K6waiplを組み込まなくても全然構わないでしょう、少々K6のパフォーマンスが活かされないだけですので。しかしフォーマットに問題があるのはまずいのではないかと思いますが…。そのドライブから（他のドライブ、例えば内蔵IDEは接続がないとして）起動はできているのでしょうか？。 また、領域確保は Windows NT4Sp6のディスクアドミニストレータから行なったのでしょう、それともDOSのFORMAT.EXEやWindows9xのFDISK+FORMATで行なったのでしょうか？

あと、K6waiplを、どのドライブに組み込もうとしていますか？。現在のドライブ構成はどうなっていますか？。NTが入っているドライブに組み込むのではなくて、最初にマシンが起動のために読み込もうとするドライブ（通常は内蔵IDE）に組み込む必要があり、そこがスーパーフロッピーなど普通でないフォーマットになっていると、組み込めません。

レスありがとうございます。

領域確保はIDEドライブ上のNT4.0のディスクアドミニストレータより仮想物理ドライブ1にNTFS;1(4047MB)、FAT16；1(2048MB)、の2ドライブを作成、
後者にWin95の起動ディスクからsysコマンド後、「PC98」フォルダをコピー。
その後内蔵ドライブ切り離しを行って、第一領域に確保している前者に/ATセットアップしました。(セットアップ時に一応NTFS領域は再フォーマットしています)

現在のドライブ構成は、
第一物理ドライブにC:bootdrive（NTFS)、F:cab（FAT)、容量は前述の通り。
第二にD:(NTFS)6364MB。
第三にE:(NTFS)6364MB。
となります。

一応起動はこれで問題なく出来ているんですが…

K6waipl5の出す正確なエラーメッセージは、
「未フォーマット、またはスーパーフロッピーフォーマットである可能性があります.」
でよろしいですか？このエラーが出るのは、K6waiplをインストールしようとするハードディスクの「マスタ・ブート・レコード」のIPLに、"IPL1"という文字列署名がない場合です。ハードディスクをフォーマットする際に、DISKINITあるいはDOSの FORMAT /Hの「装置初期化」を施してあれば、IPL1の署名入りのIPLコードが書かれますが、そうでない場合には書かれない可能性があります。NTのディスクアドミニストレータではその可能性があります。正当なIPLが書かれていない場合、通常はこのドライブからは起動はできません。しかし他に正当なIPLを持つドライブが接続されていると、そこのIPLを一旦経由して、起動メニューが起動でき、OSが起動できる状態になります。ということで、とりあえず全ての（仮想含む）物理ドライブにK6waiplを適用して、うまく行ったらそれでOKになりますので試してみて下さい。そこが本当に最初の起動するドライブです。それを外してしまうと、他のドライブからは自力で起動できなくなりますので注意して下さい。

ありがとうございます。
＞エラーメッセージ
まさにその通りでした。

IDEドライブは一応本体メニューで切り離してあったのですが、
よくみれば起動時のハードチェック時にはアクセスしているようで、ここのIPLを使っているのかな？と思い、完全に取り外したところ、大当たりでした。

この状態でWin95の起動ディスクからFDISKして領域作成→FORMAT→削除とやったところ、無事起動可能になり、K6waipl5の組み込みも出来ました。

が、この後どうもNT4.0の動作が引っかかるような…
…リード、ライトとも2.3M！？
R/6M、W/3M近くは出てたはずなのに…

やっぱこの組み合わせはペケだったんですかね〜。うーむ。

IFN-92Sならば リード、ライトとも2.3MB/sぐらいでおかしくもないと思います。むしろリード6MB/sが「出過ぎ」だったのでは？(^^;。