付属のバックアップＣＤの方にCABSディレクトリ、もしくはコンパニオンＣＤが有りませんか？

もしそれが有るのならばHDDへシステム転送をしてからそこから起動。
その後　Win98のSetup.Exeを起動しアップグレードチェックを求められたときに
それを指定すれば良いかと思います。

ここのトップから行ける過去ログを調べれば必要な情報は見つけられるかもしれません。
もし今の説明で判らなければ探してみてはいかがでしょう？

Win95 → Win98 へアップグレードされたのだと思いますが、
A:Windowsoptionscabs フォルダ内にファイルが残っているでしょうか？(*.cab)
もし残っていましたら別のフォルダ(別ドライブが良い)にコピーしておいて下さい。
更にアップグレード版 Win98 の CD-ROM から Win98n フォルダ内をＨＤＤの別ドライブにコピー。
此処まで出来ましたらクリーンインストールの為に
１．Aドライブを再フォーマットします。
２．Aドライブにシステムを転送します。(フォーマット時に同時でも良い)
３．Aドライブから再起動させ、Win98nフォルダをコピーした所にプロンプトを移し setup を実行して下さい。
４．セットアップが始まりまして旧ＯＳの場所を聞かれますので、コピーした cabsフォルダを指定して下さい。

もしお時間があるのでしたら一度駄目元で上書き再セットアップをやってみても良いかも知れません。
やり方は、Win98 が起動した状態でアップグレード版 Win98 の Win98n フォルダから直接 setup を起動すればＯＫです。

いつものコレ・・・
http://www.pluto.dti.ne.jp/~kouiti/setup.htm

フォーマットする前にＷｉｎ９８起動ディスク（プログラムの追加と削除から作成する分）を用意するのを忘れないでくださいね。￥Ｗｉｎ９８ｎフォルダをコピーしてセットアップする場合は、同時に製品添付のバックアップＣＤ−ＲＯＭ内のWINDOWSOPTIONSCABSフォルダもコピーしておいてください。セットアップ完了後は削除してもＯＫですが、Win98nフォルダの方は残しておいた方があとあと便利です。

Win98をクリーンインストールするならWin98の起動ディスクだけで可能です。
CD-ROMを交換している場合はそのCD-ROM用(I/Fを追加していてそこに接続されていればASPIマネージャーなども)のドライバを組み込む必要がありますが純正ならば起動時に選択するだけでCD-ROMが使えます。
後はHDDの初期化作業(起動用のシステムも転送)の後にWin98のCD-ROM内のWin98nフォルダをHDDにコピー、HDDのWin98を入れたいドライブから再起動してWin98nフォルダ内のSETUP.EXEを実行すればインストールが開始されます。
その際にWin95のCD-ROMを催促されます。
V16の付属アプリも入れたい場合は・・・・専用インストーラー(起動ディスク内にあるのかな？)が必要かも知れません。

便利な方法としてHDDのパーティションを複数切って、Win98nフォルダと起動に必要な領域(200MBほどあればOKでしょうか、、)にテスト用のWin98を入れておくと次回からはそこから起動してWin98上でフォーマットなどの作業が出来るし、すでにアップグレードチェックしているからかWin95のCD-ROMチェックも省けて少しだけ(部屋の中を捜しまくると少しじゃないかも(笑))手間が省けます。