWIN98Nディレクトリを丸ごとコピーしていて、Win98のクリーンインストールの時には上のやり方でHDDにコピーしています。

皆さんどうも親切にありがとうございました。
ＨＤＤ上にディレクトリを作って、そこからインストールでうまくいきました。
いや〜、ＤＯＳ関係のコマンドはすっかり忘れていました。
ＵＩＤＥ９８を使っていて、ＤＯＳ上でＣＤ−ＲＯＭの認識がどうしても出来なくて、
さらに９８２１のＩＤＥが８ＧＢのＨＤＤが認識できない（当然か）などの
悪条件が重なっての質問になってしまっていました。
以前は複数台の９８２１マシンを使ってたため、トラブルは自力で何とかなって
いましたが、とうとう最後の一台になってしまったため、にっちもさっちも行かなく
なりました。
これならまだまだ現役で使ってやれそうです。

もう既に解決なさったようですが、UIDE-98を経由してDOSでCD-ROMを使う場合、
NECCD.SYSの代わりにドライバディスクのDOSディレクトリ内にあるUIDECD.SYSを使えば、
たいていのCD-ROMドライブは利用可能ですよ。