もしかして、.batファイルの中身でBドライブなパスを書いていませんか。

batファイルは指定してありません。
b:のフロッピーディスクも存在しませんし、WinもDosアプリのメニューにも、b:ドライブは認識されていません。
ハードディスクを切り分けて、c:ドライブに通常にwinをセットアップした別マシンでは、このようなことはなかったので、/ATコマンドが関係しているのかな？と思った次第です。

まりもさんの「まりものページ」にある「Kill_b」が有効かもしれません．
http://homepage1.nifty.com/marimono/opening.html
＃Ｂドライブを無効化するソフトです．

>古いPC98用のDosアプリで起動時やdデータファイル読み込み時に

Dosアプリ上でデータパスが指定されているだけじゃないですか?
環境設定（なつかしい言葉）でデータパスを変更できませんか？

kill_b早速試してみましたが、改善されませんでした。実行すると下記のメッセージが表示されてしまいます。
　「This machine is not NEC PC-9891/9821 series.」
config.sysに入れても改善されませんでした。kill_bの説明を見てこれだと思ったのですが...
もちろんDosアプリの環境設定は指定してあります。

DOS窓から実行するとそうなります。AUTOEXEC.BATに入れて下さい。/ATセットアップ状態の場合は、config.sysに入れなくて構いません。

最近気付いたのですが、kill_b を入れていても、Windows 上で動かしている DOS アプリには効果がないようですね。DOS 窓から B: にアクセスすると、例のメッセージが出てしまいます。

う〜ん、そうだったのですか。となると、マイクロソフトのパッチを期待するか、Ｃドライブセットアップ状態とは少し異なる、「2nd FDD偽装状態」で使うかすることになりますね。「2nd FDD偽装状態」に変更する方法は、drvasn98 で FD優先のいずれかを選び、FDD 2ドライブ設定に[Y]で応答したあと、 bootatプログラムでATモードでなく98モードにし、 config.sysとautoexec.batに kill_bを記述する、という手順になります。

「2nd FDD偽装状態」を試してみたところ、DOS 窓から B: にアクセスしても例のメッセージが出なくなりました。

いろいろ試してみたのですが、結局うまくいかないので、/ATなしで再インストールしました。
OSと、もろもろのアプリ、アップデート、結局半日かかってしまった(^_^;
PC98は98らしく使うのがベターかな？
レスをくださった皆さんありがとうございました。

あれれ、私が書いた方法（2ndFDD偽装）でも問題解消にならなかったのですか…？。B:ドライブメッセージが出るのは、別にシステムの異常でもなんでもないので、再セットアップをする必要はなかったと思うのですが。