ウィルス駆除ソフト使ってますか？ウィルスソフトがデータにアクセス中にWindowsが終了処理したり、強制終了などさせるとまれに起こるようです。これでうちの会社のパソコンも吹っ飛びました。
　対処方としてはやはり再インストールしかないでしょう。ただ、この場合だと恐らく起動ディスクからは起動できるはずなので、CD-ROMを認識できればバックアップCDや製品版CDからリストアできるでしょう。もし、他にCD-R搭載のWin98機があれば、該当ファイルをCD-Rに焼いて移してやるという手も使えます。

追記です。

　Win98にWin98SEの該当ファイルを移してもバージョン違いではねられますのでご注意を。

時々ノートンでスキャンしてましたが、まったく気づきませんでした。
とりあえず消滅した？該当ファイルをコピーしましたが、やはり起動しません「WindowsまたはWindowsアプリケーションを実行するのに必要なデバイスファイルが見つかりません。レジストリやSYSTEM.INIファイルがこのデバイスファイルを参照していますが、このデバイスファイルは存在しません。」などとなります。他にも壊れているようです。
ZIP関係のバグでしょうか？データードライブを操作しただけなのにOSのある別ドライブのファイルが消されるとは油断がなりません。もしもウィルスだとしたらどのような物なのでしょうか？

ちょっと書き方が分かりにくかったですね。(;^_^A

　上で「ウィルスソフト」と書いているのはウィルスではなく「ウィルス駆除ソフト」のことです。
　上に書いた現象はウィルスに感染したから起きたのではなく、ウィルス駆除ソフトが起こしたものです。たぶん・・・

その症状って、windowssystemのディレクトリ構造が壊れてそれ以下のファイル&ディレクトリが吹っ飛んでしまった状態に似ているんですが…。scandiskは試されました？
壊れていたらDOSからの上書きインストールで、過去の環境が継承できる望みはあります。

#ノートンて、アンチウィルス単体以外にノートンシステムワークス丸ごと入っていませんよね？

どうもWindowsSystemのファイルがいくつか消されていた模様です。なんとかWindows以下を上書きしましたら再起動する事ができるようになりました。それにしても何と言う事でしょうか！
>ディレクトリ構造が壊れてそれ以下のファイル&ディレクトリが吹っ飛んでしまった状態に似ているんですが…
使っていたウィルス駆除ソフトはノートンシステムワークスでした。今後もこれを使用しますので本当に大丈夫でしょうか？原因が確定できないので、ただ不安だけが残ります。

>使っていたウィルス駆除ソフトはノートンシステムワークスでした。
ノートンシステムワークスはいくつのかのソフトをセットにしたものですので、ウィルス駆除ソフトはその中の「ノートンアンチウィルス」というのが正しいです。
　で、もしシステムワークスを入れているなら同じくその中の「ユーティリティーズ」のSystem Doctorが、今回のことに絡んでくるのかもしれません。あれは設定次第では（デフォルトのままでも）繁殖にWindowsシステムファイル群にもアクセスを掛けますので、アクセス中に何かでフリーズするとそれらが壊れることがあるみたいです。System Doctorをスタートアップから外すなり、設定を改善することで対処できます。

>System Doctorが、今回のことに絡んでくるのかもしれません。

　それも考えられますが、ウィルス駆除ソフト全般でこの現象が起きるようです。

　わたしは3回ほど経験しましたが、それぞれ「システムワークス(アンチウィルス)」「ウィルスバスター」「ウィルススキャン」と、全て違う駆除ソフトで同様の現象が起きました。