どなたもお書きにならないようなので…

IRQは増えません。空IRQなら増えますが、というようなツッコミはおいといて。
状況がイマイチよく分からないのですが、立ち上がらないというのは具体的にどういう状態なのでしょう？セーフモードでも起動しませんか？
2ndCCUを解放する前にデバイスマネージャから削除しましたか？また、2ndCCUを削除したためにリソースの大移動が起こり、それをWindowsが完全に捕捉し切れていないとか？或いはC busのリソースをPCIセットアップで固定していなかったために、一部リソースのバッティングが起こっているのかもしれません。

何にしても、もう少し細かい情報（起動しない状況、2ndCCU解放前のリソースの使用状況、増設機器等）が必要かと。

ＷＩＮＤＯＷＳの表示している画面で止まってしまいます。
セイブモードでも止まってしまいます。
Ｃバスには,何も取り付けていません
ＰＣＩを固定していなかったためのようですね。
一度やってみます。

一応ツッコミ・・・。
＞セイブモードでも止まってしまいます。
英字表記は「SAFE MODE」なので、セイブではないです。（＾＾；