追記
ＯＳはＭＳーＤＯＳ６.２です。
ＣＡＢＳのファイルはハードディスクのＡドライブにコピーして、
ハードディスクから起動してセットアップを実行しています。

修正されたファイルがＣＡＢＳ内に含まれていないからではないでしょうか？
☆修正されたファイルは通常別に用意されていますし、ＨＤＤ内の状態を丸ごとバックアップしている再インストール媒体の場合は修正されたファイルを見つけだすのも難しいですね。

例えば Xa20/W30R の場合ですとプリインストールＯＳが Win95OSR2 ですが、判る範囲では以下の２つのファイルが修正されていて、別途提供されています。
１．WINDOWSSYSTEMIOSUBSYS 内のESDI_506.PDR
２．WINDOWSSYSTEM 内の PCI.VXD

これら以外にも Win95アップデートモジュールがインストールされている様ですが、詳しくは調べていないので詳細は判りません。
☆PCI.VXD を置き換えないと怪しげな動作をしていた様な記憶が有ります。

＞いーとんさん
早速のレスありがとうございます。
１．WINDOWSSYSTEMIOSUBSYS 内のESDI_506.PDR
２．WINDOWSSYSTEM 内の PCI.VXD
の２ファイルはたしかにタイムスタンプが新しくなっていました。
この二つだけを入れ替えてみましたが、だめでした。

そこで、インストールディスクで入れた
A:WINDOWSSYSTEM\n内のファイルをＢドライブに退避しておいて、
Ａドライブを領域確保仕直してクリーンインストールしてから、
safeモードで立ち上げて、退避しておいてたsystem内のファイルを
上書きしてやったところ、めでたく起動いたしました。

どのファイルがひっかかっていたのかはわかりませんが、
これでとりあえずすっきりしました。

Ｖ２００Ｓ５Ｄ２を使っているＫＡＺです
ついこの前同じような質問（cabsセットアップでフリーズ）をした所、ニフティーから
Ｐｉｏモード修正パッチが入手できるとの回答を受けました
試してみようと思いつつ、時間のなさと９８に全然触ってないのでまだやってませんが（爆

あと、まりもさんから、インストールディスクでドライバ等の置き換えをしてないか？
と言う回答を頂きました
こちらもまだ確認は取れておりません（爆

もしお時間があれば、こちらも試してみる価値あるのでは？

それと、一つ質問させて頂きたいのですが
ｓａｆｅモードで起動した場合
A:windowssystem内のファイルにコピーする際
使用中で置き換えできないと言うメッセージは出ないのでしょうか？
出たとして、置き換えできなかったファイルがあっても
起動は可能になったのでしょうか？
それともＤＯＳ上からコピーされたのでしょうか？

＃しかし、ＤＯＳ上だとシステム、隠し属性のファイル見えませんね。。。。
＃system.datやuser.dat（レジストリ）は、クリーンな状態のを使用でいけるのかな。。？
＃そうじゃないとあまりクリーンじゃない気も。。。。駄レスですね＾＾；

ＫＡＺさん、情報ありがとうございます。
ご質問の
＞ｓａｆｅモードで起動した場合
＞A:windowssystem内のファイルにコピーする際
＞使用中で置き換えできないと言うメッセージは出ないのでしょうか
は、
隠しファイルは表示なしでコピーしました（だめだったら全ファイルで再度やって
みるつもりでした）。
上書きコピーはスムーズに終了しました。