Xa13 と言っても２種類の筐体がありそれぞれ増設方法が違うので、詳しく知りたいのでしたら機種名の末番まで書いた方が良いです。
ただ、３ＧＢのＨＤＤを増設できるか？ と言う質問に対しては、どちらの筐体でも出来ます。

> これをクリアする方法を教えてください。
3GB の HDD に対してはなんの心配も有りません。
4.25GB 以上の HDD を増設する場合に問題になりますが、これの解決方法は
１．メルコの Advanced BIOS が添付された HDD を買う（バルク品には存在しません）
２．玄人志向の PK98-MISTRESS9 を増設する(Ｃバスボードです)
３．ITF を書き換える（書き換え用のファイルが存在しないので自分で解析する必要有り）
のどれかになるでしょう。

いーとんさん。ありがとうございます。
機種名はXa13/W12です。すみませんでした。
＞１．メルコの Advanced BIOS が添付された HDD を買う（バルク品には存在しません）
これは、あります。
Advanced BIOS を使わなくても、いけると判断して宜しいでしょうか？

＞Advanced BIOS を使わなくても、いけると判断して宜しいでしょうか？

4.3GBのHDDとして認識されるだけでしょう。全容量は使えません。

Adbanced BIOS 搭載 HDD を Advabced BIOS を使用しないで使うと バイザーさん の言われている様に 4.3GB HDD としてしか使えないと思います。

> これをクリアする方法を教えてください。
本体ＩＤＥポートを使用せずにインターフェースを増設するという手も有りますね。
４．UIDE-98/98M/66 や IDE-98 を使う。
５．IFC-USP-M/M2 を使う。
☆Advabced BIOS 搭載の HDD はこれらの増設ボードと組み合わせない方が良いです。

あ、肝心な事を（大汗

Xa13/W に 2nd HDD を増設する場合は専用の金具が必要です。
ただし、ＣＰＵアクセラレータを使用している場合増設金具がつかえない事も有るので、2nd FDD や PC CARD スロットが増設されていないなら、その位置に板を渡して HDD を搭載するという手が使えますね。

補足）
Xa13/W の筐体で 2nd HDD が搭載される位置は CPU の真上の空間です。
２本のフレームの内側に張り出しが有りますけど、その部分に専用金具により HDD が吊り下げられる形になるわけです。
その専用金具が無い場合は、張り出し間に板を渡し HDD を載せる手が使える訳です。
☆既製の板としては Xa/C,K型番等用の 2nd HDD 増設板が重宝しますね。

補足の補足（ぉ

Xa/Wでの2台目HDDの増設位置はいーとんさんの仰るようにCPU上になりますが、CPUアクセラレーターをノーマルな状態で使うのであれば、専用増設金具を使ってもギリギリぶつからずに設置可能です。
CPUのヒートシンクを大型の物に換装した場合は物理的にぶつかってしまいますので、その場合はやはりいーとんさんの補足のような増設方法をとります。
その際に使える金具としては、PC/AT互換機用に2〜300円程度で売られている、5インチベイ用のHDD増設金具（HDDの両脇に取り付けるタイプのもの）とかも使えます。
秋葉原のテクノハウス東映ではオリジナルの金具（とはいっても単なる鉄板ですが）も販売していますね。
容量制限のクリア方法としては、SCSIボードを使ってSCSI HDDを使用するという方法もありますが、IDEに限定する場合はいーとんさんの仰る方法しかないでしょうね。