Xa16/R2とXc13M7/Bを2FDDにするための機器は、それぞれPC9821XA-E02およびPC-FD321DHですが、添付されている2FDD用分岐ケーブルは、電気的に全く同じものです。(今、現物確認しました。)また、MPF520-FはFD1231T(P/N:134-506790-011-*)と同等品であり、混在使用も可能です。
さて、Xa16/R12で2FDD用分岐ケーブルを撤去し、1台目をXc13M7/Bに移設し、Xa16/R12で2台目として使用されていたFDDを1台目として使用されたものと思います。この場合、2台目として使用されていたFDDは2台目としての設定となっていますので、これを1台目としての設定に変更する必要があります。FDD本体の34ピンケーブルコネクタ付近に小さなジャンパープラグがあるはずですので、これを1台目と同じ位置に移設します。
また、作業をする間に、Xa16/R12のFDD用ケーブルのマザーボード側が抜けてしまったと言うことも考えられます。一度ご確認下さい。
HAMLINは、英国の男性の名前です。あまり、多くは無い名前です。この場合は「ヘイムリン」と発音します。

追加です。下記もチェックしてみてください。
起動ディスクを作り、MS-DOSレベルで認識されるかどうかを確認する。
4PIN電源ケーブルの付け忘れを確認する。
34ピンFDDケーブルの逆ざしを過去にしたか？
34ピンFDDケーブルの一部断線がないか？
CTRL+ESC+9リセットをしてみたか？

ＨＡＭＬＩＮさんレス有難う御座います、感謝です。
Ｘａ１６の増設ＦＤＤ（ＭＰＦ５２０−Ｆ）をはずし、１台（ＦＤ１２３１Ｔ）だけで起動した所ＦＤ１２３１Ｔが見えなくなりました、現在元に戻し取り外し前の状態で二つ見えています、Ｘｃ１３の破損ＦＤＤ（ヘイムリンさん指摘のケーブル逆刺しをして破損）１２３１Ｔはピンが〇とＤＸが有り〇側に刺してあります、これと同じ刺し方をすれば、Ｘａ、Ｘｃと分けて使用できますでしょうか？

FD1231T(P/N:134-506790-011-*)の場合、1台目のFDDとして使用するときは○にジャンパープラグを挿します。また、2台目のFDDとして使用するときはＤＸにジャンパープラグを挿します。したがって、同じ挿し方(〇)にすれば、それぞれのPC-9821で1台目として使用できます。

PC-9821シリーズでは、決してPC/AT互換機用のFDDケーブルを使用しないで下さい。また、フラットケーブルコネクターの突起は常に上にして挿しこみます。
FD1231Tは逆ざしをしても比較的破損しにくいので、運が良ければ生きているかもしれません。
なお、FD1231Tを購入するときは、間違ってPC/AT互換機用を買わないようにしてください。

>PC-9821シリーズでは、決してPC/AT互換機用のFDDケーブルを使用しないで下さい。また、フラットケーブルコネクターの突起は常に上にして挿しこみます。
　ちゃんと分かって使う分には、条件付きで、PC/AT互換機用のFDDケーブルも、使用できます。
基準を突起とするからPC/AT互換機用のFDDケーブル使用時に問題が出る訳であって、基本であるコネクタ１番とケーブルの１番を繋ぐということをすれば、絶対に間違う事はありません。

ＨＡＭＬＩＮさん、再度のレス有難う御座います。
　最初のときは電源ケーブルの差込みなどが悪かったのかもしれませんね、ジャンパピン、ケーブル等接続をよく確認して行って見ます、ＦＤ互換性表有難う御座いました、お世話になりました。

ほっぷさん、レス有難う御座います。
　ＡＴ／互換機用ＦＤＤケーブルも使用出来ると言うことですね、する時は注意します、参考にします、情報有難う御座います。

>ちゃんと分かって使う分には、条件付きで、PC/AT互換機用のFDDケーブルも、使用できます。
おっしゃるとおりです。しかし、
1.このことをご存知の技術レベルの方なら、逆ざしはされないはず
2.初心者を含め、かなりの方がこの掲示板をご覧になっている
3.逆ざし破損報告がときどきある
ことから、あえてこのように書かせていただきました。
ご指摘ありがとうございます。