初めて質問させていただきます。
かなり長文になってしまうのですがお許し下さい。
先日PC-9821V200/S7D（CPUは、HK6-MD400-N2に載せ変えられていました）
を中古で購入しました。
とりあえず動作チェックのためにWindows98SEはインストールしたところ、
特に問題なく正常に動作したため、一度HDDをフォーマットし、
FDDからMS-DOSの3.3Dをクリーンインストールを試みました。
ところが、インストール画面が表示され、インストール先の指定で
「固定ドライブ」を選択してEnterキーを押したところで、
いったんFDDにアクセスした後、そのままの画面でフリーズしてしまいました。

ちなみにHDDはQuantumの3GBの物です。
型番はちょっとよくわからないのですが、裏のシールには
3200AT　P/N　TM32A012　Rev02-E　と書いてありました。
これをWindows98SEの起動ディスクからFDISKをかけ、
大容量サポートはNOで、2GB/1GBの２つにパーテーションを分けました。

その後過去ログ検索をしてみたところ、
「MS-DOS3は128MBまでしか認識しない」
というような書き込みを見つけたので、
120MB／2GB／900MB　というようにパーテーションを切り分けて、
120MBの方をアクティブ、BOOT可に設定。
2GB／900MBの方をスリープ、BOOT不可に設定し直し、再度インストールにチャレンジ。
が、しかし、全く同じ症状が出てしまいました。

そのため、再度過去ログをあさってみたところ、
「K-6IIIはMS-DOS6.2からサポートされる」
というような書き込みも見つけたので、CPUをI-O DATAのPK-MXP233/98に変えたり、
（本機を買った際、既にMMX-200は付属していなかったもので）
メモリーを別の物に差し替えたりしましたが、やはりダメでした。

いったいどうすればDOS3.3Dをインストールできるのでしょうか。
MS-DOS3.3DのシステムインストールディスクでBOOTし、ESCでインストールを中断。
MENUの中の「フロッピーまたは固定ディスクのフォーマット」を選択し、
「フォーマットする装置を選んで下さい」＞「固定ディスク」
と進んでいっても、HDDが認識されていないようで、フォーマットされません。
インストールガイド等を見ても、大容量HDDについての記述は無いようですし……
Win98SEの起動ディスクからFDISKをかけたのがいけなかたのでしょうか？
（そもそもFDISKにバージョンがあるのでしょうか？）
ちなみに、MS-DOS3.3Dのシステムインストールディスクの中には
FDISKコマンドは入っていないようです。

パソコンをいじり始めたのがちょうどWindows95が出た以降のため、
これまでDOSのインストールなどした事が無く、戸惑っています。
DOSの扱いになれている方から見れば、基本中の基本的な事を見逃していたり、
もしくは、かなりとんちんかんな事をやっているかもしれません。
どうすればDOSをインストールできるのか、どうか助言をよろしくお願いします。