事故レスです。
>RE1000PlusはPnPに対応してません
はい、そのとおりでした。
製品情報
http://www.allied-telesis.co.jp/support/nic/re1000p/manual.htmlを見たらどこにも書いてないし(汗
あと、私が上で記述した手順の中に加えたいのが
1.5 PCIセットアップディスクでRE1007Plusで使用している割り込みを設定してください。
です。上記の製品情報を見る限り、RE1000Plusシリーズ(RE1007Plus含む)は割り込みを使用するようです。
非PnPなCバスボードに関しては、PCIセットアップディスクで割り込みを設定してあげないと、PnP BIOSでは、非PnPなCバスボードが使用している割り込みを検出できないために、使用している割り込みが空いているものだと勘違いして、他のデバイスに割り当てようとします。その結果、
>いざ立ち上げてみても、起動途中にとまってしまいます。
という現象が起きてしまいます。ただ、これは100%現象が出るものではなく、環境によっては、たまたまあいている割り込みがあったりした場合に、PCIセットアップディスクで設定しなくても動いてしまいます。これゆえになかなかPCIセットアップディスクの設定の重要性が薄れてしまうのでしょう。しかし、これが、今回のようにボードを増設した時にそういった設定をしていないために、起こっているものだと推測されます。
それと、どうも山猫機のPnPは挙動不審になる事があり、割り込みが競合してしまうと、それをずっとひきづってしまう事があります。そのためにスーパーリセットによっていったん初期化する必要があります。