ちなみに機種はpc9821V20S5です。
よろしくお願いします。

この文章では
以前から使えたのがあることをきっかけ（ｏｒ突然）に使えなくなった
初めて使ったが、使えなかった
などの条件がわかりません。増設の物を含め、その辺をちゃんと書くと的確なレスが帰ってきますよ。あと、システムインストールディスクが本体の付属のものなのか、Windows９８等の付属のものなのか等も書かないと原因究明の妨げになります。

今の時点で考えられることは
１　ＣＤ−ＲＯＭを変えている。
２　ＣＤ−ＲＯＭのジャンパ設定を変えた。
３　ＣＤ−ＲＯＭが壊れた
４　ドライバが違う物が入っている
５　システムインストールディスクが壊れている（もしくは違う）
６　ＣＤ−ＲＯＭのケーブル等が抜けている

まずはＣＤＲＯＭを取り替えた、いじった覚えがあるならそれを疑った方が良いでしょう。
中古で買ったり、もらったりして初めて使うのであればＣＤの交換が確率として高いです。対応できるドライバを使用しなければならなくなります。その次はどれかの故障ですね

現時点で解ることはこれくらいでしょうか？

突然使えなくなってしまったんです。
中古ではありません。６年のおつきあいですから。
ＣＤＲＯＭ本体を変えてないし、ジャンパスイッチも変えてないし、ケーブルもつながっていて、動くのですが、認識していない状態ですね。
WIN95のシステムディスクでは、認識して、WIN９８のシステムディスクでは、認識しているようで、ＨＤが認識してくれません。win98はアップグレードです。
そうなると、CD-ROMか、システムディスクが壊れたかのどっちかなんでしようか？

ＨＤが未フォーマットまたは領域未確保（ＦＤＩＳＫ前）又は未接続時に出る典型的な症状ですね。再度ＨＤの接続状態やセットアップメニューで「内蔵固定ディスクを切り離す」にしていないか確認してください。

おっしゃる通りＨＤ未フォーマットで、領域未確保状態です。
接続状態は間違ってないとは思うのですが・・・。
固定ディスクを切り離すにはなってなかったです。
どうしたらいいでしょうか？

＞おっしゃる通りＨＤ未フォーマットで、領域未確保状態です。
＞どうしたらいいでしょうか？

そこまでわかっているのなら領域確保後、フォーマットすればいいだけです。
新品で買われた物でしたらマニュアルがあるはずですから、よく読んでみてください。
もしHDDの領域確保や初期化の方法がわからないと言うので有れば、参考書や過去ログ等を調べてみましょう。

それからもさんも仰られていますが、ご質問なさるときにもう少しお使いの環境や不具合が出たときの前後の状況を詳しく書かれた方が賢明ですよ。
これを読まれる方はあなたのお使いの環境等は一切わかりません。なので経験から推測でレスを付けるしかなくなります。
過去ログとして資産化するときにも情報が足りないともったいないと思いますよ。
「突然使えなくなった」と書かれていますが、「突然」ではなさそうですね。そうなるべくしてそうなったといった感じでしょうか。新品か互換機で使われていたHDDを取り付けて、そこに新しくWindowsをセットアップしようとしていらっしゃるのかな？
まぁ情報が少ないのであくまで推測の域を出ませんね。

ウィルスにやられて未フォーマット相当の状態になったんでしょうか＜「突然使えなくなった」

またはHDDがお亡くなりになって認識しないということでしょう。