稼動予定の、PC-98系ソフトですが、MS-DOSゲームなどの様に、FDDや音源等のハードウエアーを直接制御するものの場合は、標準で86音源やCPUの段階速度調整機能を搭載しているA-MATEシリーズがよろしいかと思います。
ただし、パワーアップを考えると、人気の在るAn出すら、色々と限界があるので、（癖があるため、希少的な686下駄等のパーツが必須など、）お考えの、PC-9821Xv20/W30に必要なパーツ（86音源など）の取り付けで、十分可能と思います。

個人的には立花さんがおっしゃっているＸｖ２０を強くおすすめします。しかし、ＧＡもＣＰＵも交換が前提ならば、Ｘｖ１３／Ｗの方が安く入手できるかもしれませんね。ただ、２Ｄゲームとビジネスアプリのみのご使用でしたら標準搭載のMGA-2064W（Matrox　ミレニアムのＯＥＭ品）でも充分です（むしろ画質面で換えない方が良いくらい）ので、その場合はVRAMが4MBのＸv20の方が良いかもしれません。（ミレニアムと完全互換というわけではなく、VRAMのMAXが４ＭＢですので）
　弱点は内蔵固定ディスクI/Fの最大容量が4.3GBな点ですが、これもSCSIなりUIDE-66でパワーアップできます。
　強みは、ブロードバンド時代に心強い10/100BASEのLANも標準で搭載しており、PCIスロットも残り2スロットあり、９８Ｃバスも４スロット全て使える拡張性の高さ、加えて５インチファイルベイも３基、３．５インチシャドウベイも２基あります。ただ、この点はＲｖシリーズも同様ですので、PentiumIIIを視野に入れる場合はそちらが良いでしょう。

☆私の環境
CPU Pentium200MHz　→　MELCO HK6-MS600P-NV4(AMD K6-III+)※
RAM EDO(ECC) 16MB*2 → EDO(ECC) 32MB*2 + 64MB*2
2ndCache 256KB → I.O.DATA NE-XAV512K(512KB)※
G/A Matrox MGA-2064W → I.O.DATA GA-S2K32/PCI
SCSI I.O.DATA SC-UPU2(Ultra2 Wide SCSI)
SOUND Mate-X PCM → Labway XWAVE6000 + Mate-X PCM + Roland S-MPU/PC + SC-88pro
CD-ROM 松下寿8x(ATAPI) → PIONEER 32x(SCSI) + TEAC 12x(CD-R)/32x(CD) (SCSI)
MO FUJITSU M2513A(SCSI 640MB O/W)
HDD Seagate ST318436LWV(Ultra2 Wide SCSI 18GB)
電源 DELTA 200W → DELTA DPS-300KB-1A(300W)

という恐ろしく（いや、あたりまえ？）てんこもりなシステムも可能です。これまでにつぎこんだお金はゆうに２００万円を超えてますが(T^T)それなりの「かい」はあったかと思ってます。ボトルネックはストレージはもちろんなのですが、サウンドも大きいのです。特にゲームをされるならサウンドカードは導入して損はありません（安いですし）。使えるカードは過去ログで拾ってください。また、できればＣバスブロック下のＬＡＮのチップの熱対策（ヒートシンク貼り付け等）をした方が良いです。けっこうイッてしまうことがあるようです。

　長文レス失礼しました(^^;

↑追記
　パーツ名のあとの「※」は廃番で現在入手困難なものです。

> ＰＣ−９８０１やＰＣ−９８２１専用のソフトが問題無く動く物
　ソフトにもよりますがDOSゲーなんかの場合にはK6を積んだりすると音が出ないなどの不具合が発生することが多いようです。ある程度はソフトで補助できますが完全ではないです。

> 拡張性が高く
> 搭載できるＣＰＵのクロックなどが高い（原発乗っ取り、アクセラレーター使用など込みで）９８はどの機種になるのかと言う事についてです。
　一番高いCPUクロックがのるものとしてはPC-9821Ra，PC-9821RvIIなどのSlot1/Socket8機になります。原発乗っ取りでFSB 100MHzでPentiumIII 1GHzを動かしている人がいました。ちなみにFSB66MHz越えは、マシンの寿命を縮めるおそれがあるので末永く使いたい人にはおすすめしません。
　Socket5/7機ではN4＋K6-IIIE+あたりが上限になると思います。

> ゲームは２Ｄ（シミュレーション関係）
　どの程度の物かにもよりますが標準のMillenniumでは厳しいでしょう。DDがある程度出るボードが必要になります。Permedia2以降ならまず大丈夫だと思います。現在新品で手に入るメーカー品はI/O DATAのGA-S2K32/PCIくらいです。Win2000でGeForce2MX/PCIやMillennium G450などを使うのも手ですが…

あとUIDE-98やSCSIボードを使ってストレージ周りを強化した方がよいでしょう。
どっちみち一から強化していくとそれなりの出費が必要かもしれません。

(1)>ＰＣ−９８０１やＰＣ−９８２１専用のソフトが問題無く動く物で
(2)>搭載できるＣＰＵのクロックなどが高い

(1)と(2)は相反します。
(1)を優先するのなら、最大でもCPUをi486DX4-100Mhz程度に留めなければなりません。
初代A-MATE(9821Ae,As,Ap)+ODPがベストでしょう。

ＤＯＳゲームによってはペンティアム搭載機では動かないとか
速過ぎてゲームにならないシューティングゲームとかいろいろあります。
ウィンドウズはＤＯＳ／Ｖ機で代行して９８はＤＯＳメインに絞り込むという
のが私の場合の結論でした。なので今はＡｐ２使いです。
”９８２１専用ゲーム”を動かすという点からも古いゲームを走らすという点からも
４８６搭載のＰＣ９８２１（２１ってのが重要）マシンをお勧めします。
４８６ではありませんが、そららの問題をかなりクリアしかつ高速なマシンに
Ａｎというのがあります。それだけに人気が高く入手困難で私はＡｐ２で我慢してます。

・・・どっかにＡｎの出物ないかなぁ（ぼしょ

追記：スピード切り替えＨ／Ｍ／Ｌ３段階の機種が良いでしょう。
あとはＦＤＤインターフェイス搭載のマシンだと５インチＦＤＤが接続出来ていいかも。
この要件を満たすマシンの場合は初代Ａメイト及びＡｆと初期のＣａｎｂｅです。
但し、Ｃａｎｂｅと一部のＡメイトは最近のＣＲＴは使えない場合があるので注意です。
（因みにこれらはＡｆ以外ウィンドウズを動かすにはツライです。）

AnM2なんていうPentium90MHzつんだ、5インチ2ドライブのフレームモデルなんていうのも、在りまっせ。　←ゴミ　^.^ゞ

＞ひしさん

　Ａｎ/Ｕ８Ｗなら一台あまってますよー。
　4.3GB対応BIOSの。
　って、ゴミですね（＾＾）