私もその方法を知りたかったりしますが、次のことが分かっていると、的確な答えが返って来やすい、あるいは答えやすいと思います。
１．MS-DOSまたはWindows95の起動ディスク(FD)はあるか
２．現在のIDEハードディスクには、Windows2000以外のOSの入ったパーティションもあるか
３．Windows2000はＣドライブとなっているか別のドライブ名なのか
４．Windows2000起動ドライブのファイルシステムは、FATかNTFSか

情報が足りなくてすいません。
上記のモノに対してそれぞれ同番号で追加します。

１．Windows98の起動ディスクのみあります。
v166付属のバックアップＣＤ等から作成可能できればいいのですが。
２．存在していません。
３．Ｃドライブです。（プライマリＩＤＥ）
４．NTFSです。

ちなみに、過去、Windows2000には対応していないボードがあったために、
2000から98に戻そうとしたとき、
ファイルシステムの問題でインストールが断れたことがあります。
そのためにWindows2000を現在使っているのですが、
SCSI HDにインストールするOSはWindows98でも大丈夫です。
有益かどうかは怪しいですが、個人的に調べた結果は、
SCSI HDの優先度を上げてインストールドライブの選択の時に
SCSI HDを選ぶだけではダメなのですか？
どうかよろしくお願いします。

どうやら、ドライブ割付順序の変更ってまりもさんのページを見ただけみたいですね。
お恥ずかしい。

割付順序の変更の後にWindows98をインストールすることができれば、
解決かもしれませんね。
ただ、やはりWindows2000の方を入れたいと言うことで助言をお願いします。

まず NTFSのボリウムを丸ごとコピーできるツールというのは、ほとんどありません。Windows NT4の時は、ファイルシステムに依らない装置丸ごとコピープログラムを使ったところ、コピー後にも問題なく起動できました。ただしＤＤＤさんの場合は IDE-->SCSIへのコピーなのでちょっと事情が違ってきます（それでも NT4ではコピー後動作可能でした）。Windows2000では、まだよく分からないです（汗。コピーしたあとに「修復セットアップ」をするとなんとかなる場合があるそうですが…。FATの場合で以前実験したところでは、事前にSCSIアダプタのインストールをやってあっても、IDE-->SCSIにコピーしただけでは起動可能になりませんでした。一応は起動できそうに見えても、ログインできる状態まで達しないのです。

Windows98のSCSIへのインストールは、さほど難しくないです。まずWindows98の起動ディスクで立ち上げ、Windows98を入れたい領域をFDISKで確保、またFDで再起動後にFORMATし、SYSコマンドにてシステム転送もしておきます（このとき、「Ｃドライブセットアップ」にしたい場合は、SYS /AT でシステム転送をしておく）。CD-ROMの Win98nフォルダの中身を当該ドライブに全てコピー(xcopyでよい)し、今度はFDを抜いてハードディスクの当該ドライブから起動します。そして setup.exe を起動すれば、セットアップが開始します。

↑のwin98インストールは、とくにドライブ文字に拘らない場合の話です。ドライブ文字に拘りたい場合は、SYS(またはSYS /AT)によるシステム転送の後に、拙作「DRVASN98」を適用して、割付順序を変更しておく必要があります。ともかく、setupを起動する時点でのそのドライブ文字でセットアップされます。

度々すいません。
どうやらインストール以前の問題だったようです。

HDVS-UM20Gをどうしても認識してくれません。
以前にもこのようなケースはあるのでしょうか？

まず、認識できてからですが・・・。
内蔵を外して外付けに/atインストールします。
次に内蔵を付けて、そこから立ち上げます。
外付けに普通に上書きコピーします。
内蔵ディスクをフォーマットします。

これでOKだと思います。

・・・ぐはっ。
何か違う事を書いた気がする。
上に書いたものは、私がNTFSドライブのOSの再セットアップをする場合に
よく用いる方法で、元の起動ドライブがA:の場合の話です。
＃/atでなくて、クリーンインストールですね。すみません。